Locus 5628

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,917,565 – 17,917,658
Length 93
Max. P 0.727336
window9021

overview

Window 1

Location 17,917,565 – 17,917,658
Length 93
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.52
Mean single sequence MFE -21.55
Consensus MFE -18.96
Energy contribution -19.77
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.62
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.42
SVM RNA-class probability 0.727336
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17917565 93 + 20766785
UAUGCCGCUGCGUUUGUCGGUAUUAUUGAUGGACGUGCUAUAAAAUUGGUUGAUUAUUAUUUGUAGUAUUUUAUGCGUGUAUGUAAU-UACUA--------U
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>DroPse_CAF1 61665 102 + 1
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((((((((.(((((((..((((....((((((((..............)))))))).))))..))).))))...))(.....)......))))))....... ( -17.94)
>DroSec_CAF1 34758 93 + 1
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((((((((((((((..(((((...)))))..)))))((((((((..((((.....))))))))))))......)))).)))))....-.....--------. ( -24.80)
>DroEre_CAF1 34984 93 + 1
UAUGCCGCUGCGUUUGUCGGUAUUAUUGAUGGACGUGCUAUAAAAUUGGUUUAUUAUUAUUUGUAGUAGUUUAUGCGUGUGUGUAAU-UACUA--------U
((((((((.(((((..(((((...)))))..)))))((((((((..((((.....)))))))))))).......))).)))))....-.....--------. ( -22.20)
>DroYak_CAF1 35682 93 + 1
UAUGCCGCUGCGUUUGUCGGUAUUAUUGAUGGACGUGCUAUAAAAUUGGUUGAUUAUUAUUUGUAGUAGUUUAUGCGUGUAUGUAAU-UACUA--------U
((((((((.(((((..(((((...)))))..)))))((((((((..((((.....)))))))))))).......))).)))))....-.....--------. ( -23.20)
>DroPer_CAF1 61834 102 + 1
UAAGCCGCUGCAUUUGUCGGUAUUAUUGAUGGACGUGCUAUAAAAUUGGUUCAUUAUUACUUUUAGUAUGUUAUGCGUGUUUCAAAAAUGGUUUAGGUCGUU
((((((((.(((((((..((((....((((((((..............)))))))).))))..))).))))...))(.....)......))))))....... ( -17.94)
>consensus
UAUGCCGCUGCGUUUGUCGGUAUUAUUGAUGGACGUGCUAUAAAAUUGGUUGAUUAUUAUUUGUAGUAUGUUAUGCGUGUAUGUAAU_UACUA________U
((((((((.(((((..(((((...)))))..)))))((((((((..((((.....)))))))))))).......))).)))))................... (-18.96 = -19.77 +   0.81)

alignment

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secondary structure

Postscript

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