Locus 5321

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,243,790 – 17,243,907
Length 117
Max. P 0.869010
window8501

overview

Window 1

Location 17,243,790 – 17,243,907
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.72
Mean single sequence MFE -36.62
Consensus MFE -27.86
Energy contribution -28.42
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -3.57
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.86
SVM RNA-class probability 0.869010
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17243790 117 + 20766785
--UAUGGCCAAAAGUUUGCCAGCCAUUUAGCAGUUGUAAAGAUAUUUUAUCAGGGAUUCUUU-GCAUUUAAUUAAUUGCAAAUGGCUGGCUCCAGGUGCGAUAAGCACUAGCAGUUUUAA
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>DroSec_CAF1 47686 117 + 1
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>DroSim_CAF1 46428 117 + 1
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>DroEre_CAF1 45703 117 + 1
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>DroYak_CAF1 44953 117 + 1
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>DroAna_CAF1 41092 119 + 1
ACUUCGACUGAAAGUUUGCCCGCCACUUAGCAACUGAAAGGAUAUUUUAACAAGGAUUCUUUGGCAUUAAAUUAAUUGCU-CUGCUCUGCUCCAGGUGCGAUUAAUAAUGACAGUUUAAA
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>consensus
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.............(((.(((((((((((.(((((((.(((((.(((((....))))))))))..........))))))))))))))))))....(((((.....))))))))........ (-27.86 = -28.42 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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