Locus 5807

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 18,392,649 – 18,392,760
Length 111
Max. P 0.567735
window9302

overview

Window 2

Location 18,392,649 – 18,392,760
Length 111
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.76
Mean single sequence MFE -39.46
Consensus MFE -26.32
Energy contribution -26.72
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.07
SVM RNA-class probability 0.567735
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18392649 111 + 20766785
CUA------CGGCUUUAU---UAAAUCCAUGCUCUUCGGAUUUGGCCAGCAGCCGUCUCAGUUUUUCAGCCUGAAGGGGUGUGUCCCCAUCCAGACGCUGGGGCGAGUUGGCCAGAGCAU
...------..(((((..---.((((((.........))))))(((((((...(((((((((..(((.....)))((((.....))))........))))))))).)))))))))))).. ( -43.00)
>DroSec_CAF1 29431 111 + 1
CUA------CGCCUUUAU---UAAAUCCGUUCUCUUCGGAUUUGGCCAGCAGCCGUCUCAGCUUUUCAGCCUGAAGGGGUGUGUCCCCAUCCAGACGCUGGGGCGAGUUGGCCAGAGCAU
...------.((((....---.(((((((.......)))))))(((((((...(((((((((..(((.....)))((((.....))))........))))))))).))))))))).)).. ( -45.70)
>DroSim_CAF1 32179 111 + 1
CUA------CGCCUUUAU---UAAAUCCGUUCUCUUCGGAUUUGGCCAGCAGCCGUCUCAGUUUUUCAGCCUGAAGGGGUGUGUCCCCAUCCAGACGCUGGGGCGAGUUGGCCAGAGCAU
...------.((((....---.(((((((.......)))))))(((((((...(((((((((..(((.....)))((((.....))))........))))))))).))))))))).)).. ( -43.20)
>DroEre_CAF1 30004 111 + 1
CUA------CGGCAUUAU---UAAAUCCAUGGUCCUCGGAUUUGGCCAGCAACCGUCUCAGUUUUUCAGCCUGAAAGGGUGUAUCUCCGUCUAGACGCUGAGGUGAGUUGGCCAAGGCAU
...------..((.....---.((((((.........))))))(((((((...(..((((((......((((....))))........((....))))))))..).)))))))...)).. ( -34.80)
>DroYak_CAF1 30127 111 + 1
CUA------CGGCAUUAU---UAAAUCCAUGGUCGUCGGAUUUGGCCAGCAACCGUCUCAGUUUUUCAGCCUGAAACGGUGUGUCUCCGUCCAGACGCUGGGGUGAGUUGGCCAGGGCAU
...------(((((((((---.......))))).))))..((((((((((.(((((.((((.........)))).)))))((((((......))))))........)))))))))).... ( -37.60)
>DroAna_CAF1 27713 120 + 1
CUAGACGCACCGCAUUUUGGCUGUUUGGAUUGUCGUCGGACUUGGCAAGCAACUUUCUUAGCUUCUCCGCCUGGAAAUUCGUCUCACCAUCCGGCCGUUGAGGGGCAUUAGACAGAGCGU
....((((.(((.....)))((((((((.((((((.......))))))............(((((((((.(((((..............))))).))..))))))).)))))))).)))) ( -32.44)
>consensus
CUA______CGGCAUUAU___UAAAUCCAUGCUCUUCGGAUUUGGCCAGCAACCGUCUCAGUUUUUCAGCCUGAAAGGGUGUGUCCCCAUCCAGACGCUGGGGCGAGUUGGCCAGAGCAU
......................................(.((((((((((...(((((((((......((((....))))..(((........)))))))))))).)))))))))).).. (-26.32 = -26.72 +   0.39)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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