Locus 864

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,018,834 – 4,018,993
Length 159
Max. P 0.982218
window1496 window1497

overview

Window 6

Location 4,018,834 – 4,018,953
Length 119
Sequences 5
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.29
Mean single sequence MFE -28.21
Consensus MFE -25.52
Energy contribution -25.12
Covariance contribution -0.40
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 1.49
SVM RNA-class probability 0.958655
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4018834 119 - 20766785
CGUUUUCAGACAACAACUACUUUCAGAUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUGUUUAUUUCUCCGUGUUUAUCUGCCUCAUCGUAAAAAUAGA
......((((.((((........(((..(((((((..(((((((((.....)))))))))..)))).....)))..)))............))))..)))).................. ( -19.15)
>DroSec_CAF1 1688 119 - 1
CGUUUUCAGGCAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUAGAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUGUUUAUUUCUCCGUGUUUAUCUGCCUCAUCGUAAAAAUAGA
.......((((((((...((..((((((((.((((..((((((((((...))))))))))..))))..))))))))..))...........))).....)))))............... ( -30.04)
>DroSim_CAF1 3740 119 - 1
CGUUUUCAGGCAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCCGUUUAUUUCUCCGUGUUUAUCUGCCUCAUCGUAAAAAUAGA
.......((((((((...((..((((((((.((((..(((((((((.....)))))))))..))))..))))))))..))...........))).....)))))............... ( -28.54)
>DroEre_CAF1 1671 119 - 1
CGUUUUCAGACAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAGCGCGGGGAUUUUAGAUCCUUGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUGUUUAUUUUUCCGUGUUUAUCUGCCUCAUCGUAAAAAUAGA
.(((....))).......((..((((((((..(((((((((((((((...)))))))))).)))))..))))))))..))((((((((.((((...........)).)).)))))))). ( -35.50)
>DroYak_CAF1 3581 119 - 1
CGUUUUCAGACAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUUGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUGUUUAUUUUGCCAUGUUUAUCUGCCUCAUCGUAAAAAUAGA
.(((....)))...........((((((((.((((..((..(((((.....)))))..))..))))..))))))))((((((...((((.(((...........))).)))))))))). ( -27.80)
>consensus
CGUUUUCAGACAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUGUUUAUUUCUCCGUGUUUAUCUGCCUCAUCGUAAAAAUAGA
......((((.((((...((..((((((((.((((..(((((((((.....)))))))))..))))..))))))))..))...........))))..)))).................. (-25.52 = -25.12 +  -0.40)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 4,018,874 – 4,018,993
Length 119
Sequences 5
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.63
Mean single sequence MFE -33.20
Consensus MFE -32.94
Energy contribution -32.38
Covariance contribution -0.56
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.47
Structure conservation index 0.99
SVM decision value 1.91
SVM RNA-class probability 0.982218
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4018874 119 - 20766785
AGAUCCUUUGUCUAACCAGCUCUUGUGGUGCGGCUAUUAACGUUUUCAGACAACAACUACUUUCAGAUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUG
.......((((((.((((.(....)))))(((........)))....))))))..........(((..(((((((..(((((((((.....)))))))))..)))).....)))..))) ( -25.30)
>DroSec_CAF1 1728 119 - 1
AGAUCCAUUGUCUAACCAGCUCUUGUGGUGCGGCUAUUAACGUUUUCAGGCAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUAGAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUG
.......((((((.((((.(....)))))(((........)))....)))))).........((((((((.((((..((((((((((...))))))))))..))))..))))))))... ( -34.20)
>DroSim_CAF1 3780 119 - 1
AGAUCCAUUGUCUAACCAGCUCUUGUGGUGCGGCUAUUAACGUUUUCAGGCAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCCG
.......((((((.((((.(....)))))(((........)))....)))))).........((((((((.((((..(((((((((.....)))))))))..))))..))))))))... ( -33.60)
>DroEre_CAF1 1711 119 - 1
AGAUCCUUUGUCUAACCGGCUCUUGUGGUGCGGCUAUUAACGUUUUCAGACAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAGCGCGGGGAUUUUAGAUCCUUGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUG
.......((((((.((((.(....)))))(((........)))....)))))).........((((((((..(((((((((((((((...)))))))))).)))))..))))))))... ( -40.30)
>DroYak_CAF1 3621 119 - 1
AGAUCCUUUGUCUAACCAGCUCUUGUGGUGCGGCUAUUAACGUUUUCAGACAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUUGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUG
.......((((((.((((.(....)))))(((........)))....)))))).........((((((((.((((..((..(((((.....)))))..))..))))..))))))))... ( -32.60)
>consensus
AGAUCCUUUGUCUAACCAGCUCUUGUGGUGCGGCUAUUAACGUUUUCAGACAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUG
.......((((((.((((.(....)))))(((........)))....)))))).........((((((((.((((..(((((((((.....)))))))))..))))..))))))))... (-32.94 = -32.38 +  -0.56)

alignment

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secondary structure

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