Locus 1594

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	4,658,821 – 4,658,941
Length	120
Max. P	0.976384

overview

Window 9

Location	4,658,821 – 4,658,941
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.44
Mean single sequence MFE	-42.90
Consensus MFE	-28.53
Energy contribution	-28.45
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-3.30
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.22
SVM RNA-class probability	0.641539
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4658821 120 + 23771897
GGCAACGCCUAGCCAACUGCUCGCCCGAGGAUCUGCAGAUCCUCAACAGGGAGACCCAGUUCAAACGGCAGCUCCAGCAGAAACUCAAGCACCGCAGCAAGCAGUUGAAAGCGAUUGCCA
((((((((.....((((((((.((..(((((((....)))))))....((....)).........(((..(((..((......))..))).)))..)).))))))))...))).))))). ( -46.90)
>DroPse_CAF1 36609 120 + 1
AGCAACGGCUGGGCGCCUGCACCAACGAGGAUCUGGAGAUCCUCAACAGAGAGACGCAGUUCAAGCGAACGCUCCAGCAGAAGCUCAAGCAUCGCAGCAAGCAGCUCAAAGCCAUUGCCA
.((((.((((((((((.(((......(((((((....)))))))...........((.((((....))))(((..(((....)))..)))...)).))).)).))))..)))).)))).. ( -47.00)
>DroSec_CAF1 31083 120 + 1
AGCAACGCCUAGCCAGCUGCUCGCCCGAGGAUCUGCAGAUCCUCAGCAGGGAGACCCAGUUCAAACGGCAGCUCCAGCAGAAGCUCAAGCACCGCAGCAAGCAGCUGAAAGCCAUUGCCA
.((((.(.((...((((((((.((..(((((((....))))))).((.((....))..........((..(((..(((....)))..))).)))).)).))))))))..)).).)))).. ( -47.40)
>DroEre_CAF1 31338 120 + 1
AGCAGCGCUUAGCCAGCUGCUCAUCCGAGGAUCUGCAGAUCCUCAGCAGGCAAACCCAGUUCAAACGGCAGCUCCAGCAGAAACUCAAGCACCGCAGCAAACAGCUGAAAGUCAUUGCCA
((((((.........)))))).....(((((((....)))))))....(((((............(((..(((..((......))..))).)))((((.....)))).......))))). ( -38.20)
>DroYak_CAF1 35171 120 + 1
AGCAACGCUUGUCCAGCUGCUCACCCGAGGAUCUGCAGAUCCUCAGCAGACAAACGCAGUUCAAAAGGCAACUUCAGCAGAAACUCAAGCACCGCAACAAGCAGCUGAAAGUCAUAGCCA
(((...(((((.....(((((.....(((((((....))))))).((........)).......(((....))).))))).....)))))...((.....)).))).............. ( -33.90)
>DroPer_CAF1 36715 120 + 1
AGCAACGGCUGGGCGCCUGCACCAACGAGGAUCUGGAGAUCCUCAACAGAGAGACGCAGUUCAAGCGAACGCUCCAGCAGAAGCUCAAGCAUCGCAACAAGCAGCUGAAAGCCAUUGCCA
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>consensus
AGCAACGCCUAGCCAGCUGCUCACCCGAGGAUCUGCAGAUCCUCAACAGAGAGACCCAGUUCAAACGGCAGCUCCAGCAGAAACUCAAGCACCGCAGCAAGCAGCUGAAAGCCAUUGCCA
.((((.(.((...(((((((......(((((((....)))))))..............(((....(((..(((..((......))..))).))).)))..)))))))..)).).)))).. (-28.53 = -28.45 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	4,658,821 – 4,658,941
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.44
Mean single sequence MFE	-57.67
Consensus MFE	-44.28
Energy contribution	-45.40
Covariance contribution	1.12
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-4.59
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	1.77
SVM RNA-class probability	0.976384
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4658821 120 - 23771897
UGGCAAUCGCUUUCAACUGCUUGCUGCGGUGCUUGAGUUUCUGCUGGAGCUGCCGUUUGAACUGGGUCUCCCUGUUGAGGAUCUGCAGAUCCUCGGGCGAGCAGUUGGCUAGGCGUUGCC
.(((((.(((((((((((((((((((((((((((.(((....))).)))).)))))...(((.(((...))).)))(((((((....))))))).)))))))))))))..)))))))))) ( -63.80)
>DroPse_CAF1 36609 120 - 1
UGGCAAUGGCUUUGAGCUGCUUGCUGCGAUGCUUGAGCUUCUGCUGGAGCGUUCGCUUGAACUGCGUCUCUCUGUUGAGGAUCUCCAGAUCCUCGUUGGUGCAGGCGCCCAGCCGUUGCU
.(((((((((((..(((.((.....))(((((((.(((....))).))))))).)))..)...(((((((.((..((((((((....))))))))..)).).))))))..)))))))))) ( -58.50)
>DroSec_CAF1 31083 120 - 1
UGGCAAUGGCUUUCAGCUGCUUGCUGCGGUGCUUGAGCUUCUGCUGGAGCUGCCGUUUGAACUGGGUCUCCCUGCUGAGGAUCUGCAGAUCCUCGGGCGAGCAGCUGGCUAGGCGUUGCU
.(((((((.((.((((((((((((.(((((((((.(((....))).)))).))))).......(((...)))..(((((((((....)))))))))))))))))))))..)).))))))) ( -67.60)
>DroEre_CAF1 31338 120 - 1
UGGCAAUGACUUUCAGCUGUUUGCUGCGGUGCUUGAGUUUCUGCUGGAGCUGCCGUUUGAACUGGGUUUGCCUGCUGAGGAUCUGCAGAUCCUCGGAUGAGCAGCUGGCUAAGCGCUGCU
.((((.((.(((((((((((((...(((((((((.(((....))).)))).))))).......(((....))).(((((((((....)))))))))..))))))))))..))))).)))) ( -51.00)
>DroYak_CAF1 35171 120 - 1
UGGCUAUGACUUUCAGCUGCUUGUUGCGGUGCUUGAGUUUCUGCUGAAGUUGCCUUUUGAACUGCGUUUGUCUGCUGAGGAUCUGCAGAUCCUCGGGUGAGCAGCUGGACAAGCGUUGCU
.(((.(((.((((((((((((..(.(((((((((.(((....))).))))..........))))).........(((((((((....))))))))))..))))))))))..))))).))) ( -48.20)
>DroPer_CAF1 36715 120 - 1
UGGCAAUGGCUUUCAGCUGCUUGUUGCGAUGCUUGAGCUUCUGCUGGAGCGUUCGCUUGAACUGCGUCUCUCUGUUGAGGAUCUCCAGAUCCUCGUUGGUGCAGGCGCCCAGCCGUUGCU
.((((((((((((((((.((.....))(((((((.(((....))).))))))).)).))))..(((((((.((..((((((((....))))))))..)).).))))))..)))))))))) ( -56.90)
>consensus
UGGCAAUGGCUUUCAGCUGCUUGCUGCGGUGCUUGAGCUUCUGCUGGAGCUGCCGUUUGAACUGCGUCUCCCUGCUGAGGAUCUGCAGAUCCUCGGGCGAGCAGCUGGCCAGGCGUUGCU
.(((((((.((..(((((((((...(((((((((.(((....))).)))).)))))..................(((((((((....)))))))))..)))))))))...)).))))))) (-44.28 = -45.40 +   1.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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