Locus 6460

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 20,207,362 – 20,207,519
Length 157
Max. P 0.928562
window10301 window10302 window10303

overview

Window 1

Location 20,207,362 – 20,207,479
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.33
Mean single sequence MFE -51.82
Consensus MFE -42.60
Energy contribution -43.88
Covariance contribution 1.28
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.82
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.507339
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20207362 117 + 20766785
CACUGCUCCACUGACAGCUCCA---CCUCUGACGCGCCGCUCCACAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAAACCAGCAGCUGCGUGGGCGGCUUGGCCACCGCUCCCGUCC
..((((......).))).....---.....((((.((((((((.(((((((((....(((.((((.....)))).)))....))))))))).).)))))))..(((....)))..)))). ( -50.50)
>DroSec_CAF1 420 117 + 1
CACUGCUCCACUGACAGCUCCA---CCUCUGACGCGCCGCUCCACAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAACUGCGUGGGCGGCUUGGCCACCGCGCCCGUCC
..((((......).))).....---.....((((.((((((((.(((.(((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))).))).).)))))))..(((......))))))). ( -47.70)
>DroSim_CAF1 1 101 + 1
----------------GCUCCA---CAUCUGACGCGCCGCUCCACAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAGCUGCGUGGGCGGCUUGGCCACCGCGCCCGUCC
----------------......---.....((((.((((((((.(((((((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))))))).).)))))))..(((......))))))). ( -53.00)
>DroEre_CAF1 441 117 + 1
CACCGCUCCACUGGCAGCUCCA---CCGCUGACGCGCCGCUCCACAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAGCUGCGUUGGCGGCUUGGCCACCGCACCCGUCC
....((.....(((((((....---..)))..((.((((((.(.(((((((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))))))).)..)))))).))))))..))........ ( -51.60)
>DroYak_CAF1 459 117 + 1
CACCGCUCCACUGGCAGCUCCA---CCUCUGGCGCGCCGCUCCACAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAGCUGCGUCGGCGGCUUGGCCACCGCACCCGUCC
....((.....((((.((.(((---....))).))((((((.(.(((((((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))))))).)..))))))...))))..))........ ( -54.60)
>DroAna_CAF1 153 120 + 1
CGCCCCACCACUGGCAGCUCCACCACCGCUGCCGGGCCGCCCCACAGCUGCCCAGUAGCCCGAGCAGAGCGCUCAGCCACACCAGCAGUUGCGUGGGCGGCAACGCCACCGCCUCCGUGC
.....(((..((((((((.........))))))))((((((((.(((((((...((.((..((((.....)))).)).))....))))))).).)))))))...............))). ( -53.50)
>consensus
CACCGCUCCACUGGCAGCUCCA___CCUCUGACGCGCCGCUCCACAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAGCUGCGUGGGCGGCUUGGCCACCGCACCCGUCC
..............................((((.((((((((.(((((((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))))))).).)))))))...((....))...)))). (-42.60 = -43.88 +   1.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 20,207,362 – 20,207,479
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.33
Mean single sequence MFE -64.18
Consensus MFE -54.87
Energy contribution -56.05
Covariance contribution 1.18
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.74
SVM RNA-class probability 0.837014
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20207362 117 - 20766785
GGACGGGAGCGGUGGCCAAGCCGCCCACGCAGCUGCUGGUUUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGAGCGGCGCGUCAGAGG---UGGAGCUGUCAGUGGAGCAGUG
.((((.(.((((((((...))))))..(((((((((((((..((((((((.....)))))))).)).)))))))))))..))..).)))).....---....(((((.......))))). ( -62.70)
>DroSec_CAF1 420 117 - 1
GGACGGGCGCGGUGGCCAAGCCGCCCACGCAGUUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGAGCGGCGCGUCAGAGG---UGGAGCUGUCAGUGGAGCAGUG
.(((((.(((((((((...))))))..(((((((((((..(.((((((((.....)))))))).)..)))))))))))..))).).)))).....---....(((((.......))))). ( -63.10)
>DroSim_CAF1 1 101 - 1
GGACGGGCGCGGUGGCCAAGCCGCCCACGCAGCUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGAGCGGCGCGUCAGAUG---UGGAGC----------------
.(((((.(((((((((...))))))..(((((((((((..(.((((((((.....)))))))).)..)))))))))))..))).).)))).....---......---------------- ( -61.50)
>DroEre_CAF1 441 117 - 1
GGACGGGUGCGGUGGCCAAGCCGCCAACGCAGCUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGAGCGGCGCGUCAGCGG---UGGAGCUGCCAGUGGAGCGGUG
..((.(.(.((.((((...(((((...(((((((((((..(.((((((((.....)))))))).)..)))))))))))..)))))((..((....---))..)).)))).)).).).)). ( -66.10)
>DroYak_CAF1 459 117 - 1
GGACGGGUGCGGUGGCCAAGCCGCCGACGCAGCUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGAGCGGCGCGCCAGAGG---UGGAGCUGCCAGUGGAGCGGUG
..((.(.(.((.((((...(((((...(((((((((((..(.((((((((.....)))))))).)..)))))))))))..)))))((.(((....---))).)).)))).)).).).)). ( -68.20)
>DroAna_CAF1 153 120 - 1
GCACGGAGGCGGUGGCGUUGCCGCCCACGCAACUGCUGGUGUGGCUGAGCGCUCUGCUCGGGCUACUGGGCAGCUGUGGGGCGGCCCGGCAGCGGUGGUGGAGCUGCCAGUGGUGGGGCG
.(((((.((((....))))(((((((.((((.(((((.(.((((((((((.....)))).))))))).))))).)))))))))))))((((((.........)))))).)))........ ( -63.50)
>consensus
GGACGGGCGCGGUGGCCAAGCCGCCCACGCAGCUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGAGCGGCGCGUCAGAGG___UGGAGCUGCCAGUGGAGCGGUG
.(((((.(((((((((...))))))..((((((((((((.(.((((((((.....)))))))).).))))))))))))..))).).))))............(((((.......))))). (-54.87 = -56.05 +   1.18)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 20,207,399 – 20,207,519
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.83
Mean single sequence MFE -55.62
Consensus MFE -35.00
Energy contribution -35.06
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 1.19
SVM RNA-class probability 0.928562
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 20207399 120 - 20766785
GCCGCUACCACGCGCUGCACCAUUCCGUACUACGCCUCCGGGACGGGAGCGGUGGCCAAGCCGCCCACGCAGCUGCUGGUUUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGA
((.(((.((((.((((.(.((.(((((...........))))).)))))))))))...))).))...(((((((((((((..((((((((.....)))))))).)).))))))))))).. ( -62.80)
>DroVir_CAF1 211 114 - 1
UCGGUGACCACGCGCUGCACGAUACCCUAUUAUGCAUCCGGU------GUGGCGCCGUCGCCGCCGACGCAGCUGCUCGUCUGGCUAAGCGCCCUGCUCGGUCUGCUGAGCAGCUGUGGG
.(((((((...((((..((((((.(........).)))..))------)..)))).)))))))....((((((((((((.(.(((..(((.....)))..))).).)))))))))))).. ( -56.10)
>DroPse_CAF1 301 117 - 1
GCCGUCACCACGCGCUGCACAUUCCCGUACUAUGCCUCGGGCACAGAGGCCGCGGC---ACCGCCCACGCAGCUGCUCGUCUGGCUGAGUGCGUUGCUCGGCCUUCUCAGCAGCUGUGGG
.......(((((.(((((.....((((..........))))....(((((((.(((---(.(((..((.(((((........))))).))))).)))))))))))....)))))))))). ( -51.40)
>DroGri_CAF1 244 114 - 1
UCGGUGAGCACACGCUGUGAGAUACCAUAUUUUGCGUCCGGU------GUGGCGCCGUCGCCGCCAACGCAGCUGCUCGUCUUUCUGAGCGCCCUGCUCGGUCUGUUGAGCAGCUGUGGG
.((((((((.(((((((..(((((...)))))..)....)))------)))..))..))))))....((((((((((((.(...((((((.....))))))...).)))))))))))).. ( -52.20)
>DroAna_CAF1 193 120 - 1
UCCGUCUCCAGCCGCUGUACGAUACCGUACUAUGCCUCCGGCACGGAGGCGGUGGCGUUGCCGCCCACGCAACUGCUGGUGUGGCUGAGCGCUCUGCUCGGGCUACUGGGCAGCUGUGGG
.(((.(((..(((((((((((....)))))...(((((((...)))))))))))))...((((((((.((....))))).))))).))))((.((((((((....))))))))..)))). ( -60.30)
>DroPer_CAF1 301 117 - 1
GCCGUCACCACUCGCUGCACAUUCCCGUACUAUGCCUCGGGCACAGAGGCCGCGGC---ACCGCCCACGCAGCUGCUCGUCUGGCUGAGUGCGUUGCUCGGCCUUCUCAGCAGCUGUGGG
.............(((((((......)).....(((((.......))))).)))))---.....((.((((((((((.....((((((((.....)))))))).....)))))))))))) ( -50.90)
>consensus
GCCGUCACCACGCGCUGCACGAUACCGUACUAUGCCUCCGGCAC_GAGGCGGCGGCGU_GCCGCCCACGCAGCUGCUCGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUGUGGG
............((((((......((.............)).......)))))).............((((((((((.....((((((((.....)))))))).....)))))))))).. (-35.00 = -35.06 +   0.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:11:32 2006