Locus 547

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 2,865,410 – 2,865,528
Length 118
Max. P 0.580633
window1019

overview

Window 9

Location 2,865,410 – 2,865,528
Length 118
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.43
Mean single sequence MFE -34.65
Consensus MFE -21.60
Energy contribution -22.80
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.31
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.580633
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2865410 118 + 20766785
ACAGAACAAAGCCAGAUUGGUGGACAGCAUUCGUUCGAUCCAAGAGCGCUUUAUGUCAUUGGAGAGCAGAGUGGGAGCUUUACCGCCGACGGGUUCUAC--AUACGUACAUAUGUAUAUG
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>DroVir_CAF1 16833 106 + 1
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>DroGri_CAF1 17563 106 + 1
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..........((....(((((((...((((((((((.......))))))))))..)))))))(((((..(((.((((......)))).))).)))))..--...--)).----------. ( -34.00)
>DroYak_CAF1 18281 102 + 1
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>DroMoj_CAF1 17357 108 + 1
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(((......))).......(((.....((.(((((((.....))))))).))..........(((((...((.((((......)))).))..))))).)))...--...----------. ( -33.40)
>DroAna_CAF1 15833 100 + 1
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>consensus
ACAGAAUAAAGCCAAAUUGGUGGACAGCAUGCGUUCGAUCCAAGAGCGUUUGAUGUCAUUGGAGAGCAGAGUGGGAGCCUUACCGCCAACGGGCUCUAC__AUA____C__________A
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alignment

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