Locus 6300

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,748,371 – 19,748,478
Length 107
Max. P 0.570910
window10071

overview

Window 1

Location 19,748,371 – 19,748,478
Length 107
Sequences 5
Columns 107
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.29
Mean single sequence MFE -35.67
Consensus MFE -31.97
Energy contribution -32.17
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.26
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.570910
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19748371 107 + 20766785
CAGCAUUUCAGUGCCUCAGUUUGGCAGUCGCAAAUCGCUGAUCGAUUGUCGGGGGCAGCGUGUUGACUCUAUCGUUGCACAAACGGAGCAGCUGAAGUAUUGUGUCA
(((.((((((((..(((.(((((((((.(((((..(((((.(((.....)))...)))))..))).......)))))).))))).)))..)))))))).)))..... ( -34.61)
>DroSec_CAF1 1144 107 + 1
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(((.((((((((..(((.(((((((((.(((((..(((((.(((.....)))...)))))..))).......)))))).))))).)))..)))))))).)))..... ( -34.61)
>DroSim_CAF1 3642 107 + 1
CAGCAUUUCAGUGCCUCAGUUUGGCAGUCGCAAAUCGCUGAUCGAUUGUCGGGGGCAGCGUGUUGACUCUAUCGUUGCACAAACGGAGCAGCUGAAGUAUUGUGUCA
(((.((((((((..(((.(((((((((.(((((..(((((.(((.....)))...)))))..))).......)))))).))))).)))..)))))))).)))..... ( -34.61)
>DroEre_CAF1 1246 107 + 1
CAGAAUUUCAGGGCUUCAGUUUGGCAGUCGCAAAUCGCUGAUCGAUUGUCGGGGGCAGCGUGUUGACUCUAUCGUUGCACAAACGGAGCAGCUGAAGUAUUGUGUCA
(((.(((((((.(((((.(((((((((.(((((..(((((.(((.....)))...)))))..))).......)))))).))))))))))..))))))).)))..... ( -35.91)
>DroYak_CAF1 3790 107 + 1
CAAUAUUUCAGUGCUACAGUGUGGCAGUCGCAAAUCGCUGAUCGAUUGUCGGGGGCAGCGUGUUGACUCUAUCGUUGCACAAACGGAGCAGCUGAAGUAUUGUGUCA
(((((((((((((((...(((..(((((((((...(((((.(((.....)))...))))))).))))).....))..)))......)))).)))))))))))..... ( -38.60)
>consensus
CAGCAUUUCAGUGCCUCAGUUUGGCAGUCGCAAAUCGCUGAUCGAUUGUCGGGGGCAGCGUGUUGACUCUAUCGUUGCACAAACGGAGCAGCUGAAGUAUUGUGUCA
(((.((((((((..(((.(((((((((.(((((..(((((.(((.....)))...)))))..))).......)))))).))))).)))..)))))))).)))..... (-31.97 = -32.17 +   0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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