Locus 462

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 2,630,602 – 2,630,713
Length 111
Max. P 0.809807
window884

overview

Window 4

Location 2,630,602 – 2,630,713
Length 111
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.96
Mean single sequence MFE -43.77
Consensus MFE -20.22
Energy contribution -20.50
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.46
SVM decision value 0.64
SVM RNA-class probability 0.809807
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2630602 111 + 20766785
CUGAACUCGGUG---GCCUCCCCGCUCCGCACCGCCAGCUACAAGUCGGCGGCGGCGGUC---GCUGGUCAUGGCUUCCA---CCACAGCCAUCACCAGCAGCUGGACUUCCAGCGGAAC
........((((---(.....)))))((((.(((((.((.....)).)))))..))))..---((((((.((((((....---....)))))).)))))).(((((....)))))..... ( -51.60)
>DroVir_CAF1 76900 108 + 1
CUGAACUCGGUGGUGGCCACGCCGCUGCGCACCGCCAGCUACAAGACGGCGGCCACG------GCCA---GUGUCUAUCA---UCAUAGCCACCAUCAGCAGCUCGAUUUUCAGCGCAAC
........(((((((((......((((.((...))))))....(((((..(((....------))).---.)))))....---.....))))))))).((.(((.(.....))))))... ( -39.10)
>DroGri_CAF1 69802 111 + 1
CUGAACUCGGUGGUGGCGACGCCGCUGCGCACCGCCAGCUACAAGACGGCGGCAUCG------GCCAGCAGCGUCUAUCA---UCAUAGCCACCAUCAGCAGCUGGAUUUUCAGCGCAAC
........((((((((((((((.((((.((.(((((..(.....)..))))).....------)))))).)))))(((..---..)))))))))))).((.(((((....)))))))... ( -50.70)
>DroWil_CAF1 86122 117 + 1
CUGAACUCGGUG---GCCUCGCCAUUGCGGCAGGCCAGCUAUAAGUCAGCGGCCGCUGUCCAGGCCAGCCAUGGCUAUCAUAGUCAUAGUCACCAUCAGCAGUUGGACUUUCAGCGCAAC
........((((---((((.(((...(((((.((((.(((.......))))))))))))...))).))..(((((((...))))))).))))))....((.(((((....)))))))... ( -42.40)
>DroMoj_CAF1 78575 108 + 1
CUGAACUCGGUGGUUGCCACGCCGCUGCGCACCGCUAGCUACAAGACGGCCGCAACC------GCCA---GUGUCUAUCA---UCAUAGCCACCAUCAGCAGCUGGACUUUCAGCGCAAU
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>DroAna_CAF1 64217 111 + 1
CUCAACUCUGUG---GCCACGCCCCUGCGCACCGCCAGCUACAAGACGGCAGCGGCAGUG---GCGGGGCACGGCUUCCA---CCACAGCCACCACCAGCAGCUGGACUUCCAAAGGAAC
.(((.(((((((---(....(((((.((.(((.(((.(((.(......).)))))).)))---)))))))..((((....---....)))).))).))).)).)))..((((...)))). ( -40.60)
>consensus
CUGAACUCGGUG___GCCACGCCGCUGCGCACCGCCAGCUACAAGACGGCGGCAGCG______GCCAG_CAUGGCUAUCA___UCAUAGCCACCAUCAGCAGCUGGACUUUCAGCGCAAC
........((((.......))))..(((((....((((((...(((((..(((..........))).....)))))............((........)))))))).......))))).. (-20.22 = -20.50 +   0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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