| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 16,120,619 – 16,120,738 |
| Length | 119 |
| Max. P | 0.621691 |
| Location | 16,120,619 – 16,120,738 |
|---|---|
| Length | 119 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 89.87 |
| Mean single sequence MFE | -40.30 |
| Consensus MFE | -35.49 |
| Energy contribution | -34.47 |
| Covariance contribution | -1.02 |
| Combinations/Pair | 1.26 |
| Mean z-score | -1.41 |
| Structure conservation index | 0.88 |
| SVM decision value | 0.18 |
| SVM RNA-class probability | 0.621691 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 16120619 119 - 20766785 -UCUUAUUCAGAUUGCGACACCAACCUCUGUUGCAGCAGAUACUGGGCCAUUUGUAUUUGCUUCGGCGUGCCCGAGAUGGUGAUGAUACGAUCGUUCGAGUUUGGCAGGGGCUCGUCGAU -............(((((((........)))))))((((((((..........)))))))).((((((.((((..(((.(((....))).)))(((.......)))..)))).)))))). ( -38.30) >DroVir_CAF1 11824 118 - 1 -U-UUAGUCUGUUUGCGACACCAACCUCUGUUGCAGCAGAUACUGGGCCAUUUGUAUUUGCUUGGGUGUGCCCGAAAUGGUGAUGAUGCGAUCAUUCGAGCCGGGCAGCGGCUCAUCAAU -.-...(((((((.((((((........)))))))))))))..((((((((..(........)..))).)))))...((((((((((...)))))).((((((.....)))))))))).. ( -41.30) >DroGri_CAF1 11636 118 - 1 -U-UUAGUCUGUUUGCGACACCAACCUCUGUUGCAGCAGAUACUGGGCCAUUUGUAUUUGCUUGGGUGUGCCCGAGAUGGUGAUGAUUCGGUCAUUCGAACCGGGCAGAGGCUCAUCAAU -.-...(((((((.((((((........)))))))))))))..((((((.(((((.....((((((....)))))).((((((((((...))))))...)))).)))))))))))..... ( -43.00) >DroWil_CAF1 12720 119 - 1 -UUUUAAUUUGAUUGCGACACCAACCUCUGUUGCAGCAGAUACUGGGCCAUUUGUAUUUGCUUGGGUGUGCCCGAUAUGGUAAUGAUGCGAUCAUUUGAAUUGGGCAGGGGCUCAUCGAU -.(((((..((((((((.((...((((((((....)))))...((((((((..(........)..))).)))))....)))..)).)))))))).))))).(((((....)))))..... ( -35.60) >DroMoj_CAF1 12603 118 - 1 -U-UUAGUCUGUUUGCGACACCAACCUCUGUUGCAGCAGAUACUGUGCCAUCUGUAUUUGCUUGGGCGUGCCCGAGAUGGUAAUGAUGCGAUCAUUCGAGCCGGGCAGCGGCUCGUCUAU -.-...(((((((.((((((........)))))))))))))....((((((((((....)).((((....))))))))))))(((((...))))).(((((((.....)))))))..... ( -42.70) >DroAna_CAF1 10346 120 - 1 UUCUUAGUCUGAUUGCGACACCAACCUCUGUUGCAGCAGAUACUGGGCCAUCUGUAUUUGCUUGGGCGUGCCCGAGAUGGUGAUGAUGCGAUCGUUCGAGUUGGGCAACGGCUCAUCGAU ..........(((((((.(((((..(((......(((((((((.((....)).))))))))).(((....)))))).)))))....)))))))..((((..(((((....))))))))). ( -40.90) >consensus _U_UUAGUCUGAUUGCGACACCAACCUCUGUUGCAGCAGAUACUGGGCCAUUUGUAUUUGCUUGGGCGUGCCCGAGAUGGUGAUGAUGCGAUCAUUCGAGCCGGGCAGCGGCUCAUCGAU ......(((((.((((((((........)))))))))))))..((((((..........((....)).((((((...(.(.((((((...))))))).)..))))))..))))))..... (-35.49 = -34.47 + -1.02)
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