| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 15,561,658 – 15,561,767 |
| Length | 109 |
| Max. P | 0.847926 |
| Location | 15,561,658 – 15,561,767 |
|---|---|
| Length | 109 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 115 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 82.61 |
| Mean single sequence MFE | -38.07 |
| Consensus MFE | -30.57 |
| Energy contribution | -30.10 |
| Covariance contribution | -0.47 |
| Combinations/Pair | 1.12 |
| Mean z-score | -2.09 |
| Structure conservation index | 0.80 |
| SVM decision value | 0.78 |
| SVM RNA-class probability | 0.847926 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 15561658 109 - 20766785 -UGGGAGCAGGACAGACGGGCUGUCUGACUACCCGCGGCUAUCACAACAACGAAAAUUGAUUGCUUCUGUUGUUGUGGCUGGCUUUGAUCGUGUUAAGAUAGGCCC----GGCA- -.(((((..((((((.....))))))..)).)))........((((((((((((..........))).)))))))))(((((((...(((.......))).)).))----))).- ( -37.20) >DroPse_CAF1 395785 110 - 1 -GGUACGCGGUGCCUGGUGCCUGUCUGACUACCCGCGGCUAUCACAACAACGAAAAUUGAUUGCUUCUGUUGUUGUGGAUGGCUUUGAUCGUGUUAAGAUAGGUCU----GGGAC -...........((..(.(((((((((((.((.((.((((((((((((((((((..........))).)))))))).))))))).))...))))).))))))))).----.)).. ( -38.40) >DroGri_CAF1 437599 108 - 1 CUGGGAUCCG-------GUGCUGUCUGACUACCCGCGGCUAUCACAACAACGAAAAUUGAUUGCUUCUGUUGUUGUGGCUGGCUUUGAUCGUGUUAAGAUAGCACAGGAUGGCAG (((..((((.-------((((((((((((.((.((.((((((((((((((((((..........))).)))))))))).))))).))...))))).))))))))).))))..))) ( -42.70) >DroWil_CAF1 653218 95 - 1 -UG--------------GGCCUGUCUGGCUACCCGCGGCUAUCACAACAACGAAAAUUGAUUGCUUCUGUUGUUGUGGCUGGCUUUGAUCGUGUUAAGAUAGGCCC----GACG- -.(--------------(((((((((...(((.((.((((((((((((((((((..........))).)))))))))).))))).))...)))...))))))))))----....- ( -40.20) >DroMoj_CAF1 551969 101 - 1 CUG-GAUCCG-------GUGCUGUCUGACUACCCGCGGCUAUCACAACAACGAAAAUUGAUUGCUUCUGUUGUUGUGGCUGGCUUUGAUCGUGUUAAGAUAGCU------GGCAG (((-....))-------).((((((((((.((.((.((((((((((((((((((..........))).)))))))))).))))).))...))))).))))))).------..... ( -31.50) >DroPer_CAF1 360855 110 - 1 -GGUGCCUGGUGCCUGGUGCCUGUCUGACUACCCGCGGCUAUCACAACAACGAAAAUUGAUUGCUUCUGUUGUUGUGGAUGGCUUUGAUCGUGUUAAGAUAGGUCU----GGGAC -...........((..(.(((((((((((.((.((.((((((((((((((((((..........))).)))))))).))))))).))...))))).))))))))).----.)).. ( -38.40) >consensus _UG_GAGCCG_______GGCCUGUCUGACUACCCGCGGCUAUCACAACAACGAAAAUUGAUUGCUUCUGUUGUUGUGGCUGGCUUUGAUCGUGUUAAGAUAGGUCC____GGCA_ ..................(((((((((((.((.((.((((((((((((((((((..........))).)))))))))).))))).))...))))).))))))))........... (-30.57 = -30.10 + -0.47)
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