Locus 5717

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	18,113,899 – 18,114,027
Length	128
Max. P	0.815507

overview

Window 5

Location	18,113,899 – 18,114,002
Length	103
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.22
Mean single sequence MFE	-33.91
Consensus MFE	-23.12
Energy contribution	-25.82
Covariance contribution	2.70
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-1.63
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.66
SVM RNA-class probability	0.815507
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18113899 103 + 20766785
CUAAAAUAAUCGUGCGACACGUGCAGGCGAAAAACUCGCGUCAAUCGGCGGCGGCAAAAAAUUCGUAGCUGCCGCCGCCUC---AACGCAGAGGUUAUGUUUGUGU--
.....((((((.((((..(((((.((........))))))).....((((((((((.............))))))))))..---..))))..))))))........-- ( -38.12)
>DroSec_CAF1 65225 97 + 1
CUAAAAUAAUCGUGCGACACGUGCAGGCGAAAAACUCGCGUCAAUCGGCGGCGGCAAAAAAUUCGUAG------CCGCCUA---AACGCAGAGGUUAUGUUUGUGU--
.....((((((.((((..(((((.((........))))))).....((((((.((.........)).)------)))))..---..))))..))))))........-- ( -29.70)
>DroSim_CAF1 66827 103 + 1
CUAAAAUAAUCGUGCGACACGUGCAGGCGAAAAACUCGCGUCAAUCGGCGGCGGCAAAAAAUUCGUAGCUGCCGCCGCCUC---AACGCAGAGGUUAUGUUUGUGU--
.....((((((.((((..(((((.((........))))))).....((((((((((.............))))))))))..---..))))..))))))........-- ( -38.12)
>DroEre_CAF1 64153 102 + 1
GUAAAAUAAUCGUGCGACACGUGCAGACAAAAAACUCGCGUCAAUCGACGGCGGCAAAAA-UUCGCUGAUGCCGCCGCCUC---AUCGCAGAGGUUAUGUUUGUGU--
..........((((...)))).(((((((..........(((....)))(((((((....-........)))))))(((((---......)))))..)))))))..-- ( -30.80)
>DroYak_CAF1 66001 107 + 1
CUAAAAUAAUCGUGCGACACGUGCAGGCGAAAAACUCGCGUCAAACGGCGGCGGCAAAAA-AUCGCUGCUGUCGCCGCCUCAUCAUCGCAGAGGUUAUGUUUGUGUGC
.....((((((.(((((...(((.((((((.....)).........((((((((((....-.....)))))))))))))))))..)))))..)))))).......... ( -37.50)
>DroPer_CAF1 67169 97 + 1
ACGAAAUUUUCG-----CACGUGUCGCACAGAAAAGCGCGUCAAAUCGCCCAGUCGACGCGCUC-UGCCGACCGCCGCUUC---GGUGCUGAGGUUAUGUUUGGGU--
(((.((((((.(-----(.((.((((..((((...(((((((.............)))))))))-)).))))))..((...---.)))).)))))).)))......-- ( -29.22)
>consensus
CUAAAAUAAUCGUGCGACACGUGCAGGCGAAAAACUCGCGUCAAUCGGCGGCGGCAAAAAAUUCGUAGCUGCCGCCGCCUC___AACGCAGAGGUUAUGUUUGUGU__
.((((((((((.((((..(((((.((........))))))).....((((((((((.............)))))))))).......))))..)))))).))))..... (-23.12 = -25.82 +   2.70)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	18,113,935 – 18,114,027
Length	92
Sequences	6
Columns	97
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.78
Mean single sequence MFE	-33.03
Consensus MFE	-21.01
Energy contribution	-23.87
Covariance contribution	2.86
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.29
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.05
SVM RNA-class probability	0.556251
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18113935 92 + 20766785
CGCGUCAAUCGGCGGCGGCAAAAAAUUCGUAGCUGCCGCCGCCUC---AACGCAGAGGUUAUGUUUGUGU--GUGUGCGCUAGGAUUUUAGCCUGGA
((((.((...((((((((((.............))))))))))..---.(((((((.......)))))))--.))))))(((((.......))))). ( -36.62)
>DroSec_CAF1 65261 86 + 1
CGCGUCAAUCGGCGGCGGCAAAAAAUUCGUAG------CCGCCUA---AACGCAGAGGUUAUGUUUGUGU--GUGUGCGCGAGGAUUUUAGCCUGGA
.((((.....((((((.((.........)).)------)))))..---.))))..((((((.(((..(((--(....))))..)))..))))))... ( -30.10)
>DroSim_CAF1 66863 92 + 1
CGCGUCAAUCGGCGGCGGCAAAAAAUUCGUAGCUGCCGCCGCCUC---AACGCAGAGGUUAUGUUUGUGU--GUGUGCGCGAGGAUUUUAGCCUGGA
.((((.....((((((((((.............))))))))))..---.))))..((((((.(((..(((--(....))))..)))..))))))... ( -38.52)
>DroEre_CAF1 64189 91 + 1
CGCGUCAAUCGACGGCGGCAAAAA-UUCGCUGAUGCCGCCGCCUC---AUCGCAGAGGUUAUGUUUGUGU--GUGUGCGCGAGGAUUUAAGCCUGGG
.(((......(.((((((((....-........)))))))))...---..)))..(((((((.(((((((--....))))))).))...)))))... ( -30.10)
>DroYak_CAF1 66037 96 + 1
CGCGUCAAACGGCGGCGGCAAAAA-AUCGCUGCUGUCGCCGCCUCAUCAUCGCAGAGGUUAUGUUUGUGUGCGUGUGCGCGAGGAUUUUAGCCAGGA
.(((......((((((((((....-........)))))))))).......)))...(((((.(((..(((((....)))))..)))..))))).... ( -36.62)
>DroPer_CAF1 67200 81 + 1
CGCGUCAAAUCGCCCAGUCGACGCGCUC-UGCCGACCGCCGCUUC---GGUGCUGAGGUUAUGUUUGGGU--G----UGCGAUGAUUUUGA------
.(((......)))...((((.(((((((-.((.((((..(((...---.)))....))))..))..))))--)----))))))........------ ( -26.20)
>consensus
CGCGUCAAUCGGCGGCGGCAAAAAAUUCGUAGCUGCCGCCGCCUC___AACGCAGAGGUUAUGUUUGUGU__GUGUGCGCGAGGAUUUUAGCCUGGA
.(((......((((((((((.............)))))))))).......)))..(((((((.(((((((......))))))).))...)))))... (-21.01 = -23.87 +   2.86)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:52:35 2006