Locus 1153

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 3,339,013 – 3,339,133
Length 120
Max. P 0.506785
window1795

overview

Window 5

Location 3,339,013 – 3,339,133
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.39
Mean single sequence MFE -49.88
Consensus MFE -35.06
Energy contribution -34.87
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.70
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.506785
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3339013 120 + 23771897
AAAUUGCCAGCACCACAGAAGCAGUGCGAGAACUGCAGCAACAGUUCGCCUCCGAGGAUGUGGGUCCCCAUCUCUUGGGAGUGGAAGAACUACUGCAGGCGCAUUCGCUGCAGGAACUCC
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>DroVir_CAF1 6767 120 + 1
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>DroGri_CAF1 6442 120 + 1
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>DroWil_CAF1 4795 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 4125 120 + 1
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>DroAna_CAF1 4557 120 + 1
AGAUAGCCGGCACCACGGAGUCCGUGCGUGAGCUGCAGCAGCAGUUCGCCUCCGAGGACGUGGGCCCACAUCUGCUGGGUGUGGAGGAGCUGUUGCAGGCUCACUCCCUCCAGGAGCUGC
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>consensus
AGAUUGCCAGCACCACGGAAUCGGUGCGUGAACUGCAGCAGCAGUUCGCCUCCGAGGAUGUGGGUCCACAUCUACUGGGUGUCGAGGAGCUGCUGCAGGCGCACUCGCUGCAGGAGCUGC
............((((.............(((((((....)))))))((((....(((((((....)))))))...))))))))...((((.((((((.........)))))).)))).. (-35.06 = -34.87 +  -0.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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