Locus 1317

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	3,822,712 – 3,822,845
Length	133
Max. P	0.935480

overview

Window 8

Location	3,822,712 – 3,822,808
Length	96
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.03
Mean single sequence MFE	-48.98
Consensus MFE	-26.91
Energy contribution	-27.08
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-2.03
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	1.24
SVM RNA-class probability	0.935480
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3822712 96 - 23771897
ACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---UGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGCAGCGGCGGCACUGUGAUGCAGCUGGGCAGUGGGAAUGUGC
.(((.(((((((...((((((((---((((.....((((((.((....))))------))))))))))))))))..((.....))))))))).)))......... ( -56.20)
>DroPse_CAF1 24782 87 - 1
------CUCAGCACCGCCGCUGU---GGCCUGUUGCCCGGCUGCUCCGGCUG------CUGCUGCGGCGGCGGCACUGUGAUGCAGCUGAGCU---GGAAUGUGC
------.(((((.(((((((((.---.((..((.(((.((.....))))).)------).))..)))))))))(((((.....))).)).)))---))....... ( -43.40)
>DroEre_CAF1 22830 96 - 1
ACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---GGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGCAGCGGCGGCACUGUGGUGCAGCUGGGCAGUGGGAAUGUGC
.(((.(((((((.(((((((((.---.((.((((((...))))))))..)))------))))))........((((....)))).))))))).)))......... ( -58.60)
>DroWil_CAF1 32731 93 - 1
ACACCACUUAACACUGCUGCUGUGGUGGCUUGUUGUGAGCCAGCCGCUGAUC---------CGGCUGUGGCAGCAUUGUGAUGCAGCUGAGCU---GGAAUGUGC
...........(((.......((((((((((.....)))))).))))...((---------(((((.((((.((((....)))).))))))))---)))..))). ( -34.30)
>DroAna_CAF1 21680 105 - 1
ACGCCGCUCAGAACCGCCGCUGUGGUGGCCUGCUGGCUGCCAGCGGCUGCUGCUGCCGCCGCCGCAGAGGCAGCACUAUGGUGCAGCUGGGCUGUGGGAAUGUGC
.(((.((((((....(((.((((((((((..(((((...)))))(((.......))))))))))))).))).((((....))))..)))))).)))......... ( -58.00)
>DroPer_CAF1 25116 87 - 1
------CUCAGCACCGCCGCUGU---GGCCUGUUGCCCGGCUGCUCCGGCUG------CUGCUGCGGCGGCGGCACUGUGAUGCAGCUGAGCU---GGAAUGUGC
------.(((((.(((((((((.---.((..((.(((.((.....))))).)------).))..)))))))))(((((.....))).)).)))---))....... ( -43.40)
>consensus
ACGCCGCUCAGCACCGCCGCUGU___GGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCUG______CGGCGGCAGCGGCGGCACUGUGAUGCAGCUGAGCU___GGAAUGUGC
......((((((..((((((...........(((((...))))).(((((..........))))).))))))(((......))).)))))).............. (-26.91 = -27.08 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	3,822,752 – 3,822,845
Length	93
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.11
Mean single sequence MFE	-51.92
Consensus MFE	-42.78
Energy contribution	-43.08
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.35
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.70
SVM RNA-class probability	0.825909
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3822752 93 + 23771897
GCCGCCG------CCGCAGCUGCUGGCAGCCAACAGGCA---ACGGCGGCGGUGCUGAGCGGCGUGGCCGCUGCUGCCGCCCUCGGCGGCUACAAUCCAAAU
(((((((------((((....)).))).(((....))).---..(((((((((....((((((...)))))))))))))))...))))))............ ( -52.60)
>DroSec_CAF1 22448 93 + 1
GCCGCCG------CCGCAGCUGCUGGCAGCCAACAGGCC---ACGGCGGCGGUGCUGAGCGGCGUGGCCGCUGCUGCCGCCCUCGGCGGCUACAAUCCAAAU
(((((((------((((....)).))).(((....))).---..(((((((((....((((((...)))))))))))))))...))))))............ ( -51.70)
>DroSim_CAF1 22133 93 + 1
GCCGCCG------CCGCAGCUGCUGGCAGCCAACAGGCC---ACGGCGGCGGUGCUGAGCGGCGUGGCCGCUGCUGCCGCCCUCGGCGGCUACAAUCCAAAU
(((((((------((((....)).))).(((....))).---..(((((((((....((((((...)))))))))))))))...))))))............ ( -51.70)
>DroEre_CAF1 22870 93 + 1
GCCGCCG------CCGCAGCUGCUGGCAGCCAACAGGCC---ACGGCGGCGGUGCUGAGCGGCGUGGCCGCUGCUGCCGCCCUCGGCGGCUACAAUCCAAAU
(((((((------((((....)).))).(((....))).---..(((((((((....((((((...)))))))))))))))...))))))............ ( -51.70)
>DroYak_CAF1 22910 93 + 1
GCCGCCG------CCGCAGCUGCUGGCAGCCAACAGGCA---ACGGCGGCGGUGCUGAGCGGCGUGGCCGCUGCUGCCGCCCUCGGCGGCUACAAUCCAAAU
(((((((------((((....)).))).(((....))).---..(((((((((....((((((...)))))))))))))))...))))))............ ( -52.60)
>DroAna_CAF1 21720 99 + 1
GCGGCGGCGGCAGCAGCAGCCGCUGGCAGCCAGCAGGCCACCACAGCGGCGGUUCUGAGCGGCGUGGCCGCA---GCCGCCCUAGGUGGCUACAAUCCGAAC
(((((.(((.(..(((..(((((((...(((....))).....)))))))....)))...).))).)))))(---((((((...)))))))........... ( -51.20)
>consensus
GCCGCCG______CCGCAGCUGCUGGCAGCCAACAGGCC___ACGGCGGCGGUGCUGAGCGGCGUGGCCGCUGCUGCCGCCCUCGGCGGCUACAAUCCAAAU
((((((........(((.(((((((...(((....))).....))))))).)))..(((.((((((((....)))).)))))))))))))............ (-42.78 = -43.08 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	3,822,752 – 3,822,845
Length	93
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.11
Mean single sequence MFE	-56.23
Consensus MFE	-43.18
Energy contribution	-43.93
Covariance contribution	0.75
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.87
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.15
SVM RNA-class probability	0.607639
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3822752 93 - 23771897
AUUUGGAUUGUAGCCGCCGAGGGCGGCAGCAGCGGCCACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---UGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGC
............((((((...)))))).((((((((...))))))..)).((((((((((---.((.((((((...)))))))).))))------)))))). ( -55.70)
>DroSec_CAF1 22448 93 - 1
AUUUGGAUUGUAGCCGCCGAGGGCGGCAGCAGCGGCCACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---GGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGC
............((((((...)))))).((((((((...))))))..)).(((((((((.---.((.((((((...))))))))..)))------)))))). ( -58.70)
>DroSim_CAF1 22133 93 - 1
AUUUGGAUUGUAGCCGCCGAGGGCGGCAGCAGCGGCCACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---GGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGC
............((((((...)))))).((((((((...))))))..)).(((((((((.---.((.((((((...))))))))..)))------)))))). ( -58.70)
>DroEre_CAF1 22870 93 - 1
AUUUGGAUUGUAGCCGCCGAGGGCGGCAGCAGCGGCCACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---GGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGC
............((((((...)))))).((((((((...))))))..)).(((((((((.---.((.((((((...))))))))..)))------)))))). ( -58.70)
>DroYak_CAF1 22910 93 - 1
AUUUGGAUUGUAGCCGCCGAGGGCGGCAGCAGCGGCCACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---UGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGC
............((((((...)))))).((((((((...))))))..)).((((((((((---.((.((((((...)))))))).))))------)))))). ( -55.70)
>DroAna_CAF1 21720 99 - 1
GUUCGGAUUGUAGCCACCUAGGGCGGC---UGCGGCCACGCCGCUCAGAACCGCCGCUGUGGUGGCCUGCUGGCUGCCAGCGGCUGCUGCUGCCGCCGCCGC
...(((....(((....))).((((((---.(((((...(((((.(((........)))(((..(((....)))..)))))))).))))).)))))).))). ( -49.90)
>consensus
AUUUGGAUUGUAGCCGCCGAGGGCGGCAGCAGCGGCCACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU___GGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG______CGGCGGC
............(((((((..((((((.((((((((...))))))..))...))))))......(((((((((...)))))))..))........))))))) (-43.18 = -43.93 +   0.75)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:04:40 2006