Locus 761

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 3,678,387 – 3,678,507
Length 120
Max. P 0.977988
window1322

overview

Window 2

Location 3,678,387 – 3,678,507
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.08
Mean single sequence MFE -43.88
Consensus MFE -38.48
Energy contribution -39.88
Covariance contribution 1.40
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 1.80
SVM RNA-class probability 0.977988
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3678387 120 + 20766785
ACAGAUGUAGCUGCUCGUGGUCUCGAUAUUGUGGGCGUAAAAACGGUAAUCAACUUUGUGAUGCCCAUCACCACAGAGCACUACAUCCAUCGAGUGGGUCGUACGGCUCGAGCUGGGCGU
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>DroSim_CAF1 10666 120 + 1
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>DroEre_CAF1 9612 120 + 1
ACAGAUGUAGCUGCUCGUGGUCUGGAUAUUGUGGGCGUAAAAACGGUCAUCAACUUUGUGAUGCCCAUCACCACAGAGCACUACAUCCAUCGAGUGGGUCGUACCGCUCGAGCUGGACGU
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>DroYak_CAF1 7395 120 + 1
ACAGAUGUAGCUGCUCGUGGUCUGGAUAUUGUGGGCGUUAAAACAGUCAUCAACUUUGUGAUGCCCAUCACCACUGAGCACUACAUCCAUCGAGUGGGCCGUACCGCUCGAGCUGGACGU
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>DroAna_CAF1 4330 120 + 1
ACCGACGUGGCUGCUCGAGGUCUGGAUAUCGUCGGCGUCAAGACGGUCAUUAAUUUCGUCAUGCCCAUAACAACGGAGCAUUACAUCCAUCGCGUGGGUCGUACAGCUCGUGCCGGACGU
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>consensus
ACAGAUGUAGCUGCUCGUGGUCUGGAUAUUGUGGGCGUAAAAACGGUCAUCAACUUUGUGAUGCCCAUCACCACAGAGCACUACAUCCAUCGAGUGGGUCGUACCGCUCGAGCUGGACGU
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