Locus 729

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 3,568,984 – 3,569,077
Length 93
Max. P 0.777162
window1282

overview

Window 2

Location 3,568,984 – 3,569,077
Length 93
Sequences 6
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.67
Mean single sequence MFE -44.40
Consensus MFE -23.09
Energy contribution -24.28
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.14
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.777162
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3568984 93 + 20766785
--AGGCGGCAUCCUUGAGGCUGCGCAGCGCCAUAGCGUUGUGAUGCAGCAGCGCCGCCGUGGUGGGCGUCAUGUCCACAAUGAUGCCGCCACCCA------
--.((((((...(....)((((((((((((....)))))))...)))))...))))))(((((((.((((((.......)))))))))))))...------ ( -50.10)
>DroVir_CAF1 14349 92 + 1
GGCUGCCGCCUCCUUCAGGCUGCGCAGCGCCAGCGCAUUGUGGUGCAGCAGCGCAGCCGUCGACGGGGUCAUGUCCACGAUCAGGCCAC---CCA------
((.((..((((...((.((((((((.((((((........))))))....))))))))((.((((......)))).))))..)))))).---)).------ ( -39.40)
>DroPse_CAF1 2218 101 + 1
GGCUGCAGCCUCCUUAAGGCUGCGCAGGGCCAGUGCAUUGUGGUGCAACAGUGCUGCCGUGGUCGGCGUCAUAUCCACUAUGAGGCCCCCUCCCACUGCCA
(((.(((((((.....)))))))...(((((...(((((((......))))))).((((....)))).(((((.....)))))))))).........))). ( -46.70)
>DroMoj_CAF1 17576 90 + 1
--UGGCCGCCUCCUUCAGGCUGCGCAGCGCCAGCGCAUUGUGGUGCAGCAGGGCGGCCGUCGUCGGGGUCAUGUCCACGAUUAGGCCAG---CCA------
--.(((((((.((....))((((...((((((........)))))).)))))))))))(((((.(((......))))))))..((....---)).------ ( -40.40)
>DroAna_CAF1 2575 94 + 1
-CUGGCAGCCUCCUUCAGGCUGCGCAGCGCCAUGGCGUUGUGAUGCAACAGAGCCGCCGCAGUGGGCGUCAUAUCCACGAUGAUGCCCCCGCCCA------
-((((((((((.....)))))))(((((((....))))))).......))).......((.(.(((((((((.......)))))))))).))...------ ( -43.10)
>DroPer_CAF1 2229 101 + 1
GGCUGCAGCCUCCUUAAGGCUGCGCAGGGCCAGUGCAUUGUGGUGCAACAGUGCUGCCGUGGUCGGCGUCAUAUCCACUAUGAGGCCCCCUCCCACUGCCA
(((.(((((((.....)))))))...(((((...(((((((......))))))).((((....)))).(((((.....)))))))))).........))). ( -46.70)
>consensus
_GCGGCAGCCUCCUUCAGGCUGCGCAGCGCCAGCGCAUUGUGGUGCAACAGCGCCGCCGUGGUCGGCGUCAUAUCCACGAUGAGGCCCCC_CCCA______
....(((((((.....)))))))((.((((....((((....))))....)))).)).......(((.((((.......)))).))).............. (-23.09 = -24.28 +   1.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:45:46 2006