Locus 601

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	3,066,268 – 3,066,443
Length	175
Max. P	0.938354

overview

Window 5

Location	3,066,268 – 3,066,376
Length	108
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.71
Mean single sequence MFE	-35.59
Consensus MFE	-24.59
Energy contribution	-24.98
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-1.79
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.18
SVM RNA-class probability	0.619524
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3066268 108 - 20766785
CCGGGAUA---UACGU---------AUACGUGUAGCAUGUGCGGUGGGCAUAUUGAUGCCAUCGGAAUCGGGCCAAGCAAUUUAGUCUUUUGUGUCUAAUGGAUGCCAUUAGUCGGCUCG
((((..((---((((.---------...))))))((....))....(((((....))))).))))...((((((..((((.........))))(.(((((((...))))))).))))))) ( -35.60)
>DroSec_CAF1 23051 107 - 1
CCGGGAUA---UACAU---------AUACG-AUGGCAUGUGCGGUGGGCAUAUUGAUGCCAUCGGAAUCGGGCCAAGCAAUUUGGUCUUUUGUGUCUAAUGGAUGCCAUUAGUCGGCUCG
........---.....---------...((-(((((((((((.....))))....)))))))))....((((((..((((.........))))(.(((((((...))))))).))))))) ( -36.40)
>DroSim_CAF1 17724 108 - 1
CCGGGAUA---UACGU---------AUACGUAUGGCAUGUGCGGUGGGCAUAUUGAUGCCAUCGGAAUCGGGCCAAGCAAUUUGGUCUUUUGUGUCUAAUGGAUGCCAUUAGUCGGCUCG
((((...(---((((.---------...)))))(((((((((.....))))....))))).))))...((((((..((((.........))))(.(((((((...))))))).))))))) ( -36.30)
>DroEre_CAF1 17542 100 - 1
--------------------CGUACAUACGUAUAGUAUGUGCGGUGGGCAUAUUGAUGCCAUCGGAAUCGGGCCAAGCAAUUUAGUCUUUUGUGUCUAAUGGAUGCCAUUAGUCGGCUCG
--------------------(((((((((.....)))))))))...(((((....)))))........((((((..((((.........))))(.(((((((...))))))).))))))) ( -37.70)
>DroYak_CAF1 17351 117 - 1
CCGGGAUA---UACAUAGUACAUACAUGCGUUUAGUAUGUGCGGUGGGCAUAUUGAUGCCAUCGGAAUCGGGCUAAGCAAUUUGGUCUUUUGUGUCUAAUGGAUGCCAUUAGUCGGCUCA
((((....---..(((.((((((((.........)))))))).)))(((((....))))).))))....(((((..((((.........))))(.(((((((...))))))).)))))). ( -37.80)
>DroAna_CAF1 13757 106 - 1
CCGGCAUUGGGUAGCU---------AU-CUUCUAACAC--ACA--GUAUAUAUCGAUGCCAUCGGAAUCGGGCCAGGCAAUUUGGUCUUUUGUGUCUAAUGGAUGCCAUUAGUCGGCUCA
..((((((((...(((---------..-..........--..)--)).....)))))))).........(((((((((......)))).....(.(((((((...))))))).)))))). ( -29.74)
>consensus
CCGGGAUA___UACAU_________AUACGUAUAGCAUGUGCGGUGGGCAUAUUGAUGCCAUCGGAAUCGGGCCAAGCAAUUUGGUCUUUUGUGUCUAAUGGAUGCCAUUAGUCGGCUCG
.........................................((((((.(((....))))))))).....(((((..((((.........))))(.(((((((...))))))).)))))). (-24.59 = -24.98 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	3,066,308 – 3,066,410
Length	102
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	73.14
Mean single sequence MFE	-33.49
Consensus MFE	-12.28
Energy contribution	-13.12
Covariance contribution	0.84
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-2.04
Structure conservation index	0.37
SVM decision value	1.16
SVM RNA-class probability	0.924869
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3066308 102 - 20766785
AAAUAAAUGCAGUGUG------UGUCUGUGUGUCUGUGUGCCGGGAUA---UACGU---------AUACGUGUAGCAUGUGCGGUGGGCAUAUUGAUGCCAUCGGAAUCGGGCCAAGCAA
......((((.(..((------(((.(((((((((........)))))---)))).---------)))))..).)))).((((((((.(((....))))))))((.......))..))). ( -32.10)
>DroSec_CAF1 23091 99 - 1
AAAUAAAUGCAGUGUGUCUGU--------GUGUCUGUGUACCGGGAUA---UACAU---------AUACG-AUGGCAUGUGCGGUGGGCAUAUUGAUGCCAUCGGAAUCGGGCCAAGCAA
.......(((..(((((.(((--------((((((........)))))---)))).---------)))))-.((((...(.((((((.(((....))))))))).).....)))).))). ( -33.60)
>DroSim_CAF1 17764 108 - 1
AAAUAAAUGCAGUGUGUCUGUGUGUCUGUGUGUCUGUGUACCGGGAUA---UACGU---------AUACGUAUGGCAUGUGCGGUGGGCAUAUUGAUGCCAUCGGAAUCGGGCCAAGCAA
........((((.....))))((((.(((((((((........)))))---)))).---------))))((.((((...(.((((((.(((....))))))))).).....)))).)).. ( -34.50)
>DroYak_CAF1 17391 109 - 1
AAAUAAAUGCAGUGUGUCUGU--------GUGCUUUUGUGCCGGGAUA---UACAUAGUACAUACAUGCGUUUAGUAUGUGCGGUGGGCAUAUUGAUGCCAUCGGAAUCGGGCUAAGCAA
........(((((((((((((--------(((..(((......)))..---))))))).)))))).)))(((((((...(.((((((.(((....))))))))).).....))))))).. ( -37.00)
>DroAna_CAF1 13797 103 - 1
AAAUAUGUGCAGGAACCCA---GGAAUGGGUUUCCAUAUGCCGGCAUUGGGUAGCU---------AU-CUUCUAACAC--ACA--GUAUAUAUCGAUGCCAUCGGAAUCGGGCCAGGCAA
....(((((..((((((((---....)))))))))))))(((((((((((...(((---------..-..........--..)--)).....))))))))...((.......)).))).. ( -30.24)
>consensus
AAAUAAAUGCAGUGUGUCUGU__G__UG_GUGUCUGUGUGCCGGGAUA___UACAU_________AUACGUAUAGCAUGUGCGGUGGGCAUAUUGAUGCCAUCGGAAUCGGGCCAAGCAA
.......(((.(.....).............(((((....((((..............................((....))....(((((....))))).))))...)))))...))). (-12.28 = -13.12 +   0.84)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	3,066,348 – 3,066,443
Length	95
Sequences	5
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	70.88
Mean single sequence MFE	-25.67
Consensus MFE	-13.50
Energy contribution	-14.30
Covariance contribution	0.80
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	1.27
SVM RNA-class probability	0.938354
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3066348 95 + 20766785
ACAUGCUACACGUAU---------ACGUA---UAUCCCGGCACACAGACACACAGACA------CACACUGCAUUUAUUUUGACUU--UUGUGGGAUCUAUUGUCACGUGCCGGG
.........(((...---------.))).---...((((((((...((((...(((..------((((..(((.......)).)..--.))))...)))..))))..)))))))) ( -25.80)
>DroSec_CAF1 23131 92 + 1
ACAUGCCAU-CGUAU---------AUGUA---UAUCCCGGUACACAGACAC--------ACAGACACACUGCAUUUAUUUCGACUU--UUGUGGGAUCUAUUGUCACGUGCCGGG
(((((....-....)---------)))).---...((((((((...((((.--------..(((....(..((.............--.))..)..)))..))))..)))))))) ( -22.54)
>DroSim_CAF1 17804 101 + 1
ACAUGCCAUACGUAU---------ACGUA---UAUCCCGGUACACAGACACACAGACACACAGACACACUGCAUUUAUUUCGACUU--UUGUGGGAUCUAUUGUCACGUGCCGGG
.......(((((...---------.))))---)..((((((((...((((...(((..((((((.....................)--)))))...)))..))))..)))))))) ( -26.40)
>DroYak_CAF1 17431 102 + 1
ACAUACUAAACGCAUGUAUGUACUAUGUA---UAUCCCGGCACAAAAGCAC--------ACAGACACACUGCAUUUAUUUCAACUU--UUGUGGCAUCUAUUGUCACGUGCCGGA
((((((.........))))))........---....(((((((....(((.--------..........)))..............--..((((((.....))))))))))))). ( -28.80)
>DroAna_CAF1 13835 100 + 1
--GUGUUAGAAG-AU---------AGCUACCCAAUGCCGGCAUAUGGAAACCCAUUCC---UGGGUUCCUGCACAUAUUUUGAUUUUUUUGUGCCAUCUAUUGUCACGUGUCCGU
--(((.(((.((-((---------.((........)).((((((.((((.((((....---))))))))....((.....)).......)))))))))).))).)))........ ( -24.80)
>consensus
ACAUGCUAUACGUAU_________ACGUA___UAUCCCGGCACACAGACAC_CA__C__ACAGACACACUGCAUUUAUUUCGACUU__UUGUGGGAUCUAUUGUCACGUGCCGGG
...................................((((((((.................(((.....)))...................((((.(.....).)))))))))))) (-13.50 = -14.30 +   0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	3,066,348 – 3,066,443
Length	95
Sequences	5
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	70.88
Mean single sequence MFE	-28.62
Consensus MFE	-9.66
Energy contribution	-12.14
Covariance contribution	2.48
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-1.82
Structure conservation index	0.34
SVM decision value	0.44
SVM RNA-class probability	0.735440
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 3066348 95 - 20766785
CCCGGCACGUGACAAUAGAUCCCACAA--AAGUCAAAAUAAAUGCAGUGUG------UGUCUGUGUGUCUGUGUGCCGGGAUA---UACGU---------AUACGUGUAGCAUGU
((((((((..((((((((((..((((.--..(.((.......)))..))))------.)))))).))))...)))))))).((---((((.---------...))))))...... ( -34.40)
>DroSec_CAF1 23131 92 - 1
CCCGGCACGUGACAAUAGAUCCCACAA--AAGUCGAAAUAAAUGCAGUGUGUCUGU--------GUGUCUGUGUACCGGGAUA---UACAU---------AUACG-AUGGCAUGU
..((((..(((...........)))..--..))))......((((..(((((.(((--------((((((........)))))---)))).---------)))))-...)))).. ( -22.90)
>DroSim_CAF1 17804 101 - 1
CCCGGCACGUGACAAUAGAUCCCACAA--AAGUCGAAAUAAAUGCAGUGUGUCUGUGUGUCUGUGUGUCUGUGUACCGGGAUA---UACGU---------AUACGUAUGGCAUGU
(((((((((.((((((((((.(.((..--..)).)......((((((.....)))))))))))).))))))))..))))).((---((((.---------...))))))...... ( -29.40)
>DroYak_CAF1 17431 102 - 1
UCCGGCACGUGACAAUAGAUGCCACAA--AAGUUGAAAUAAAUGCAGUGUGUCUGU--------GUGCUUUUGUGCCGGGAUA---UACAUAGUACAUACAUGCGUUUAGUAUGU
(((((((((.(...((((((((.((..--..(((......)))...))))))))))--------...)...)))))))))...---............((((((.....)))))) ( -29.60)
>DroAna_CAF1 13835 100 - 1
ACGGACACGUGACAAUAGAUGGCACAAAAAAAUCAAAAUAUGUGCAGGAACCCA---GGAAUGGGUUUCCAUAUGCCGGCAUUGGGUAGCU---------AU-CUUCUAACAC--
........(((.....(((((((.................((((..((((((((---....))))))))))))((((.......)))))))---------))-)).....)))-- ( -26.80)
>consensus
CCCGGCACGUGACAAUAGAUCCCACAA__AAGUCGAAAUAAAUGCAGUGUGUCUGU__G__UG_GUGUCUGUGUGCCGGGAUA___UACAU_________AUACGUAUAGCAUGU
((((((((((((((...(((...........))).........((((.....)))).........)))).))))))))))................................... ( -9.66 = -12.14 +   2.48)

alignment

secondary structure

dotplot

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