Locus 843

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 3,956,628 – 3,956,748
Length 120
Max. P 0.690043
window1465

overview

Window 5

Location 3,956,628 – 3,956,748
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.17
Mean single sequence MFE -46.97
Consensus MFE -37.56
Energy contribution -38.37
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.14
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.33
SVM RNA-class probability 0.690043
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3956628 120 + 20766785
GUUGCAUAUCUGGAGUUGAGCACAUUCCGCCGGAGAAGAGUGCUUAACAAGUUCAACGGCCCCCGCGGCCUGCCGCUGAUGGGAAACGCUCAUCAAAUGGGCAAGAAUCCGUCAGGUGGG
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>DroPse_CAF1 3570 120 + 1
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>DroSec_CAF1 3603 120 + 1
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>DroSim_CAF1 6158 120 + 1
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....(((((((((.(((((((((.((((....).)))..)))))))))..((((...((((.....))))((((..(((((((.....)))))))....)))).))))...))))))))) ( -47.50)
>DroEre_CAF1 3327 120 + 1
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>DroYak_CAF1 4069 120 + 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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