Locus 4725

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	15,498,929 – 15,499,070
Length	141
Max. P	0.999761

overview

Window 1

Location	15,498,929 – 15,499,031
Length	102
Sequences	5
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.92
Mean single sequence MFE	-35.20
Consensus MFE	-25.04
Energy contribution	-25.76
Covariance contribution	0.72
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-2.96
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	1.13
SVM RNA-class probability	0.919074
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15498929 102 + 20766785
AAGGACCAGGCAUAGGGCUUUUCUCCCAGUGUUGCAUCGGUGUA---GCAAGGCGAGAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCAAAACUCCUAAUGCCUGGGCUCUAA
.(((.((((((((.(((((((((((((..(((((((....))))---))).)).)))))............))))))((........)).))))))))..))).. ( -36.90)
>DroSec_CAF1 291631 102 + 1
AAGACUCAGGCAUAGGGCUUUUCUUUCAGUGCUGCAUCGGUGUA---GCAAGGCGAAAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCUGGGCUCUAA
.(((((((((((..(((((.......(..(((((((....))))---)))..)(((((((.....))))))))))))((........))..)))))))).))).. ( -36.30)
>DroSim_CAF1 270569 102 + 1
AAGACUCAGGCAUAGAGCUUUUCUCCCAGUGUUGCAUCGGUGUA---GCAAGGCGAAAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCUGGGCUCUAA
.((((((((((((((((((...(((((..(((((((....))))---))).)).((((((.....)))))))))...))))......))).)))))))).))).. ( -32.00)
>DroEre_CAF1 279725 102 + 1
AAGACGCAGGCAUAGGGCUUUUCUCUCAGUGUUGCAUCGGUGUA---GCGUGGCGAGAAUUUAAAAUUUUCGGGCCCAGCAACACUGCUAAUGCCUGGGCUCUAA
.((((.(((((((.(((((((((((.(..(((((((....))))---)))..).)))))............))))))((((....)))).))))))).).))).. ( -39.00)
>DroYak_CAF1 289782 104 + 1
AAGACGCAGGCAUAGGGCUUUUCUUUCAGUGUUGCAUCG-UGUAGCAGCAAGGCCAGAAUUUAUAAUUUUCGGGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCAGGGCUCUAA
.(((.((.(((((((((.............(((((....-.)))))(((..((((.(((.........))).))))..)))....))))).))))...))))).. ( -31.80)
>consensus
AAGACGCAGGCAUAGGGCUUUUCUCUCAGUGUUGCAUCGGUGUA___GCAAGGCGAGAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCUGGGCUCUAA
.(((((((((((..((((((........((.((((............)))).))((((((.....))))))))))))((........))..)))))))).))).. (-25.04 = -25.76 +   0.72)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	15,498,962 – 15,499,070
Length	108
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.22
Mean single sequence MFE	-34.70
Consensus MFE	-29.58
Energy contribution	-29.94
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-3.95
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	4.02
SVM RNA-class probability	0.999761
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15498962 108 + 20766785
GCAUCGGUGUA---GCAAGGCGAGAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCAAAACUCCUAAUGCCUGGGCUCUAAAAUUAUUAAAUUUCGACUUAAGUUGAGAUUUAUACGAUG
.(((((.....---.......((((((.....))))))((((((((((..........)).)))))))).........(((((((((((....)))))))))))..))))) ( -33.50)
>DroSec_CAF1 291664 108 + 1
GCAUCGGUGUA---GCAAGGCGAAAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCUGGGCUCUAAAAUUAUUAAAUUUCGACUUAAGUUGAGAUUUAUACGAUG
.(((((.....---.................((((((.((((((((.(((.......))).)))))))).))))))..(((((((((((....)))))))))))..))))) ( -33.20)
>DroSim_CAF1 270602 108 + 1
GCAUCGGUGUA---GCAAGGCGAAAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCUGGGCUCUAAAAUUAUUAAAUUUCGACUUAAGUUGAGAUUUAUACGAUG
.(((((.....---.................((((((.((((((((.(((.......))).)))))))).))))))..(((((((((((....)))))))))))..))))) ( -33.20)
>DroEre_CAF1 279758 108 + 1
GCAUCGGUGUA---GCGUGGCGAGAAUUUAAAAUUUUCGGGCCCAGCAACACUGCUAAUGCCUGGGCUCUAAAAUUAUUAAAUUUCGCCUUAAGUUGAGAUUUAUACGAUG
.(((((...((---((..(((((((.(((((((((((.((((((((((..........)).)))))))).)))))).))))))))))))....)))).........))))) ( -35.60)
>DroYak_CAF1 289815 110 + 1
GCAUCG-UGUAGCAGCAAGGCCAGAAUUUAUAAUUUUCGGGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCAGGGCUCUAAAAUUAUUAAAUUUCGCCUUAAGUUGAGAUUUAUACGAUG
.(((((-((((((((((((((..((((((((((((((.((((((.((............))..)))))).))))))).))))))).)))))..))))....)))))))))) ( -38.00)
>consensus
GCAUCGGUGUA___GCAAGGCGAGAAUUUAAAAUUUUCGAGCCCAGCUAAACUCCUAUUGCCUGGGCUCUAAAAUUAUUAAAUUUCGACUUAAGUUGAGAUUUAUACGAUG
.(((((.........................((((((.(((((((((............).)))))))).))))))..(((((((((((....)))))))))))..))))) (-29.58 = -29.94 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	15,498,962 – 15,499,070
Length	108
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.22
Mean single sequence MFE	-28.23
Consensus MFE	-21.40
Energy contribution	-22.60
Covariance contribution	1.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.55
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	1.13
SVM RNA-class probability	0.919379
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15498962 108 - 20766785
CAUCGUAUAAAUCUCAACUUAAGUCGAAAUUUAAUAAUUUUAGAGCCCAGGCAUUAGGAGUUUUGCUGGGCUCGAAAAUUUUAAAUUCUCGCCUUGC---UACACCGAUGC
(((((..............((((.((((((((((.((((((.((((((((.((..........)))))))))).))))))))))))).))).)))).---.....))))). ( -28.65)
>DroSec_CAF1 291664 108 - 1
CAUCGUAUAAAUCUCAACUUAAGUCGAAAUUUAAUAAUUUUAGAGCCCAGGCAAUAGGAGUUUAGCUGGGCUCGAAAAUUUUAAAUUUUCGCCUUGC---UACACCGAUGC
(((((..............((((.((((((((((.((((((.((((((((...............)))))))).))))))))))).))))).)))).---.....))))). ( -26.81)
>DroSim_CAF1 270602 108 - 1
CAUCGUAUAAAUCUCAACUUAAGUCGAAAUUUAAUAAUUUUAGAGCCCAGGCAAUAGGAGUUUAGCUGGGCUCGAAAAUUUUAAAUUUUCGCCUUGC---UACACCGAUGC
(((((..............((((.((((((((((.((((((.((((((((...............)))))))).))))))))))).))))).)))).---.....))))). ( -26.81)
>DroEre_CAF1 279758 108 - 1
CAUCGUAUAAAUCUCAACUUAAGGCGAAAUUUAAUAAUUUUAGAGCCCAGGCAUUAGCAGUGUUGCUGGGCCCGAAAAUUUUAAAUUCUCGCCACGC---UACACCGAUGC
(((((..(((........))).((((((((((((.((((((.(.((((((((((.....))))..)))))).).))))))))))))).)))))....---.....))))). ( -31.20)
>DroYak_CAF1 289815 110 - 1
CAUCGUAUAAAUCUCAACUUAAGGCGAAAUUUAAUAAUUUUAGAGCCCUGGCAAUAGGAGUUUAGCUGGGCCCGAAAAUUAUAAAUUCUGGCCUUGCUGCUACA-CGAUGC
((((((.........(((((..(((((((((....))))))...)))(((....))))))))((((.(((((.(((.........))).))))).))))....)-))))). ( -27.70)
>consensus
CAUCGUAUAAAUCUCAACUUAAGUCGAAAUUUAAUAAUUUUAGAGCCCAGGCAAUAGGAGUUUAGCUGGGCUCGAAAAUUUUAAAUUCUCGCCUUGC___UACACCGAUGC
(((((..............((((.((((((((((.((((((.((((((.(((............))))))))).))))))))))))).))).)))).........))))). (-21.40 = -22.60 +   1.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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