Locus 758

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 3,677,314 – 3,677,434
Length 120
Max. P 0.951330
window1319

overview

Window 9

Location 3,677,314 – 3,677,434
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.33
Mean single sequence MFE -44.42
Consensus MFE -37.08
Energy contribution -37.80
Covariance contribution 0.72
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 1.41
SVM RNA-class probability 0.951330
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3677314 120 + 20766785
CCUUUCACGUCCCCUGAUGCGUGCCAUCGGUGUGCUGGGGUACAUAUAUCCUACGCCGAUCCAGGCCUCUACGAUUCCUGUGGCUUUGCUAGGUCGCGAUAUCUGCGGCUGUGCUGCCAC
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>DroSim_CAF1 9574 120 + 1
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>DroEre_CAF1 8520 120 + 1
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>DroYak_CAF1 6303 120 + 1
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>DroAna_CAF1 3240 120 + 1
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>consensus
UCUGUCACGUCCCCUGAUGCGUGCCAUCGGUGUGCUGGGAUACAUCUAUCCUACGCCGAUCCAGGCCUCUACGAUUCCGGUGGCUUUGCUAGGUCGUGAUAUCUGUGGCUGUGCUGCCAC
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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