Locus 49

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	1,305,697 – 1,305,893
Length	196
Max. P	0.992099

overview

Window 9

Location	1,305,697 – 1,305,813
Length	116
Sequences	4
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.40
Mean single sequence MFE	-42.75
Consensus MFE	-39.61
Energy contribution	-40.17
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.86
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	0.87
SVM RNA-class probability	0.870141
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1305697 116 + 20766785
UAGCUACCAAGGAAGCCAAGCGGCAGGUACGUUGUACACCACACGAACGUCAUUAGCGUCCAGGUGAGGUACACAUACCGGAGCACACCCUGCUUGGGGGGCAGCCAUCCAAUAAA
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>DroSec_CAF1 24078 116 + 1
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..(((((((......((((((((..((((.((.((((..(((..(.((((.....)))).)..)))..)))))).))))((......)))))))))).)))))))........... ( -45.60)
>DroSim_CAF1 3070 116 + 1
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>DroEre_CAF1 6858 116 + 1
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>consensus
UAGCUGCCAAGGAAGCCAAGCGGCAGGUACGUUGUACACCACACGAACGUCAUGAGCGUCCAGGUGAGGUACACAUACCGGAGCACACCCUGCUUGGGGGGCAGCCAUCCAAUAAA
..(((((((......((((((((..((((.((.((((..(((..(.((((.....)))).)..)))..)))))).))))((......)))))))))).)))))))........... (-39.61 = -40.17 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	1,305,697 – 1,305,813
Length	116
Sequences	4
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.40
Mean single sequence MFE	-52.70
Consensus MFE	-50.64
Energy contribution	-50.70
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.76
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	2.31
SVM RNA-class probability	0.992099
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1305697 116 - 20766785
UUUAUUGGAUGGCUGCCCCCCAAGCAGGGUGUGCUCCGGUAUGUGUACCUCACCUGGACGCUAAUGACGUUCGUGUGGUGUACAACGUACCUGCCGCUUGGCUUCCUUGGUAGCUA
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>DroSec_CAF1 24078 116 - 1
UUUAUUGGAUGGCUGCCCCCCAAGCAGGGUGUGCUCCGGUAUGUGUACCUCACCUGGACGCUCAUGACGUUCGUGUGGUGCACAACGUACCUGCCGCUUGGCUUCCUGGGCAGCUA
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>DroSim_CAF1 3070 116 - 1
UUUAUUGGAUGGCUGCCCCCCAAGCAGGGUGUGCUCCGGUAUGUGUACCUCACCUGGACGCUCAUGACGUUCGUGUGGUGCACAACGUACCUGCCGCUUGGCUUCCUGGGCAGCUA
.........(((((((((...((((..((((.((...((((((((((((.(((..((((((....).)))))))).))))))))...)))).))))))..))))...))))))))) ( -54.30)
>DroEre_CAF1 6858 116 - 1
UUCAUUGGAUGGCUGCCCCCCAAGCAGGGCGUGCUCCGGUAUGUGUACCUCACCUGGACGCUCAUGACGUUCGUGUGGUGUACCACAUAUCUGCCGCUCGGCUUCCUUGGCAGCUA
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>consensus
UUUAUUGGAUGGCUGCCCCCCAAGCAGGGUGUGCUCCGGUAUGUGUACCUCACCUGGACGCUCAUGACGUUCGUGUGGUGCACAACGUACCUGCCGCUUGGCUUCCUGGGCAGCUA
.........(((((((((...((((.(((((.((...(((((((((((.((((.(((((((....).)))))).)))).)))).))))))).))))))).))))...))))))))) (-50.64 = -50.70 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	1,305,773 – 1,305,893
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.67
Mean single sequence MFE	-48.20
Consensus MFE	-45.15
Energy contribution	-45.90
Covariance contribution	0.75
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.62
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.652737
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1305773 120 + 20766785
ACCGGAGCACACCCUGCUUGGGGGGCAGCCAUCCAAUAAACUUCAUGGCGCGGUAAAGGUAGAUGCAACCAUCUCGGGACCGCUUCUGCUCCGUGAGCGGAGCGGGACGUAUUAGCUCGA
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>DroSec_CAF1 24154 120 + 1
ACCGGAGCACACCCUGCUUGGGGGGCAGCCAUCCAAUAAACUUCAUGGCGCGGUAAAGGUAGAUGCAACCAUCUCGGGACCUCUUCUGCUCCGUGAGCGGAGCGGGACGUAUCAGCUCAA
.((.(((((.....))))).))((((.(((((............)))))(((....(((((((((....)))))....)))).((((((((((....)))))))))))))....)))).. ( -45.70)
>DroSim_CAF1 3146 120 + 1
ACCGGAGCACACCCUGCUUGGGGGGCAGCCAUCCAAUAAACUUCAUGGCGCGGUAAAGGUAGAUGCAACCAUCUCGGGACCGCUUCUGCUCCGUGAGCGGAGCGGGACGUAUCAGCUCAA
.((.(((((.....))))).))((((.(((((............)))))(((((....(.(((((....))))))...)))))((((((((((....)))))))))).......)))).. ( -48.90)
>DroEre_CAF1 6934 120 + 1
ACCGGAGCACGCCCUGCUUGGGGGGCAGCCAUCCAAUGAACUUCAUGGCGCGGUAAAGGUAGAUGCAGCCAUCGCGGGACCGCUUCUGCUCCGUGAGCGGAGCGGGACGUAUCAGCUGAA
((((..((.(.(((.....))).))).(((((............))))).))))...(((.(((((.......(((....)))((((((((((....)))))))))).))))).)))... ( -49.30)
>consensus
ACCGGAGCACACCCUGCUUGGGGGGCAGCCAUCCAAUAAACUUCAUGGCGCGGUAAAGGUAGAUGCAACCAUCUCGGGACCGCUUCUGCUCCGUGAGCGGAGCGGGACGUAUCAGCUCAA
.((.(((((.....))))).))((((.(((((............)))))(((((...(..(((((....))))))...)))))((((((((((....)))))))))).......)))).. (-45.15 = -45.90 +   0.75)

alignment

secondary structure

dotplot

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