Locus 4614

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Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15079735 112 + 20766785
UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCCACAAUUGGCAA-UUCCCAUUUACAUAC----UAUC--UUUUUCA-
(((((.....)))))....((((((.....))))))(((((..(((((..((((...)))).....((((((((((....))))..-.))))))........----))))--)))))).- ( -32.40)
>DroSim_CAF1 34512 112 + 1
UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCCACAAUUGGCAA-UUCCCAUUUCCAUAC----UAUG--UUUUUCA-
.((((((((((((.......)))))....(((((.(....))))))....((((...))))....)))))))((((....))))..-...............----....--.......- ( -31.20)
>DroEre_CAF1 56818 112 + 1
UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCCACGAAUGGCGA-CUCACAUUUUCAUAG----UUCG--UUUUUCA-
(((((((((((((.......)))))....(((((.(....))))))....((((...))))....))))))))....(((..((((-((...........))----.)))--)..))).- ( -31.80)
>DroWil_CAF1 107595 103 + 1
UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCUAUGGAUA---UGCUCCUAAUAUCA--------------UCAUCAU
(((((.....)))))..((((((((.....))))))...(((...((((((((((..(((.......)))..)))).)))))---)))).......)).--------------....... ( -29.70)
>DroYak_CAF1 57954 112 + 1
UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCCACAAUUGGCAG-UUCACAUUUUCAUAG----UUUG--UUUUUCA-
.((((((((((((.......)))))....(((((.(....))))))....((((...))))....)))))))((((....))))..-...............----....--.......- ( -31.20)
>DroAna_CAF1 58626 119 + 1
UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCCACAAGUGCCUAGCUCCAAAUAUCAUACAUAGAUAGUUCUUUCCC-
(((((.....)))))........((((..(((((((....))).(((((.((((...))))........(((((((....))....)))))..))))).....))))..))))......- ( -28.90)
>consensus
UUCCCAUACCGGGAAUCGAACCCGGGCCUUCUGGGUGAAAGCCAGAUAUCCUAGCCACUAGACCAUAUGGGAGCCACAAUUGGCAA_CUCCCAUUUUCAUAC____UUUG__UUUUUCA_
.((((((((((((.......)))))....(((((.......)))))....((((...))))....)))))))((((....)))).................................... (-27.94 = -28.17 +   0.22) 

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Window 4

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 15079735 112 - 20766785
-UGAAAAA--GAUA----GUAUGUAAAUGGGAA-UUGCCAAUUGUGGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA
-(((((.(--((((----........((((((.-..((((....)))))))))).(((((....)))))...)))))...)))))((((....(((.(((.......)))))).)))).. ( -37.20)
>DroSim_CAF1 34512 112 - 1
-UGAAAAA--CAUA----GUAUGGAAAUGGGAA-UUGCCAAUUGUGGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA
-.......--((((----((.(((.(((....)-)).)))))))))..((((((((((((....)))).........(((((((.....)))))))((((.......)))))))))))). ( -36.90)
>DroEre_CAF1 56818 112 - 1
-UGAAAAA--CGAA----CUAUGAAAAUGUGAG-UCGCCAUUCGUGGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA
-.......--((((----((......(((.(((-((((.....))))))).))).(((((....)))))......(.(((((((.....))))))).))))))).(((((.....))))) ( -37.00)
>DroWil_CAF1 107595 103 - 1
AUGAUGA--------------UGAUAUUAGGAGCA---UAUCCAUAGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA
.(((.((--------------(.((((..(((((.---........))))).)))).)))....((((((.....)))))).)))((((....(((.(((.......)))))).)))).. ( -32.90)
>DroYak_CAF1 57954 112 - 1
-UGAAAAA--CAAA----CUAUGAAAAUGUGAA-CUGCCAAUUGUGGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA
-(((((..--...(----(((.((..(((((..-..((((....))))...)))))..)))))).(((((.....))))))))))((((....(((.(((.......)))))).)))).. ( -35.30)
>DroAna_CAF1 58626 119 - 1
-GGGAAAGAACUAUCUAUGUAUGAUAUUUGGAGCUAGGCACUUGUGGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA
-(((((.(((((..........(((((((((.(((((((...(((((...)))))..)))))))..))).)))))).(((((((.....)))))))..)))))..))))).......... ( -42.80)
>consensus
_UGAAAAA__CAAA____GUAUGAAAAUGGGAA_UUGCCAAUUGUGGCUCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA
....................................((((....))))((((((((((((....)))).........(((((((.....)))))))((((.......)))))))))))). (-31.56 = -31.78 +   0.22) 

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