Locus 503

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 2,742,802 – 2,742,931
Length 129
Max. P 0.976199
window955 window956 window957 window958

overview

Window 5

Location 2,742,802 – 2,742,902
Length 100
Sequences 6
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.06
Mean single sequence MFE -21.73
Consensus MFE -17.10
Energy contribution -16.97
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.72
SVM RNA-class probability 0.831111
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2742802 100 + 20766785
AAUGCCACAAUUAAAAUGGAAAUUAACAGGGAAAGCACACUGUCAAUACGACUGUCACCUCUGACAGCCAGUUGACAAUUGCAAAUGAG-CACGGGCCACA-----
...(((........(((....)))..........(((...(((((((..(.((((((....)))))))..)))))))..))).......-....)))....----- ( -21.50)
>DroPse_CAF1 26091 105 + 1
AAUGCCACAAUUAAAACGAAAAUUAACAGCAAAAGCAAACUGUCAAUACAACUGUCACUUCUGACAGCCAGUUGACAAUUGCAAAUGAG-CACAGGACGCAGGACA
..((((............................((((..(((((((....((((((....))))))...))))))).))))......(-(.......)).)).)) ( -20.80)
>DroGri_CAF1 31512 88 + 1
AAUGCCACAAUUAAU------AUUAACAGCAAAAGCAAACUGUCAAUACAGCUGUCGCUCCUGACAGCCAGUUGACAAUUGCAAAUGAGGCAAC------------
..((((..(((....------)))..........((((..(((((((...(((((((....)))))))..))))))).))))......))))..------------ ( -25.30)
>DroEre_CAF1 18090 94 + 1
AAUGCCACAAUUAAAAUGGAAAUUAACAGGGAAAGCACACUGUCAAUACGACUGUCACCUCUGACAGCCGGUUGACAAUUGCAAAUAAG-CACGG-----------
..(((.........(((....)))..........(((...(((((((.((.((((((....)))))).)))))))))..)))......)-))...----------- ( -22.00)
>DroYak_CAF1 27676 93 + 1
AAUGCCACAAUUAAAAUGGAAAUUAACAGGGAAAGCACACUGUCAAUACGACUGUCACCUCUGACAGCCAGUUGACAAUUGCAAAUGAG-CACG------------
..(((((.......(((....)))..........(((...(((((((..(.((((((....)))))))..)))))))..)))...)).)-))..------------ ( -20.00)
>DroPer_CAF1 26494 105 + 1
AAUGCCACAAUUAAAACGAAAAUUAACAGCAAAAGCAAACUGUCAAUACAACUGUCACUUCUGACAGCCAGUUGACAAUUGCAAAUGAG-CACAGGACGCAGGACA
..((((............................((((..(((((((....((((((....))))))...))))))).))))......(-(.......)).)).)) ( -20.80)
>consensus
AAUGCCACAAUUAAAAUGGAAAUUAACAGCAAAAGCAAACUGUCAAUACAACUGUCACCUCUGACAGCCAGUUGACAAUUGCAAAUGAG_CACGG___________
..................................(((...(((((((....((((((....))))))...)))))))..)))........................ (-17.10 = -16.97 +  -0.14)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 6

Location 2,742,802 – 2,742,902
Length 100
Sequences 6
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.06
Mean single sequence MFE -28.03
Consensus MFE -22.19
Energy contribution -21.67
Covariance contribution -0.53
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.49
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.80
SVM RNA-class probability 0.853969
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2742802 100 - 20766785
-----UGUGGCCCGUG-CUCAUUUGCAAUUGUCAACUGGCUGUCAGAGGUGACAGUCGUAUUGACAGUGUGCUUUCCCUGUUAAUUUCCAUUUUAAUUGUGGCAUU
-----....(((((..-.......(((((((((((.(((((((((....)))))))))..)))))))).))).......(((((........))))))).)))... ( -27.20)
>DroPse_CAF1 26091 105 - 1
UGUCCUGCGUCCUGUG-CUCAUUUGCAAUUGUCAACUGGCUGUCAGAAGUGACAGUUGUAUUGACAGUUUGCUUUUGCUGUUAAUUUUCGUUUUAAUUGUGGCAUU
.............(((-(.(((.(((((((((((.(((.....)))...)))))))))))((((((((........))))))))..............))))))). ( -27.70)
>DroGri_CAF1 31512 88 - 1
------------GUUGCCUCAUUUGCAAUUGUCAACUGGCUGUCAGGAGCGACAGCUGUAUUGACAGUUUGCUUUUGCUGUUAAU------AUUAAUUGUGGCAUU
------------..((((......(((((((......(((((((......)))))))(((((((((((........)))))))))------))))))))))))).. ( -30.10)
>DroEre_CAF1 18090 94 - 1
-----------CCGUG-CUUAUUUGCAAUUGUCAACCGGCUGUCAGAGGUGACAGUCGUAUUGACAGUGUGCUUUCCCUGUUAAUUUCCAUUUUAAUUGUGGCAUU
-----------...((-(......)))((((((((.(((((((((....)))))))))..))))))))(((((......(((((........)))))...))))). ( -28.30)
>DroYak_CAF1 27676 93 - 1
------------CGUG-CUCAUUUGCAAUUGUCAACUGGCUGUCAGAGGUGACAGUCGUAUUGACAGUGUGCUUUCCCUGUUAAUUUCCAUUUUAAUUGUGGCAUU
------------.(((-(.(((..(((((((((((.(((((((((....)))))))))..)))))))).))).......(((((........))))).))))))). ( -27.20)
>DroPer_CAF1 26494 105 - 1
UGUCCUGCGUCCUGUG-CUCAUUUGCAAUUGUCAACUGGCUGUCAGAAGUGACAGUUGUAUUGACAGUUUGCUUUUGCUGUUAAUUUUCGUUUUAAUUGUGGCAUU
.............(((-(.(((.(((((((((((.(((.....)))...)))))))))))((((((((........))))))))..............))))))). ( -27.70)
>consensus
___________CCGUG_CUCAUUUGCAAUUGUCAACUGGCUGUCAGAAGUGACAGUCGUAUUGACAGUGUGCUUUCCCUGUUAAUUUCCAUUUUAAUUGUGGCAUU
...........................((((((((.((((((((......))))))))..)))))))).((((......(((((........)))))...)))).. (-22.19 = -21.67 +  -0.53)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 7

Location 2,742,834 – 2,742,931
Length 97
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.94
Mean single sequence MFE -27.30
Consensus MFE -17.09
Energy contribution -17.45
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.94
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 1.04
SVM RNA-class probability 0.905060
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2742834 97 + 20766785
AAGCACACUGUCAAUACGACUGUCACCUCUGACAGCCAGUUGACAAUUGCAAAUGAGCACGGGCCACA------------CAGCCCGCAGAG----AUCCAUGGUAUCCGUAU
..(((...(((((((..(.((((((....)))))))..)))))))..)))......((.(((((....------------..)))))..(.(----(((....).)))))).. ( -27.20)
>DroSec_CAF1 27026 97 + 1
AAGCACACUGUCAAUACGACUGUCACCUCUGACAGCCAGUUGACAAUUGCAAAUGAGCACGGGCCACA------------CAGCCCGCAGAG----AUCCAUGGUGUCCGGAU
..(((...(((((((..(.((((((....)))))))..)))))))..)))...((..(((((((....------------..)))).((...----.....)))))..))... ( -29.20)
>DroSim_CAF1 13454 97 + 1
AAGCACACUGUCAAUACGACUGUCACCUCUGACAGCCAGUUGACAAUUGCAAAUGAGCACGGGCCACA------------CAGCCCGCAGAG----AUCCAUGGUGUCCGGAU
..(((...(((((((..(.((((((....)))))))..)))))))..)))...((..(((((((....------------..)))).((...----.....)))))..))... ( -29.20)
>DroEre_CAF1 18122 80 + 1
AAGCACACUGUCAAUACGACUGUCACCUCUGACAGCCGGUUGACAAUUGCAAAUAAGCACGG---------------------------GAG----UUCCAUGGUGUCCGC--
..(((...(((((((.((.((((((....)))))).)))))))))..)))......((((.(---------------------------(..----..))...))))....-- ( -24.90)
>DroYak_CAF1 27708 78 + 1
AAGCACACUGUCAAUACGACUGUCACCUCUGACAGCCAGUUGACAAUUGCAAAUGAGCACG-----------------------------AG----UUCCAUGGUAUCCAG--
..(((...(((((((..(.((((((....)))))))..)))))))..)))....((((...-----------------------------.)----)))..(((...))).-- ( -19.60)
>DroPer_CAF1 26526 111 + 1
AAGCAAACUGUCAAUACAACUGUCACUUCUGACAGCCAGUUGACAAUUGCAAAUGAGCACAGGACGCAGGACACGGUAUACAGUACACAGUGCACAGUGCACAGUGCCCAG--
..((((..(((((((....((((((....))))))...))))))).))))...((.((((.(..(((.(..(((.((((...))))...)))..).)))..).)))).)).-- ( -33.70)
>consensus
AAGCACACUGUCAAUACGACUGUCACCUCUGACAGCCAGUUGACAAUUGCAAAUGAGCACGGGCCACA____________CAGCCCGCAGAG____AUCCAUGGUGUCCGG__
..((((..(((((((....((((((....))))))...)))))))..(((......)))............................................))))...... (-17.09 = -17.45 +   0.36)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 2,742,834 – 2,742,931
Length 97
Sequences 6
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.94
Mean single sequence MFE -34.33
Consensus MFE -23.97
Energy contribution -23.55
Covariance contribution -0.42
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 1.77
SVM RNA-class probability 0.976199
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2742834 97 - 20766785
AUACGGAUACCAUGGAU----CUCUGCGGGCUG------------UGUGGCCCGUGCUCAUUUGCAAUUGUCAACUGGCUGUCAGAGGUGACAGUCGUAUUGACAGUGUGCUU
....((((.(....)))----))..(((((((.------------...)))))))........(((((((((((.(((((((((....)))))))))..)))))))).))).. ( -36.30)
>DroSec_CAF1 27026 97 - 1
AUCCGGACACCAUGGAU----CUCUGCGGGCUG------------UGUGGCCCGUGCUCAUUUGCAAUUGUCAACUGGCUGUCAGAGGUGACAGUCGUAUUGACAGUGUGCUU
(((((.......)))))----....(((((((.------------...)))))))........(((((((((((.(((((((((....)))))))))..)))))))).))).. ( -37.70)
>DroSim_CAF1 13454 97 - 1
AUCCGGACACCAUGGAU----CUCUGCGGGCUG------------UGUGGCCCGUGCUCAUUUGCAAUUGUCAACUGGCUGUCAGAGGUGACAGUCGUAUUGACAGUGUGCUU
(((((.......)))))----....(((((((.------------...)))))))........(((((((((((.(((((((((....)))))))))..)))))))).))).. ( -37.70)
>DroEre_CAF1 18122 80 - 1
--GCGGACACCAUGGAA----CUC---------------------------CCGUGCUUAUUUGCAAUUGUCAACCGGCUGUCAGAGGUGACAGUCGUAUUGACAGUGUGCUU
--(((((...(((((..----...---------------------------)))))....))))).((((((((.(((((((((....)))))))))..))))))))...... ( -29.80)
>DroYak_CAF1 27708 78 - 1
--CUGGAUACCAUGGAA----CU-----------------------------CGUGCUCAUUUGCAAUUGUCAACUGGCUGUCAGAGGUGACAGUCGUAUUGACAGUGUGCUU
--........((((...----..-----------------------------)))).......(((((((((((.(((((((((....)))))))))..)))))))).))).. ( -23.60)
>DroPer_CAF1 26526 111 - 1
--CUGGGCACUGUGCACUGUGCACUGUGUACUGUAUACCGUGUCCUGCGUCCUGUGCUCAUUUGCAAUUGUCAACUGGCUGUCAGAAGUGACAGUUGUAUUGACAGUUUGCUU
--.(((((((.(..(.(.(..(((.(((((...))))).)))..).).)..).)))))))...(((((((((((..((((((((....))))))))...))))))).)))).. ( -40.90)
>consensus
__CCGGACACCAUGGAU____CUCUGCGGGCUG____________UGUGGCCCGUGCUCAUUUGCAAUUGUCAACUGGCUGUCAGAGGUGACAGUCGUAUUGACAGUGUGCUU
....(.((((............................................(((......)))..((((((.(((((((((....)))))))))..)))))))))).).. (-23.97 = -23.55 +  -0.42)

alignment

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