Locus 6008

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 18,869,908 – 18,870,059
Length 151
Max. P 0.732610
window9637 window9638

overview

Window 7

Location 18,869,908 – 18,870,028
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.94
Mean single sequence MFE -49.83
Consensus MFE -31.52
Energy contribution -30.33
Covariance contribution -1.19
Combinations/Pair 1.46
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.654273
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18869908 120 + 20766785
CGCUCUGGGGAUGCAAGUGGGCGGACCACAGUUUCCGCUCGGUAAUCAGACGCUGCUUGUGCUGCUGCUGCAACUGGUCGCAUAGCGGCUGGGGCAUAGGCAGCGGCAGUGGAAGCAGCU
.(.(((((...(((....(((((((........))))))).))).))))))(((((((.((((((((((((..(..(((((...)))))..).......)))))))))))).))))))). ( -62.30)
>DroVir_CAF1 3852 120 + 1
CGCUCUGCGGAUGUAAGUGAGCGGACCACAGUUUCCGUUCGGUGAUUAAACGCUGUUUGUGCUGCUGCUGCAAUUGAUCGCUCAACGGCUGUGGCAUGGGUAACGGCAGCGGCAGCAGUU
.((.(.(((..((..(.((((((((........)))))))).)...))..))).)...))(((((((((((..((((....))))..(((((.((....)).))))).))))))))))). ( -45.60)
>DroGri_CAF1 4355 120 + 1
CGCUCUGUGGAUGCAGAUGUGCGGACCAAAGCUUGCGUUCGGUAAUCAAACGCUGCUUGUGCUGCAGCUUCAGCUGUUCACUCAACGGUUGUGGCAUCGGCAGCGGCAGUGGCAACAGUU
.(((((((.(.(((.(((.(((((....((((..(((((.(.....).))))).))))...)))))(((.((((((((.....)))))))).)))))).))).).)))).)))....... ( -45.80)
>DroWil_CAF1 1952 120 + 1
CACUCUGUGGAUGCAGAUGGGCAGACCAAAGCUUACGCUCGGUAAUCAGGCGCUGCUUGUGCUGUUGCUGCAACUGAUCACAUAGAGGCUGCGGCAUGGGCAAUGGCAAGGGCAACAGCU
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>DroMoj_CAF1 2264 120 + 1
CGCUCUGCGGAUGCAAGUGAGCGGACCACAGCUUGCGUUCAGUGAUCAAACGCUGCUUGUGCUGCUGCUUCAGCUGAUCGCUCAGUGGCUGUGGCAUGGGCAAUGGCAGUGGCAACAAUU
.(((((((((((((((((............))))))))))..........((.((((..(((..(.(((...(((((....)))))))).)..)))..)))).)))))).)))....... ( -48.80)
>DroAna_CAF1 2337 120 + 1
CGCUCUGCGGAUGCAAGUGGGCGGACCACAGUUUCCGUUCAGUAAUCAGGCGCUGCUUAUGCUGCUGCUUCAACUGGUCACACAAAGGCUGCGGCAUCGGCAGCGGCAGUGGAAGGAGCU
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>consensus
CGCUCUGCGGAUGCAAGUGGGCGGACCACAGCUUCCGUUCGGUAAUCAAACGCUGCUUGUGCUGCUGCUGCAACUGAUCACACAACGGCUGUGGCAUGGGCAACGGCAGUGGCAACAGCU
..(.((((.(((...(.((((((............)))))).).)))...((.((((((((((((.(((....(((......))).))).)))))))))))).)))))).)......... (-31.52 = -30.33 +  -1.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 18,869,948 – 18,870,059
Length 111
Sequences 6
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.08
Mean single sequence MFE -44.28
Consensus MFE -30.73
Energy contribution -31.65
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.32
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.43
SVM RNA-class probability 0.732610
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18869948 111 + 20766785
GGUAAUCAGACGCUGCUUGUGCUGCUGCUGCAACUGGUCGCAUAGCGGCUGGGGCAUAGGCAGCGGCAGUGGAAGCAGCUCCGCCAAAAGUUUCAGUCCUGUACGGAA-GGA----
(((.....((.(((((((.((((((((((((..(..(((((...)))))..).......)))))))))))).))))))))).))).......((..(((.....))).-.))---- ( -51.60)
>DroSim_CAF1 2378 111 + 1
GGUGAUCAGACGCUGCUUGUGCUGCUGCUGCAACUGGUCGCAUAGCGGCUGGGGCAUGGGCAGCGGCAGUGGAAGCAACUCCGCCAAAAGUUUCAGUCCUGUACGGAA-GAU----
((((....((.(.(((((.((((((((((((..(..(((((...)))))..).......)))))))))))).))))).)))))))...........(((.....))).-...---- ( -45.70)
>DroEre_CAF1 2330 111 + 1
AGUGAUUAGACGCUGCUUGUGCUGUUGCUGCAACUGGUCGCAAAGGGGCUGGGGCAUCGGCAGCGGGAGUGGAAGUAGCUCCGCCAAAAGCUUCAGUCCUGUACGAAA-GAA----
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>DroWil_CAF1 1992 115 + 1
GGUAAUCAGGCGCUGCUUGUGCUGUUGCUGCAACUGAUCACAUAGAGGCUGCGGCAUGGGCAAUGGCAAGGGCAACAGCUCGGCCAAAAGCUUAAGACCUGCAACGAA-GAACAUA
(((....((((..((((..((((((.(((....(((......))).))).))))))..)))).((((..((((....)))).))))...))))...))).........-....... ( -38.70)
>DroYak_CAF1 2382 111 + 1
GGUGAUCAGACGCUGCUUGUGCUGUUGCUGCAACUGGUCGCAAAGCGGCUGGGGCAUCGGCAGCGGGAGCGGAAGCAGUUCCGCCAAAAGUUUCAGUCCUGCACGAAA-GAA----
((((....((.(((((((.((((.(((((((..(..(((((...)))))..).......))))))).)))).)))))))))))))..................(....-)..---- ( -45.00)
>DroAna_CAF1 2377 112 + 1
AGUAAUCAGGCGCUGCUUAUGCUGCUGCUUCAACUGGUCACACAAAGGCUGCGGCAUCGGCAGCGGCAGUGGAAGGAGCUCCGCCAAGAGUUUAAGUCCUAAAAGACAAUAU----
.((.....(.(((((((.(((((((.((((....((....))...)))).))))))).))))))).)...(((..((((((......))))))...)))......)).....---- ( -41.80)
>consensus
GGUAAUCAGACGCUGCUUGUGCUGCUGCUGCAACUGGUCGCAUAGCGGCUGGGGCAUCGGCAGCGGCAGUGGAAGCAGCUCCGCCAAAAGUUUCAGUCCUGUACGAAA_GAA____
........((((((((((.((((((((((((.....(((.((.......)).)))....)))))))))))).)))))))...((.....))....))).................. (-30.73 = -31.65 +   0.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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