Locus 1650

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 4,771,695 – 4,771,815
Length 120
Max. P 0.999960
window2554 window2555

overview

Window 4

Location 4,771,695 – 4,771,815
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.56
Mean single sequence MFE -48.55
Consensus MFE -46.03
Energy contribution -46.95
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.13
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 4.90
SVM RNA-class probability 0.999960
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4771695 120 + 23771897
AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUUGCCUCUGCCCACAACUACGAGCUCUUCGAUUUCGAUGGCGGAGCUGGUGGCAAUGAGUCUGAUUGCUAUCAGAGCUGCUCCAGCGAA
....((((((((.........((((.((((((((((...((.(........).))...(((....))).)))))))))).))))......((((((....))))))))))))))...... ( -50.70)
>DroSec_CAF1 34452 120 + 1
AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUCGCCUCUGCCCACAACUACGAGCUCUUCGAUUUCGAUGGCGGAGCUGGUGGCAAUGAUUCUGAUUGCUAUCAGAGCUGCUCCAGCGAA
....((((((((((((.....((((.((((((((((...((.(........).))...(((....))).)))))))))).))))..))))((((((....))))))))))))))...... ( -52.90)
>DroSim_CAF1 33391 120 + 1
AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUCGCCUCUGCCCACAACUACGAGCUCUUCGAUUUCGAUGGCGGAGCUGGUGGCAAUGAUUCUGAUUGCUAUCAGAGCUGCUCCAGCGAA
....((((((((((((.....((((.((((((((((...((.(........).))...(((....))).)))))))))).))))..))))((((((....))))))))))))))...... ( -52.90)
>DroEre_CAF1 23746 120 + 1
AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUCGCCUCUGCCCACAACUACGAGCUCUUCGAUUUCGAUGGCGGAGUUGGUGGCAAUGAGUCCGAUUGCUAUCAGAGCUGCUCCAGCGAG
....((((((((.((..((((((((..((((.((....((....))....))))))..(((....))))))))))).((((((((((.......))))))))))))))))))))...... ( -47.30)
>DroYak_CAF1 30948 120 + 1
AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUCGCCUCUGCCCACAACUACGAGCUCUUCGAUUUCGAUGGCGGAGCUGGUGGCAAUGAGUCUGAUUGCUAUCAGAGCUGCUCCAGCGAA
....((((((((.........((((.((((((((((...((.(........).))...(((....))).)))))))))).))))......((((((....))))))))))))))...... ( -52.70)
>DroAna_CAF1 24688 120 + 1
AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUCGCCUCCGCACACAACUACGAGCUGUUCGAUUUUGAUUCCGGAGCCAAUGGCAACGAGUCUGACUGUUACCAGAGCUGCUCGAGCGAA
..((((((((((.(((((((.((((...(((((((....))...(((...((((...))))...))).....)))))...))))...))).))))(((....))).)))))))...))). ( -34.80)
>consensus
AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUCGCCUCUGCCCACAACUACGAGCUCUUCGAUUUCGAUGGCGGAGCUGGUGGCAAUGAGUCUGAUUGCUAUCAGAGCUGCUCCAGCGAA
....((((((((.........((((.((((((((((...((.(........).))...(((....))).)))))))))).))))......((((((....))))))))))))))...... (-46.03 = -46.95 +   0.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 4,771,695 – 4,771,815
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.56
Mean single sequence MFE -47.77
Consensus MFE -43.71
Energy contribution -44.05
Covariance contribution 0.34
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.38
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 3.12
SVM RNA-class probability 0.998508
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4771695 120 - 23771897
UUCGCUGGAGCAGCUCUGAUAGCAAUCAGACUCAUUGCCACCAGCUCCGCCAUCGAAAUCGAAGAGCUCGUAGUUGUGGGCAGAGGCAAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU
.(((..((.(((((((((((....))))))....((((((.(((((..(((.(((....)))...(((((......)))))...)))..))))).)))))).......)))))))))).. ( -47.00)
>DroSec_CAF1 34452 120 - 1
UUCGCUGGAGCAGCUCUGAUAGCAAUCAGAAUCAUUGCCACCAGCUCCGCCAUCGAAAUCGAAGAGCUCGUAGUUGUGGGCAGAGGCGAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU
.(((..((.(((((((((((....))))))((((((((((.(((((.((((.(((....)))...(((((......)))))...)))).))))).))))))...)))))))))))))).. ( -51.80)
>DroSim_CAF1 33391 120 - 1
UUCGCUGGAGCAGCUCUGAUAGCAAUCAGAAUCAUUGCCACCAGCUCCGCCAUCGAAAUCGAAGAGCUCGUAGUUGUGGGCAGAGGCGAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU
.(((..((.(((((((((((....))))))((((((((((.(((((.((((.(((....)))...(((((......)))))...)))).))))).))))))...)))))))))))))).. ( -51.80)
>DroEre_CAF1 23746 120 - 1
CUCGCUGGAGCAGCUCUGAUAGCAAUCGGACUCAUUGCCACCAACUCCGCCAUCGAAAUCGAAGAGCUCGUAGUUGUGGGCAGAGGCGAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU
.(((..((.(((((((((((....))))))...........((..((((((((((....)))..(((((((..(((....)))..))).))))..)))))))..))..)))))))))).. ( -43.00)
>DroYak_CAF1 30948 120 - 1
UUCGCUGGAGCAGCUCUGAUAGCAAUCAGACUCAUUGCCACCAGCUCCGCCAUCGAAAUCGAAGAGCUCGUAGUUGUGGGCAGAGGCGAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU
.(((..((.(((((((((((....))))))....((((((.(((((.((((.(((....)))...(((((......)))))...)))).))))).)))))).......)))))))))).. ( -50.20)
>DroAna_CAF1 24688 120 - 1
UUCGCUCGAGCAGCUCUGGUAACAGUCAGACUCGUUGCCAUUGGCUCCGGAAUCAAAAUCGAACAGCUCGUAGUUGUGUGCGGAGGCGAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU
.....((((((((((.(((((((((.....)).)))))))(((.(((((.(..(((...(((.....)))...)))..).))))).))))))))))(((((........))))).))).. ( -42.80)
>consensus
UUCGCUGGAGCAGCUCUGAUAGCAAUCAGACUCAUUGCCACCAGCUCCGCCAUCGAAAUCGAAGAGCUCGUAGUUGUGGGCAGAGGCGAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU
.(((..((.(((((((((((....)))))).(((((((((.(((((.((((.(((....)))...(((((......)))))...)))).))))).))))))...))).)))))))))).. (-43.71 = -44.05 +   0.34)

alignment

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