Locus 1639

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 4,761,844 – 4,761,958
Length 114
Max. P 0.884045
window2536

overview

Window 6

Location 4,761,844 – 4,761,958
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.80
Mean single sequence MFE -40.67
Consensus MFE -36.24
Energy contribution -36.10
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 0.93
SVM RNA-class probability 0.884045
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4761844 114 - 23771897
------ACGGACCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGACGACGUGAACGGGC
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>DroSec_CAF1 24625 114 - 1
------CCGGACCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGACGACGUGAACGGGC
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>DroSim_CAF1 21944 114 - 1
------CCGGACCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGACGACGUGAACGGGC
------(((....(.((((((((.(((.(((......)))))))))))))).).....((((((((((.((((......(((((.....)))))....)))).))..))))))))))).. ( -40.30)
>DroEre_CAF1 13839 114 - 1
------CCGGACCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGGCGACGUGAACGCGC
------......(((((((.....(((.(((......))))))....(((((((((......)))..))))))......(((((.....)))))....)))))))(((.((....))))) ( -40.50)
>DroYak_CAF1 20765 114 - 1
------CCGGGCCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGGCGACGUGAACGCGC
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>DroAna_CAF1 14660 120 - 1
UGGCAAGCAGACCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGACGACGUGAGCGAGC
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>consensus
______CCGGACCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGACGACGUGAACGGGC
.............(.((((((((.(((.(((......)))))))))))))).)...(.((((((((((.((((......(((((.....)))))....)))).))..))))))))).... (-36.24 = -36.10 +  -0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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