Locus 525

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 2,808,967 – 2,809,075
Length 108
Max. P 0.834281
window989

overview

Window 9

Location 2,808,967 – 2,809,075
Length 108
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.75
Mean single sequence MFE -40.92
Consensus MFE -23.52
Energy contribution -22.88
Covariance contribution -0.64
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.19
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.73
SVM RNA-class probability 0.834281
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2808967 108 + 20766785
ACCGUGAUGGGCAUGUC---CUCCACUUAUGUGCCCAUGUCCAUGGACAGUUCGGAGA------GCCUUGGUCUGGAUCCCUCCACCGAGGAGGUGAUCUUCAUGACCGCCAAUCGA
.(((..((((((((((.---........))))))))))(((....)))....))).((------....(((((.((((((((((.....))))).)))))....)))))....)).. ( -41.90)
>DroVir_CAF1 1313 117 + 1
ACCGUGAUGGGCAUGUCCUCGUCCAGCUAUGUGCCCAUGUCCAUGGAGAGUGGUGAGGGACUUAGCCACGAUCUGGAUCCCUCCACCGAGGAGGUCAUCUUCAUGACAGCCAAUCGC
...(((((.(((...(((((......(((((..(....)..))))).....(((((((((..(((.......)))..))))).))))))))).(((((....))))).))).))))) ( -43.00)
>DroGri_CAF1 1339 102 + 1
ACCGUCAUGGGUAUAUC---CUCCAGUUAUGUGCCCAUGUCCAUGGACAGCG------------GCCACGAUCUGGAUCCCUCUACCGAGGAGGUCAUAUUCAUGACGGCAAAUCGC
.(((((((((((((..(---(((((((..((.(((..((((....))))..)------------))))..).)))))..((((....)))).))..)))))))))))))........ ( -45.40)
>DroWil_CAF1 22791 108 + 1
ACCGUCAUGGGCAUGUC---CUCGACUUAUGUGCCCAUGUCCAUGGAUAGCGCAGAGA------GUUUAGAUUUGGAUCCCUCAACUGAGGAAGUCAUCUUUAUGACAGCCAAUCGC
.((((((((((((((((---...)))....)))))))))...))))............------.....((((.((...((((....))))..(((((....)))))..)))))).. ( -31.70)
>DroMoj_CAF1 1288 114 + 1
ACCGUUAUGGGCAUGUC---GUCGAGCUAUGUGCCCAUGUCCAUGGAUAGCGCUGCAGAUGCUAGCCACGAUCUUGAUCCCUCCACGGAGGAGGUCAUCUUUAUGACAGCCAAUCGC
.........(((.((((---((((.(((((....((((....)))))))))(((((....)).)))..))))..(((((((((....)))).))))).......)))))))...... ( -38.20)
>DroAna_CAF1 15505 108 + 1
ACGGUAAUGGGCAUGUC---CUCCACGUACGUGCCCAUGUCCAUGGACAGUUCCGAAG------GCAUCGGUCUGGAUCCCUCCACCGAGGAGGUGAUCUUCAUGACGGCGAAUCGC
.((((.((((((((((.---(.....).))))))))))((((((((((((..((((..------...)))).)))(((((((((.....))))).))))))))))..)))..)))). ( -45.30)
>consensus
ACCGUCAUGGGCAUGUC___CUCCACUUAUGUGCCCAUGUCCAUGGACAGCGCUGAGG______GCCACGAUCUGGAUCCCUCCACCGAGGAGGUCAUCUUCAUGACAGCCAAUCGC
......((((((((((............))))))))))(((.(((((......................(((....)))(((((.....))))).....)))))))).......... (-23.52 = -22.88 +  -0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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