Locus 5568

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,791,307 – 17,791,406
Length 99
Max. P 0.789545
window8923

overview

Window 3

Location 17,791,307 – 17,791,406
Length 99
Sequences 6
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.33
Mean single sequence MFE -45.53
Consensus MFE -21.56
Energy contribution -21.48
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.68
Structure conservation index 0.47
SVM decision value 0.58
SVM RNA-class probability 0.789545
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17791307 99 - 20766785
AUUGGGAUACGGAGGACCGUGUCCACCGCCGCCGCCAUGAUGGUGAUGGUGGUGCAUGGACGCGUGCAUCGGAUGCACCAGCAUGCUGCCGUGAUGUCC
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>DroGri_CAF1 81729 90 - 1
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>DroSec_CAF1 58959 99 - 1
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>DroEre_CAF1 60611 99 - 1
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>DroMoj_CAF1 93908 90 - 1
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>DroAna_CAF1 66180 96 - 1
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>consensus
AUUGGGAUACGGGGGACCGUGUCCACCGCCGCCGC_AUGAUGGUGAUGGUGGUGCAUGGACGCGUGCAUCGGAUGCACCAGCAUGCUGCCGUGAUGUCC
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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