Locus 4932

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	16,098,609 – 16,098,703
Length	94
Max. P	0.997313

overview

Window 4

Location	16,098,609 – 16,098,703
Length	94
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.69
Mean single sequence MFE	-32.87
Consensus MFE	-27.75
Energy contribution	-27.39
Covariance contribution	-0.36
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-4.63
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	2.48
SVM RNA-class probability	0.994443
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16098609 94 + 20766785
GUUGAAACAUUGGACAUUUAAAGGCCGGGAAGUGUGCAAUAUAG--CUAAGAUAUAAAUACACUGACACACGACCCGCCCUGCAAAUGUUUAUGUU
.....(((((.((((((((..(((.((((..(((((((......--.................)).)))))..)))).)))..))))))))))))) ( -28.20)
>DroSec_CAF1 20020 94 + 1
GUUGAAACAUUGGACAUUUAAAGGCCGGGAAGUGUGCAAUAUAG--UUAAGAAGUAAAUACACUGACACACGACCCGUCCUGCAAAUGUUUAUGUU
.....(((((.((((((((..(((.((((..(((((((......--(((.....)))......)).)))))..)))).)))..))))))))))))) ( -29.00)
>DroSim_CAF1 20204 94 + 1
GUUGAAACAUUGGACAUUUAAAGGCCGGGAAGUGUGCAAUAUAG--CUAAGAAGUAAAUAUACUGACACACGACCCGUCCUGCAAAUGUUUAUGUU
.....(((((.((((((((..(((.((((..(((((((.(((((--((....)))...)))).)).)))))..)))).)))..))))))))))))) ( -32.40)
>DroEre_CAF1 21327 94 + 1
GUUGAAACACUGGACAUUUAAAGGGCGGGAAGUGUGCAAUAUAG--CUAAGAGAUCAAUACAUUGACACACGACCCGUCCUGCAAAUAUUUGUGUA
......((((.(((.((((..((((((((..(((((((((.((.--............)).)))).)))))..))))))))..)))).))))))). ( -30.72)
>DroYak_CAF1 20519 94 + 1
GUCGAAACACUGGACAUUUAAAGGGCGGGAAGUGUGCAAUAUAG--CUAAGAAAUCAAUACACUGCCACACGACCCGUCCUGCAAAUGUUUGUGUA
......((((.((((((((..((((((((..(((((((......--.................)).)))))..))))))))..)))))))))))). ( -33.90)
>DroAna_CAF1 20741 95 + 1
GUAGGAACAUU-UACACUUAUAGGCCGGGAGGUGUGCAAUAUAUGUUUAUAAAAUAUAUAUAUUGUCACGCUCCCCGUCCUGCAAGUGUUUAUGUU
.....(((((.-.((((((.((((.((((..(((((((((((((((.........)))))))))).)))))..)))).)))).))))))..))))) ( -43.00)
>consensus
GUUGAAACAUUGGACAUUUAAAGGCCGGGAAGUGUGCAAUAUAG__CUAAGAAAUAAAUACACUGACACACGACCCGUCCUGCAAAUGUUUAUGUU
......((((.((((((((..(((.((((..(((((((.........................)).)))))..)))).)))..)))))))))))). (-27.75 = -27.39 +  -0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	16,098,609 – 16,098,703
Length	94
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.69
Mean single sequence MFE	-34.07
Consensus MFE	-32.85
Energy contribution	-31.71
Covariance contribution	-1.14
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-5.76
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	2.84
SVM RNA-class probability	0.997313
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16098609 94 - 20766785
AACAUAAACAUUUGCAGGGCGGGUCGUGUGUCAGUGUAUUUAUAUCUUAG--CUAUAUUGCACACUUCCCGGCCUUUAAAUGUCCAAUGUUUCAAC
(((((..(((((((.(((.((((..(((((.(((((((.(((.....)))--.))))))))))))..)))).))).)))))))...)))))..... ( -36.50)
>DroSec_CAF1 20020 94 - 1
AACAUAAACAUUUGCAGGACGGGUCGUGUGUCAGUGUAUUUACUUCUUAA--CUAUAUUGCACACUUCCCGGCCUUUAAAUGUCCAAUGUUUCAAC
(((((..(((((((.(((.((((..(((((.(((((((.(((.....)))--.))))))))))))..)))).))).)))))))...)))))..... ( -33.40)
>DroSim_CAF1 20204 94 - 1
AACAUAAACAUUUGCAGGACGGGUCGUGUGUCAGUAUAUUUACUUCUUAG--CUAUAUUGCACACUUCCCGGCCUUUAAAUGUCCAAUGUUUCAAC
(((((..(((((((.(((.((((..(((((.(((((((.(((.....)))--.))))))))))))..)))).))).)))))))...)))))..... ( -33.10)
>DroEre_CAF1 21327 94 - 1
UACACAAAUAUUUGCAGGACGGGUCGUGUGUCAAUGUAUUGAUCUCUUAG--CUAUAUUGCACACUUCCCGCCCUUUAAAUGUCCAGUGUUUCAAC
.((((..(((((((.(((.((((..(((((.(((((((((((....))))--.))))))))))))..)))).))).)))))))...))))...... ( -32.70)
>DroYak_CAF1 20519 94 - 1
UACACAAACAUUUGCAGGACGGGUCGUGUGGCAGUGUAUUGAUUUCUUAG--CUAUAUUGCACACUUCCCGCCCUUUAAAUGUCCAGUGUUUCGAC
.((((..(((((((.(((.((((..(((((.(((((((((((....))))--.))))))))))))..)))).))).)))))))...))))...... ( -34.60)
>DroAna_CAF1 20741 95 - 1
AACAUAAACACUUGCAGGACGGGGAGCGUGACAAUAUAUAUAUUUUAUAAACAUAUAUUGCACACCUCCCGGCCUAUAAGUGUA-AAUGUUCCUAC
(((((..(((((((.(((.((((..(.(((.((((((((.............))))))))))).)..)))).))).))))))).-.)))))..... ( -34.12)
>consensus
AACAUAAACAUUUGCAGGACGGGUCGUGUGUCAGUGUAUUUAUUUCUUAG__CUAUAUUGCACACUUCCCGGCCUUUAAAUGUCCAAUGUUUCAAC
.((((..(((((((.(((.((((..(((((.(((((((...............))))))))))))..)))).))).)))))))...))))...... (-32.85 = -31.71 +  -1.14)

alignment

secondary structure

dotplot

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