Locus 4624

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 15,124,736 – 15,124,838
Length 102
Max. P 0.938312
window7426

overview

Window 6

Location 15,124,736 – 15,124,838
Length 102
Sequences 5
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.97
Mean single sequence MFE -27.98
Consensus MFE -25.18
Energy contribution -26.10
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.66
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 1.27
SVM RNA-class probability 0.938312
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15124736 102 + 20766785
CAUGGCUGUUCGAGCAUUGCUAUCAAUAACGCGAUAU------AUAUCCCAUAUACAAUAA-----------AACGGGGCCAACGAUAUAGCCCAUUAUGUUCAGUUGGCCAACUGUGA
((((((((((.....(((((..........))))).(------((((...)))))......-----------)))))((((((((((((((....)))))))..)))))))..))))). ( -22.40)
>DroSec_CAF1 101382 102 + 1
CAUGGCUGGCCGAGCGUUGCUAUCAAUAACGCGAUAU------AUAUCCCAUAUACAAUAA-----------AACGGGGCCAACGAUAUAGCCCAUUAUGUCCAGUUGGUCAACUGUGA
(((((.(((((((((((((.......))))))(((((------(...........(.....-----------...)((((..........))))..))))))...))))))).))))). ( -27.20)
>DroSim_CAF1 85343 102 + 1
CAUGGCUGGCCGAGCGUUGCUAUCAAUAACGCGAUAC------AUAUCCCAUAUACAAUAA-----------AACGGGGCCAACGAUAUAGCCCAUUAUGUCCAGUUGGCCAACUGUGA
(((((....(((.((((((.......))))))(((..------..))).............-----------..)))((((((((((((((....)))))))..)))))))..))))). ( -28.80)
>DroEre_CAF1 104171 108 + 1
CAUGGCUGGCCGAGCGUUGCUAUCAAUAACGCGAUAUACGAGUAUAUCCCACAUACAAUAA-----------AACGGGGCCAACGAUUUAGCCCAUUAUGGCCAGUUGGCCAACUGCGA
....((.(.(((.((((((.......))))))((((((....)))))).............-----------..)))(((((((......(((......)))..)))))))..).)).. ( -32.10)
>DroYak_CAF1 105786 113 + 1
CAUGGCUGGCCGAGCGUUGCUAUCAAUAACGCGAUAU------AUAUCCCACAUAUAAUAAAACAACAAAAAAACGGGGCCAACGAUAUAGUCCAUUAUGGCCAGUUGGCCAACUGUGA
(((((.(((((((((((((.......)))))).....------..................................(((((((......))......)))))..))))))).))))). ( -29.40)
>consensus
CAUGGCUGGCCGAGCGUUGCUAUCAAUAACGCGAUAU______AUAUCCCAUAUACAAUAA___________AACGGGGCCAACGAUAUAGCCCAUUAUGUCCAGUUGGCCAACUGUGA
(((((....(((.((((((.......))))))((((((....))))))..........................)))((((((((((((((....)))))))..)))))))..))))). (-25.18 = -26.10 +   0.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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