Locus 5815

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	18,414,161 – 18,414,281
Length	120
Max. P	0.957613

overview

Window 3

Location	18,414,161 – 18,414,262
Length	101
Sequences	5
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.34
Mean single sequence MFE	-27.58
Consensus MFE	-14.90
Energy contribution	-15.58
Covariance contribution	0.68
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.93
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	0.13
SVM RNA-class probability	0.595677
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18414161 101 + 20766785
UGGAUAUAUCCAAAAUACAACUGCU-----------------UAAAACCUAGUCUAUCGAGUUCCACGAUCUAUCUGCAGAUAGGUCGCUGUAUACAGUUGUAUCUGCAACCGACAGU
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>DroSec_CAF1 2176 106 + 1
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---.(((((...-.)))))(((((.-------..-..((((.......((((.....)))).....(((((((((....)))))))))..))))(((((....)))))....).)))) ( -26.00)
>DroSim_CAF1 2255 109 + 1
UGGAUGUAUCCA-AAUACAACUGCU-------UU-AAAUGCUUAAAACCUAGUUCAUCUAGUUCCACGAUCUAUCUGCAGAUGGGUCGCUGCAUGCAGAUGUAUCUGCAACCGACAGU
.((.((((....-.(((((.((((.-------..-..((((.......((((.....)))).....(((((((((....)))))))))..)))))))).))))).)))).))...... ( -29.60)
>DroEre_CAF1 2372 110 + 1
UGGAUGUAUCCA-AGUACAUCUAAU-------UCAAGAUGUUUAAGACUUAGUGCAUCUAGUUCCAUGAUCUAUCUGCGAAUGGGUCGCUGUAUACAGCUGUAUCUGCAAGCGACAGU
(((((((((..(-(((((((((...-------...)))))).....)))).)))))))))...((((...(.....)...))))((((((((((((....))))..)).))))))... ( -30.60)
>DroYak_CAF1 2274 116 + 1
UGGAUGUAUCCA-AU-UCAACUAAUUAGGUGUUCAAAAUGUAUAAAAGCUAGUCCAUCUAGUUACAUGAUCUAUCUGCAGAUGGUUCGCUGUAUACAGAUGUAUCUGCAGCUGACAGU
((((....))))-..-(((..((((((((((..(.....((......))..)..))))))))))..)))((...(((((((((.....(((....)))...)))))))))..)).... ( -27.40)
>consensus
UGGAUGUAUCCA_AAUACAACUGCU_______UC_AAAUGUUUAAAACCUAGUCCAUCUAGUUCCACGAUCUAUCUGCAGAUGGGUCGCUGUAUACAGAUGUAUCUGCAACCGACAGU
.(((((((((......................................((((.....))))...(((((((((((....))))))))).))......)))))))))............ (-14.90 = -15.58 +   0.68)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	18,414,186 – 18,414,281
Length	95
Sequences	5
Columns	97
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.87
Mean single sequence MFE	-27.42
Consensus MFE	-19.10
Energy contribution	-18.74
Covariance contribution	-0.36
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.03
SVM RNA-class probability	0.546495
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18414186 95 + 20766785
--UAAAACCUAGUCUAUCGAGUUCCACGAUCUAUCUGCAGAUAGGUCGCUGUAUACAGUUGUAUCUGCAACCGACAGUGACAACCAAAUGAGGCUGA
--.......((((((((((.......))))(((((....)))))((((((((.....(((((....)))))..)))))))).........)))))). ( -26.40)
>DroSec_CAF1 2204 97 + 1
UUUAAUACCUAGUUCAUCUAGUUCCACGAUCUAUCUGCAGAUGGGUCGCUGCAUGCAGAUGUAUCUGCAACCGACAGUGACAACCAAAUGGGGCUGA
..................((((((((....(((((....)))))((((((((.((((((....))))))...).))))))).......)))))))). ( -30.60)
>DroSim_CAF1 2286 97 + 1
CUUAAAACCUAGUUCAUCUAGUUCCACGAUCUAUCUGCAGAUGGGUCGCUGCAUGCAGAUGUAUCUGCAACCGACAGUGACAACCAAAUGGGGCUGA
..................((((((((....(((((....)))))((((((((.((((((....))))))...).))))))).......)))))))). ( -30.60)
>DroEre_CAF1 2404 97 + 1
UUUAAGACUUAGUGCAUCUAGUUCCAUGAUCUAUCUGCGAAUGGGUCGCUGUAUACAGCUGUAUCUGCAAGCGACAGUGACAACCAAAUGAGGCUGA
....((.((((.((((..(((.((...)).)))..))))..(((((((((((.....(((((....)).))).))))))))..)))..)))).)).. ( -23.70)
>DroYak_CAF1 2312 97 + 1
UAUAAAAGCUAGUCCAUCUAGUUACAUGAUCUAUCUGCAGAUGGUUCGCUGUAUACAGAUGUAUCUGCAGCUGACAGUGACAACCAAAUGAGGCUGA
.........((((((((...(((((.((.((...(((((((((.....(((....)))...)))))))))..)))))))))......))).))))). ( -25.80)
>consensus
UUUAAAACCUAGUCCAUCUAGUUCCACGAUCUAUCUGCAGAUGGGUCGCUGUAUACAGAUGUAUCUGCAACCGACAGUGACAACCAAAUGAGGCUGA
.........((((((((...(((.(((((((((((....))))))))((.(.((((....))))).))........)))..)))...))).))))). (-19.10 = -18.74 +  -0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	18,414,186 – 18,414,281
Length	95
Sequences	5
Columns	97
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.87
Mean single sequence MFE	-28.06
Consensus MFE	-23.28
Energy contribution	-24.16
Covariance contribution	0.88
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.99
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	1.48
SVM RNA-class probability	0.957613
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18414186 95 - 20766785
UCAGCCUCAUUUGGUUGUCACUGUCGGUUGCAGAUACAACUGUAUACAGCGACCUAUCUGCAGAUAGAUCGUGGAACUCGAUAGACUAGGUUUUA--
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>DroSec_CAF1 2204 97 - 1
UCAGCCCCAUUUGGUUGUCACUGUCGGUUGCAGAUACAUCUGCAUGCAGCGACCCAUCUGCAGAUAGAUCGUGGAACUAGAUGAACUAGGUAUUAAA
...(((.(((((((((.((((.(((..((((((((...((.((.....))))...))))))))...))).))))))))))))).....)))...... ( -29.50)
>DroSim_CAF1 2286 97 - 1
UCAGCCCCAUUUGGUUGUCACUGUCGGUUGCAGAUACAUCUGCAUGCAGCGACCCAUCUGCAGAUAGAUCGUGGAACUAGAUGAACUAGGUUUUAAG
..((((.(((((((((.((((.(((..((((((((...((.((.....))))...))))))))...))).))))))))))))).....))))..... ( -29.50)
>DroEre_CAF1 2404 97 - 1
UCAGCCUCAUUUGGUUGUCACUGUCGCUUGCAGAUACAGCUGUAUACAGCGACCCAUUCGCAGAUAGAUCAUGGAACUAGAUGCACUAAGUCUUAAA
.(((((......)))))..((((((((((((((......)))))...))))))......(((..(((.((...)).)))..)))....)))...... ( -24.80)
>DroYak_CAF1 2312 97 - 1
UCAGCCUCAUUUGGUUGUCACUGUCAGCUGCAGAUACAUCUGUAUACAGCGAACCAUCUGCAGAUAGAUCAUGUAACUAGAUGGACUAGCUUUUAUA
..(((.(((((((((((.((..(((..((((((((....(((....)))......))))))))...)))..)))))))))))))....)))...... ( -28.00)
>consensus
UCAGCCUCAUUUGGUUGUCACUGUCGGUUGCAGAUACAUCUGUAUACAGCGACCCAUCUGCAGAUAGAUCGUGGAACUAGAUGAACUAGGUUUUAAA
.......(((((((((.((((.(((..((((((((....(((....)))......))))))))...))).))))))))))))).............. (-23.28 = -24.16 +   0.88)

alignment

secondary structure

dotplot

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