Locus 4981

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	16,235,000 – 16,235,143
Length	143
Max. P	0.999606

overview

Window 5

Location	16,235,000 – 16,235,114
Length	114
Sequences	5
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.89
Mean single sequence MFE	-35.18
Consensus MFE	-24.84
Energy contribution	-25.72
Covariance contribution	0.88
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.93
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.31
SVM RNA-class probability	0.684806
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16235000 114 + 20766785
CAUGUCAAUGCCGGGUUAUCUCAAAGUGGUU---UCAUCUACUACCACUGGCAGUGUGCGUUUUCAUAUUGGCUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAU
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>DroSec_CAF1 15696 114 + 1
UAUGUCAAUGCCGGGCUAUCUCAUAGUGGUU---UCAUCUACUACCACUACCAGUGUGCGUUGUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAU
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>DroSim_CAF1 16003 114 + 1
UAUGUCAAUGCCGGGUUAUCUCAAAGUGGUU---UCAUCUACUACCACUACCAGUGUGCGUUUUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAU
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>DroEre_CAF1 20636 114 + 1
UAUGUCAUUGCCGGGUUAAGUUAAAGUUGCU---UCAUCUUCUACCAUUGGCACUGUGUGGUUUCAUAUUGGCUCCACUUGGAGCUGAUUGCUUUGAGCUCGAUUUGCGGGUUCAAU
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>DroYak_CAF1 27359 117 + 1
UAUGUCAUUGUCGGGUUAUCUUAAAGUUGUUCUGUCAUCUUCUACCAAUGGCACUGUGUGCUUUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCCUCGAGCUCGAUCUUUGGGUUCAAU
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>consensus
UAUGUCAAUGCCGGGUUAUCUCAAAGUGGUU___UCAUCUACUACCACUGGCAGUGUGCGUUUUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAU
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	16,235,037 – 16,235,143
Length	106
Sequences	5
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.25
Mean single sequence MFE	-35.98
Consensus MFE	-30.68
Energy contribution	-30.88
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.18
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	3.78
SVM RNA-class probability	0.999606
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16235037 106 + 20766785
ACUACCACUGGCAGUGUGCGUUUUCAUAUUGGCUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAUCAGUAUGCAAUUAGCUCCAUUAGAACUAA
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>DroSec_CAF1 15733 106 + 1
ACUACCACUACCAGUGUGCGUUGUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAUCAGUAUGCAAUUAGCUCCAUUAGAACUAA
.......(((((((((((......)))))))).......(((.(((((((((((((((((((.....))))))))......))))))))))).))).)))...... ( -37.30)
>DroSim_CAF1 16040 106 + 1
ACUACCACUACCAGUGUGCGUUUUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAUCAGUAUGCAAUUAGCUCCAUUAGAACUAA
.......(((((((((((......)))))))).......(((.(((((((((((((((((((.....))))))))......))))))))))).))).)))...... ( -37.30)
>DroEre_CAF1 20673 105 + 1
UCUACCAUUGGCACUGUGUGGUUUCAUAUUGGCUCCACUUGGAGCUGAUUGCUUUGAGCUCGAUUUGCGGGUUCAAUCAGAACGCAAUUAGCUCCAUUAGA-CUAA
((((.............((((..((.....))..)))).(((((((((((((.(((((((((.....))))))))).......))))))))))))).))))-.... ( -37.50)
>DroYak_CAF1 27399 106 + 1
UCUACCAAUGGCACUGUGUGCUUUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCCUCGAGCUCGAUCUUUGGGUUCAAUCAGUACGCAAUUAGCUUCAUUAGAGCUAA
....((((((((((...))))).....)))))......((((((((((((((((.(((......))).)))..)))))))))).)))(((((((.....))))))) ( -32.30)
>consensus
ACUACCACUGGCAGUGUGCGUUUUCAUAUUGGGUCCACUUGGUGCUGAUUGCGUUGAGUUCGAUCUGCGGGCUCAAUCAGUAUGCAAUUAGCUCCAUUAGAACUAA
.(((.......(((((((......)))))))........(((.(((((((((((((((((((.....))))))))))......))))))))).))).)))...... (-30.68 = -30.88 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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