Locus 4644

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 15,175,562 – 15,175,676
Length 114
Max. P 0.970286
window7468

overview

Window 8

Location 15,175,562 – 15,175,676
Length 114
Sequences 6
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.09
Mean single sequence MFE -33.68
Consensus MFE -30.94
Energy contribution -30.22
Covariance contribution -0.72
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -3.80
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 1.66
SVM RNA-class probability 0.970286
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15175562 114 - 20766785
-CGAAAAUUGAAAAUUGUACAAAAAGAAGGGAACGGUUGCUGAUGAUGUAGUUUGAAACUCUCACA-AUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUGGCAAUCGAUCUACGUU
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>DroPse_CAF1 10706 111 - 1
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>DroGri_CAF1 2150 112 - 1
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>DroMoj_CAF1 3563 112 - 1
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>DroAna_CAF1 1940 111 - 1
ACAGAAAUUGAAAAUUGUUCAAAAAGAAGGGAACGGUCGCUGCUGAUGUAGUU----AUUCGCAUC-AUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUGCCAAUCGAUCUACGUU
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>DroPer_CAF1 10163 111 - 1
----AAAUUGAAAAUUGUUCAAAAAGAAGGGAACGGUUGCUGCUGAUGUAGUUCAAGUUUCGCACA-AUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUGCCAAUCGAUCAACGAU
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>consensus
____AAAUUGAAAAUUGUUCAAAAAGAAGGGAACGGUCGCUGCUGAUGUAGUUCAAGAUUCGCACA_AUUUAUAUCACAGUGGCUGUUCUUUUUUGUUUGCCAAUCGAUCAACGUU
.............((((..((((.((((((((((((((((((.((((((((..................)))))))))))))))))))))))))).)))).))))........... (-30.94 = -30.22 +  -0.72)

alignment

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secondary structure

Postscript

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