Locus 6163

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 19,387,034 – 19,387,151
Length 117
Max. P 0.920829
window9876

overview

Window 6

Location 19,387,034 – 19,387,151
Length 117
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.69
Mean single sequence MFE -46.48
Consensus MFE -35.90
Energy contribution -36.12
Covariance contribution 0.22
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 1.14
SVM RNA-class probability 0.920829
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 19387034 117 - 20766785
AUCUCAAGGCCCCGCACUCUGGGUGUCCUUGGACGCGGCCUCAGCUGCACCGUGUGUAUUCGGGAUGCGCCCUGCACCACGUA---GUAUACACCAUGGAUACUGUGGCAAUGGGGCCUA
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>DroSec_CAF1 556 117 - 1
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>DroSim_CAF1 849 117 - 1
AUCUCAAGGCCCCGCACUCUGGUUGUCCUUGGACGCGGCCUCAGCUGCACCGUGUGUAUUCGGGAUGCGCCCUGCACUACGUA---GUAUACACCAUGGAUACUGUGGCGUUGGGGCCUA
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>DroEre_CAF1 864 101 - 1
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>DroYak_CAF1 843 106 - 1
AUCUCAAGGCCCCGCACUCUGGGUGUCCUUGGACGAGGCCUCAGCUGCACCGUGUGUAUUCGGGA--------------UGUGCCCCUGCACACCAUGGAUGCUUUGGCGAUGGGGUCUA
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>consensus
AUCUCAAGGCCCCGCACUCUGGGUGUCCUUGGACGCGGCCUCAGCUGCACCGUGUGUAUUCGGGAUGCGCCCUGCACCACGUA___GUAUACACCAUGGAUACUGUGGCGAUGGGGCCUA
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