Locus 1066

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 3,128,437 – 3,128,557
Length 120
Max. P 0.587062
window1648

overview

Window 8

Location 3,128,437 – 3,128,557
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.17
Mean single sequence MFE -43.20
Consensus MFE -28.38
Energy contribution -28.47
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.40
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.587062
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3128437 120 + 23771897
AUGUCGCCUGCUCUUUGCCGCUCACUGUCUGCUGUAUACGCCAGAGAACGAGCACUUCGGCAUUGUGCCGCUGGAGGGCAUGUACUGCUCGAAGCCAGUCGUGGCAUUAAACAGCGGCGG
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>DroVir_CAF1 34148 120 + 1
AUGCCGACUAUUGUAUUUCGCACACUGCCUGCUCUACACGCCCGAGAACGAACACUUUGGCAUUGUGCCCCUGGAGGGCAUGUACUUCUGCAAGCCGGUGGUGGCCCUCAACAGCGGAGG
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>DroPse_CAF1 13595 120 + 1
GUGUCGCCUGCUGUAUGCCGCCCACUGUCUGCUCUACACCCCAGAGAACGAGCACUUUGGCAUCGUCCCCUUGGAGGGAAUGUAUUUCUCCAAGCCGGUGGUGGCCCUCAACAGCGGCGG
....((((.(((((..((((((.((((....((((.......)))).((((((......)).))))...(((((((..(.....)..))))))).)))))))))).....))))))))). ( -47.00)
>DroGri_CAF1 17974 120 + 1
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>DroWil_CAF1 24156 120 + 1
GUGCCGGUUACUCUAUUCAGCCCACUGUCUGCUAUACACGCCCGAUAAUGAACAUUUUGGCAUCGUUCCAUUGGAGGGCAUGUAUUUUACCAAGCCGAUAGUGGCAUUGAAUAGUGGUGG
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>DroMoj_CAF1 17687 120 + 1
AUGCAAUUUGCUGUAUUCCGCACAUUGUCUGCUCUAUACGCCGGAGAACGAGCACUUUGGCAUUGUGCCACUGGAGGGCAUGUAUUUCUGCAAGCCGGUGGUGGCUCUGAACAGUGGUGG
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>consensus
AUGCCGCCUACUGUAUGCCGCACACUGUCUGCUCUACACGCCAGAGAACGAACACUUUGGCAUUGUGCCACUGGAGGGCAUGUAUUUCUCCAAGCCGGUGGUGGCACUGAACAGCGGUGG
...(((((.(((((.....((.(((..((.(((......(((..((........))..)))..((((((.......))))))..........))).))..))))).....)))))))))) (-28.38 = -28.47 +   0.09)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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