Locus 66

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	1,320,382 – 1,320,540
Length	158
Max. P	0.599453

overview

Window 6

Location	1,320,382 – 1,320,500
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.47
Mean single sequence MFE	-36.04
Consensus MFE	-32.90
Energy contribution	-33.18
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.22
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	0.05
SVM RNA-class probability	0.556293
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1320382 118 + 20766785
AAACAAGGCCCGCGUGCU--GGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCACCAGAGAUUAUUUGUUU
(((((((((......)))--.(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))(((..(((((.((...((((....))))....)).)))))..)))..)))))) ( -35.60)
>DroSec_CAF1 38921 118 + 1
AAACAAGGCCCGCGUGCU--GGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUCGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCACCAGAGAUUAUUUGUUU
(((((((((......)))--.(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))(((..(((((.((...((((....))))....)).)))))..)))..)))))) ( -35.60)
>DroSim_CAF1 18012 118 + 1
AAACAAGGCCCGCGUGCU--GGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGUGUCGAGCCACCAGAGAUUAUUUGUUU
(((((((((......)))--.(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))(((..(((((.(.(((((((......)).)))))))))))..)))..)))))) ( -35.50)
>DroEre_CAF1 20375 120 + 1
AAACAAGGCCCGCGUGCUGUGGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCAGCAGAGACUAUUUGUUU
(((((((...(((.....)))(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))..(((((((((.((..((((....)))).)))))))))))......))))))) ( -38.60)
>DroYak_CAF1 6381 118 + 1
AAACAAGGCCCGCGUGCU--GGCAGUGUUGAUUUGCAUGAAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCACCAGAGACUAUUUGUUU
(((((((((......)))--.(((((((((((((((((((....))))))).))))...)))))))).....(((((.((...((((....))))....)).))))).......)))))) ( -34.90)
>consensus
AAACAAGGCCCGCGUGCU__GGCAGUGUUGAUUUGCAUGGAUGUUUAUGCAUAAUUUAUGGCGCUGCAAUUGCUGGUUGUGUUCGCAAACAUGCGUCGAGCCACCAGAGAUUAUUUGUUU
(((((((..............(((((((((((((((((((....))))))).))))...))))))))(((..(((((.((...((((....))))....)).)))))..))).))))))) (-32.90 = -33.18 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	1,320,420 – 1,320,540
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.67
Mean single sequence MFE	-21.91
Consensus MFE	-18.30
Energy contribution	-18.46
Covariance contribution	0.16
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.60
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.13
SVM RNA-class probability	0.599453
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1320420 120 - 20766785
AAUAAUAAAGCGAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAAUCUCUGGUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU
.........((.((((.(((.....(((((((((((((......)))))....(((((.......((((....))))......)))))...)))).))))..))).))))))........ ( -21.52)
>DroSec_CAF1 38959 120 - 1
AAUAAUAAAGCGAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAAUCUCUGGUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACGACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU
.........((.((((.(((.....(((((((((((((......))))).....((.(((.(((.((((....))))....)))))).)).)))).))))..))).))))))........ ( -23.00)
>DroSim_CAF1 18050 120 - 1
AAUAAUAAAGCGAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAAUCUCUGGUGGCUCGACACAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU
.........((.((((.(((.....(((((((((((((......)))))....(((((.(.(((.((......))))).)...)))))...)))).))))..))).))))))........ ( -20.00)
>DroEre_CAF1 20415 120 - 1
AAUAAUAAAGCAAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAGUCUCUGCUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU
.........(((.(((.(((.....(((((((((((((......))))).....((((((.....((((....)))).......)))))).)))).))))..))).))))))........ ( -23.90)
>DroYak_CAF1 6419 120 - 1
AAUAAUAAAGCAAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAUUAUUUAAAAACAAAUAGUCUCUGGUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU
.........(((.(((.(((.....(((((((((((((......)))))))..(((((.......((((....))))......))))).....)).))))..))).))))))........ ( -21.12)
>consensus
AAUAAUAAAGCGAUAAAUUAAAUUAGUGCGCAAUAUUUAAAAACAAAUAAUCUCUGGUGGCUCGACGCAUGUUUGCGAACACAACCAGCAAUUGCAGCGCCAUAAAUUAUGCAUAAACAU
.........(((.(((......))).)))(((.(((((......))))).......(((((.(..((((....))))..........((....)).).)))))......)))........ (-18.30 = -18.46 +   0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:25:23 2006