Locus 644

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	3,222,009 – 3,222,124
Length	115
Max. P	0.990590

overview

Window 2

Location	3,222,009 – 3,222,124
Length	115
Sequences	5
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.13
Mean single sequence MFE	-31.38
Consensus MFE	-25.88
Energy contribution	-26.80
Covariance contribution	0.92
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-2.35
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	2.22
SVM RNA-class probability	0.990590
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3222009 115 + 20766785
UCGGACAAACGUUAAAGCCGGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAUAUCAUAUCGGCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUAGAGCAAGUCAUUAUCUUGAUUGCUCG
..((((....((((..((((((....)))))).((((((......)))))).))))........(((......)))....)))).....((((((.(((......))))))))). ( -35.30)
>DroSec_CAF1 4815 115 + 1
UCGGACAAACGUAAAAGCCGGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUCGAGCAAGUCAUUAUCUUGAUUGCUCG
..((((....((....)).(((((....((((...((((.((((.(((...))).)))).))))))))...)))))....))))....(((((((.(((......)))))))))) ( -35.40)
>DroSim_CAF1 5145 115 + 1
UCGGACAAACGCAAAAGCCGGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUCGAGCAAGUCAUUAUCUUGAUUGCUCG
..((((....((....)).(((((....((((...((((.((((.(((...))).)))).))))))))...)))))....))))....(((((((.(((......)))))))))) ( -37.30)
>DroEre_CAF1 4587 115 + 1
UUGGGCAAAUGUAAAAGCCGGCUGUUGUUAGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUAGAGCAAGUGAUUAUCUUGAUUACUCG
.(((((.............(((.((((....))))((((.((((.(((...))).)))).)))))))..(((....))).))))).........(((((((.....))))))).. ( -23.70)
>DroYak_CAF1 4673 115 + 1
UUGCGCAAAUGUAAAUGCACGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCGUUCUAGCCAGACGUCCAUAUAGAGCAAGUUAUUAUCUCGAUUGCUCG
(((((....)))))(((.(((((((((.((((...((((.((((.(((...))).)))).))))))))...))).))).))).)))...((((((.............)))))). ( -25.22)
>consensus
UCGGACAAACGUAAAAGCCGGCUGUUGUUGGCAAUGAUAAGAUCAUAUCAUAUAAGAUCAUAUCGCCAUUCUAGCCAGACGUCCAUAUAGAGCAAGUCAUUAUCUUGAUUGCUCG
..((((....((....)).(((((....((((...((((.((((.(((...))).)))).))))))))...)))))....)))).....((((((.(((......))))))))). (-25.88 = -26.80 +   0.92)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	3,222,009 – 3,222,124
Length	115
Sequences	5
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.13
Mean single sequence MFE	-29.39
Consensus MFE	-23.62
Energy contribution	-24.70
Covariance contribution	1.08
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.52
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.27
SVM RNA-class probability	0.661735
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3222009 115 - 20766785
CGAGCAAUCAAGAUAAUGACUUGCUCUAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGCCGAUAUGAUAUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCCGGCUUUAACGUUUGUCCGA
.(((((((((......))).))))))....((((((((.(((......))))))..........((((((......)))))).(((..........)))..........))))). ( -28.30)
>DroSec_CAF1 4815 115 - 1
CGAGCAAUCAAGAUAAUGACUUGCUCGAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCCGGCUUUUACGUUUGUCCGA
((((((((((......))).)))))))..(..(((((((((((....((((((((.((((...........)))).))))...)))).....)))))).....)))))..).... ( -35.60)
>DroSim_CAF1 5145 115 - 1
CGAGCAAUCAAGAUAAUGACUUGCUCGAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCCGGCUUUUGCGUUUGUCCGA
((((((((((......))).)))))))...((((((..(((((....((((((((.((((...........)))).))))...)))).....)))))((....))...)))))). ( -36.50)
>DroEre_CAF1 4587 115 - 1
CGAGUAAUCAAGAUAAUCACUUGCUCUAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCUAACAACAGCCGGCUUUUACAUUUGCCCAA
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>DroYak_CAF1 4673 115 - 1
CGAGCAAUCGAGAUAAUAACUUGCUCUAUAUGGACGUCUGGCUAGAACGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCGUGCAUUUACAUUUGCGCAA
.((((((.............))))))..............(((.....(((((((.((((...........)))).))))...)))......)))(((((........))))).. ( -24.72)
>consensus
CGAGCAAUCAAGAUAAUGACUUGCUCUAUAUGGACGUCUGGCUAGAAUGGCGAUAUGAUCUUAUAUGAUAUGAUCUUAUCAUUGCCAACAACAGCCGGCUUUUACGUUUGUCCGA
.(((((((((......))).))))))....((((((.((((((....(((((((((((..(((((...)))))..)))).))))))).....))))))..........)))))). (-23.62 = -24.70 +   1.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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