Locus 4917

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	16,066,409 – 16,066,569
Length	160
Max. P	0.996994

overview

Window 5

Location	16,066,409 – 16,066,529
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.28
Mean single sequence MFE	-43.22
Consensus MFE	-38.84
Energy contribution	-38.65
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-2.49
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	2.78
SVM RNA-class probability	0.996994
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16066409 120 - 20766785
CCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUUCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACCACUUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACGGCCAUGGAAAG
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>DroPse_CAF1 141325 120 - 1
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>DroSim_CAF1 124042 120 - 1
CCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACCACUUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACGGCCAUGGAAAG
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>DroEre_CAF1 126895 120 - 1
CCACCAGAAUUUGCAGAAGAUGACACUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGAUAGUGUCAACCACUUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACGGCCAUGGAAAG
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>DroYak_CAF1 131428 120 - 1
CCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACCACCUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACAGCCAUGGAAAG
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>DroPer_CAF1 134990 120 - 1
CUCUCAGAAUCUUCAGAAGAUGAGCCUGAUCCUGCAGCACGUUGGCUAUCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGCGUCAAUCAUUUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACGGCCAUGGAAAG
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>consensus
CCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACCACUUGGAUUACCUCAAGGAGCAGGUGACGGCCAUGGAAAG
........((((.....))))(((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).))))))))))))))..(((..(((.((((((........))))))...)))))).... (-38.84 = -38.65 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	16,066,449 – 16,066,569
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.50
Mean single sequence MFE	-41.40
Consensus MFE	-32.80
Energy contribution	-32.83
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-2.18
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	-0.08
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16066449 120 - 20766785
UGAAGAACUUCACCCAAGUGGACGUGGUCUCGGAUUACAGCCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUUCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACC
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>DroPse_CAF1 141365 120 - 1
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>DroSim_CAF1 124082 120 - 1
UGAAGAACUUCACCCAAGUGGACGUGGUCUCGGAUUACAGCCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACC
.......((((......((((..((((((...))))))..))))(((...)))..)))).((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))... ( -45.90)
>DroEre_CAF1 126935 120 - 1
UGAAGAACUUCACCCAAGUUGACGUGGUCUCGGAUUAUAGCCACCAGAAUUUGCAGAAGAUGACACUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGAUAGUGUCAACC
.......((((...((((((...(((((...........)))))...))))))..)))).((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))... ( -42.60)
>DroYak_CAF1 131468 120 - 1
UGAAGAACUUCACCCAAGUGGACGUGGUCUCGGAUUAUAGCCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACC
.......((((......((((..((((((...))))))..))))(((...)))..)))).((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))... ( -44.90)
>DroPer_CAF1 135030 120 - 1
UGAAGAACUUUACUCAGGUCGAUGUCGUGUCGGAUUACAGCUCUCAGAAUCUUCAGAAGAUGAGCCUGAUCCUGCAGCACGUUGGCUAUCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGCGUCAAUC
((((((((((.....))))((((.....)))).................))))))...(((..(((((.(((((((.(((((((((.....)).))))))).)))))))))).))..))) ( -35.60)
>consensus
UGAAGAACUUCACCCAAGUGGACGUGGUCUCGGAUUACAGCCACCAGAAUCUGCAGAAGAUGACGCUGAUCCUGCAGCACGUGGGCUACCAGUACGAUGUGAUGCAGGACAGUGUCAACC
.......((((..(((.(....).)))...((((((...........))))))..)))).((((((((.(((((((.(((((.(((.....)).).))))).)))))))))))))))... (-32.80 = -32.83 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

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