Locus 4859

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 15,921,266 – 15,921,373
Length 107
Max. P 0.864646
window7802

overview

Window 2

Location 15,921,266 – 15,921,373
Length 107
Sequences 5
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.78
Mean single sequence MFE -34.52
Consensus MFE -24.96
Energy contribution -25.36
Covariance contribution 0.40
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.58
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.84
SVM RNA-class probability 0.864646
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15921266 107 - 20766785
UAUCCGACCGUAUGUGUAC------AAGUGUACGAGAAUAUUAUGUAUGUUCUUAUUUUUGUGUGCGCGG----UGAUUGGUGCCAAGUCUGGACUGCUCCAAUUGCAUAUGUGUCG--
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>DroSec_CAF1 48980 105 - 1
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>DroSim_CAF1 47098 105 - 1
UAUCCGACCGUAUG--UAC------AAGUGUACGAGAAUAUUAUGUAUGUUCUUAUUUUUGUGUGCGCGG----UGAUUGGUGCCAAGUCUGGACUGCUCCAAUUGCAUAUGUGUCG--
....((((((((((--(..------..((((((((((((((.....))))))))........))))))..----.((((((.((..(((....))))).))))))))))))).))))-- ( -33.50)
>DroEre_CAF1 47200 105 - 1
UAUCCGACCGUAUG--UAC------AAGUGUUCGAGAAUAUUAUGUAUGUGCUUAUUUUUGUGUGUGCGC----UGAUUGGUGCCAAGUCUGGACUGGUCCAAUUGCAUAUGUGUCG--
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>DroYak_CAF1 50455 117 - 1
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>consensus
UAUCCGACCGUAUG__UAC______AAGUGUACGAGAAUAUUAUGUAUGUUCUUAUUUUUGUGUGCGCGG____UGAUUGGUGCCAAGUCUGGACUGCUCCAAUUGCAUAUGUGUCG__
....((((((((((.............(..((((((((((.............))))))))))..).........((((((.((..(((....))))).)))))).)))))).)))).. (-24.96 = -25.36 +   0.40)

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