| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 15,705,979 – 15,706,084 |
| Length | 105 |
| Max. P | 0.587311 |
| Location | 15,705,979 – 15,706,084 |
|---|---|
| Length | 105 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 106 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.21 |
| Mean single sequence MFE | -21.10 |
| Consensus MFE | -17.06 |
| Energy contribution | -16.45 |
| Covariance contribution | -0.61 |
| Combinations/Pair | 1.24 |
| Mean z-score | -0.90 |
| Structure conservation index | 0.81 |
| SVM decision value | 0.11 |
| SVM RNA-class probability | 0.587311 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15705979 105 - 20766785 -AUACACAGAUAGAUGUGCGUAUUAUACAAAUAUUGCACUACUUUAGUUAUGGAUUUGUGUAACUAGGAUGCAACCUUGGCAACAUCGAACAACAAUUUCUUCUCG -...........(((((((...((((((((((.....((((...)))).....))))))))))(.(((......))).))).)))))................... ( -19.00) >DroVir_CAF1 702275 103 - 1 UAUGUACAAAUACGUGUGCGUAUUAUACAAAUAUUGCACUAGUUUUGUUAUGGAUUUGUGUAACUGGGAUGUAACCUUGGAAGCAUAUAA---AAAUUCAGCAGCU ..((((((((.((..(((((((((.....)))).)))))..)))))))..(((((((((((..(..((.......))..)..)))))...---.)))))))))... ( -18.90) >DroPse_CAF1 550055 92 - 1 -GUGU--AUCUGUAUGUGCGUAUUAUACAAAUAUUGCACUAGUUUAGUUAUGGAUUUGUGUAACUAGGAUGUAACCUUGGCAACACACACACA-----------GG -....--..((((.((((.((.((((((((((.....((((...)))).....))))))))))(((((.......)))))..)).)))).)))-----------). ( -22.00) >DroGri_CAF1 623571 102 - 1 CAUGUACAAAUAUGUGUGCGUAUUAUACAAAUAUUGCACUAGUUUUGUUAUGGAUUUGUGUAACUGGGAUGUAACCUUGGCAGCAUAUA----AAAUUCAGUUGCG ((((.(((((.....(((((((((.....)))).)))))....))))))))).......(((((((((((((..(....)..))))...----...))))))))). ( -22.00) >DroMoj_CAF1 777883 102 - 1 GAUGUACAAAUAUGUGUGCGUAUUAUACAAAUACUGCACUAGUUUUGUUAUAGAUUUGUGUAACUGGGAUGUAACCUUGGCAGCAUAUAG---AAAUUUAGUUGG- .(((((((......))))))).((((((((((.(((.((.......))..)))))))))))))(..((.......))..)((((.((.(.---...).)))))).- ( -18.60) >DroPer_CAF1 509000 92 - 1 -GUGU--AUCUGUGUGUGCGUAUUAUACAAAUAUUGCACUAGUUUAGUUAUGGAUUUGUGUAACUAGGAUGUAACCUUGGCAACACACAUACA-----------GG -....--..(((((((((.((.((((((((((.....((((...)))).....))))))))))(((((.......)))))..)).))))))))-----------). ( -26.10) >consensus _AUGUACAAAUAUGUGUGCGUAUUAUACAAAUAUUGCACUAGUUUAGUUAUGGAUUUGUGUAACUAGGAUGUAACCUUGGCAACAUAUAA___AAAUU_AGU_GCG ..........(((((((((...((((((((((.....((.......)).....))))))))))(.(((......))).))).)))))))................. (-17.06 = -16.45 + -0.61)
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