Locus 750

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 3,659,135 – 3,659,255
Length 120
Max. P 0.788336
window1308

overview

Window 8

Location 3,659,135 – 3,659,255
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.00
Mean single sequence MFE -42.97
Consensus MFE -27.58
Energy contribution -27.25
Covariance contribution -0.33
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.86
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.58
SVM RNA-class probability 0.788336
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3659135 120 - 20766785
UGGCGUCCCAGAUCUGGGACUUGGGCGACCAAAAGUCCAACUCAAUGGACUUCGCCGAGGCCAUCGACAACUCGGACCUAGAGUCGUUCGGCUUCACGGAUGACUUCAUCAUCGAGCUGU
((((((((((....))))))((.(((((.....((((((......))))))))))).))))))...(((.(((((.....((((((((((......)))))))))).....))))).))) ( -52.50)
>DroVir_CAF1 5925 120 - 1
UGGCGUCACAGAUCUGGGAACUGGGUGACAAGAAGUCCAAUUCGAUGGACUUUGCUGAGGCCAUUGAUAGCUCAGAUCUGGAAUCGUUCGGUUUCACCGAUGACUUCAUUAUCGAACUCU
(((.((((((((((((((.....(((..((.((((((((......))))))))..))..)))........)))))))))).......((((.....)))))))).)))............ ( -40.82)
>DroGri_CAF1 6071 120 - 1
UGGCGUCCCAGAUCUGGGAUCUGGGCAACAACAAGUCCAAUUCCAUGGACUUUGCCGAGGCCAUCGACAGUUCGGAUCUGGAAUCUUUCGGAUUCACCGAUGAUUUCAUCAUCGAACUCU
((((((((((....))))))((.(((((.....((((((......))))))))))).)))))).....((((((((((((((....)))))))))...((((((...))))))))))).. ( -49.30)
>DroWil_CAF1 7749 120 - 1
UGGCCUCCCAGAUAUGGGACUUGGGUAUUAACAAGUCCAAUUCCAUGGACUUUGCCGAGGCCAUUGAUAAUUCAGAUCUGGAAUCUUUUGGUUUUACGGACGAUUUCAUUAUCGAGCUAU
((((((((((....)))......((((.....(((((((......))))))))))))))))))(((((((........(((((((.((((......)))).))))))))))))))..... ( -38.80)
>DroMoj_CAF1 6037 120 - 1
UGGCGUCUCAGAUCUGGGAGCUGGGUGACAACAAAUCGAAUUCGAUGGACUUUGCGGAAGCUGUCGAUAAUUCCGAUUUAGAAUCUUUUGGUUUUACCGAUGAUUUCAUUAUCGAACUCU
.(((.(((((....))))))))((((((((....((((....)))).......((....))))))........((((...(((((..((((.....)))).)))))....)))).)))). ( -32.00)
>DroAna_CAF1 5702 120 - 1
UGGCGUCGCAGAUCUGGGAACUGGGCGACAACAAGACCAAUUCGAUGGACUUUGCCGAGGCCAUUGACAACUCGGAUCUGGAGUCGUUCGGCUUUACGGACGACUUCAUUAUCGAACUGU
((((.(((((((((((.(((.(((.(........).))).)))..)))).)))).))).))))...(((..((((...((((((((((((......))))))))))))...))))..))) ( -44.40)
>consensus
UGGCGUCCCAGAUCUGGGAACUGGGCGACAACAAGUCCAAUUCGAUGGACUUUGCCGAGGCCAUCGACAACUCGGAUCUGGAAUCGUUCGGUUUCACCGAUGACUUCAUUAUCGAACUCU
((((.(((((....))))).((.(((((.....((((((......))))))))))).))))))((((...........(((((((....)))))))..((((....)))).))))..... (-27.58 = -27.25 +  -0.33)

alignment

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secondary structure

Postscript

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