Locus 1158

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 3,355,556 – 3,355,676
Length 120
Max. P 0.617303
window1803

overview

Window 3

Location 3,355,556 – 3,355,676
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.33
Mean single sequence MFE -60.32
Consensus MFE -49.27
Energy contribution -49.97
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.17
SVM RNA-class probability 0.617303
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3355556 120 + 23771897
CCAUCGUAGUACCGCACCGGUGGCGGCAGCUGCUCGUACAUGGCAGCUGCUGCUCCCGGUGGAAGGGCACCUGCUGCUCCCGCUCCAGCUCCUGGAAUCGGCAGCUGGGCGAACGGAGGA
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>DroSec_CAF1 22737 120 + 1
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...........(((((((((..(((((.((((((.......)))))).)))))..))))))...(.(((.(((((((....))(((((...)))))...))))).))).)...))).... ( -53.30)
>DroSim_CAF1 20425 120 + 1
CCAUCGUAGUACCGCACCGGUGGCGGCAGCUGCUCGUACAUGGCAGCCGCUGCUCCCGGUGGAAGGGCACCUGCUGCUCCCGCUCCAGCUCCUGGAAUCGGCAGCUGGGCGAACGGAGGA
.....((((..((.((((((..(((((.((((((.......)))))).)))))..))))))...))....))))..(((((((.((((((.(((....))).)))))))))...)))).. ( -61.30)
>DroEre_CAF1 21316 120 + 1
CCAUCGUAGUACCGCACCGGUGGCGGCAGUUGCUCGUACAUGGCAGCCGUUGCUCCCGGUGGAAGGGCUCCAGCUGCUCCCGCUCCAGCUCCUGGCAUCGGCAGCUGGGCGAACGGAGGA
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>DroYak_CAF1 21311 120 + 1
CCAUCGUAGUACCGCACCGGUGGCGGCAGCUGCUCGUACAUGGCAGCCGCUGCUCCCGGUGGCAGGGCUCCAGCUGCUCCCGCACCACCACCUGGCAUCGGCAGCUGGGCGAACGGAGGA
((..(((....((.((((((..(((((.((((((.......)))))).)))))..))))))...))((.(((((((((......(((.....)))....)))))))))))..)))..)). ( -61.90)
>DroAna_CAF1 23451 120 + 1
CCGUCGUAGUACCUUACCGGCGGAGGCAGUUGUUCGUAUAGGGCAGCCGCAGCGCCUGGAGGCAGGGCUCCAGCUGCUCCCGCCCCGCCGCCAGCGAGCGGCAGCUGGGAAAACGGCGGC
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>consensus
CCAUCGUAGUACCGCACCGGUGGCGGCAGCUGCUCGUACAUGGCAGCCGCUGCUCCCGGUGGAAGGGCACCAGCUGCUCCCGCUCCAGCUCCUGGAAUCGGCAGCUGGGCGAACGGAGGA
((.((((....((.((((((..(((((.((((((.......)))))).)))))..))))))...))((.((.((((((.....((((.....))))...)))))).))))..)))).)). (-49.27 = -49.97 +   0.70)

alignment

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secondary structure

Postscript

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