Locus 4593

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 14,975,232 – 14,975,392
Length 160
Max. P 0.938750
window7378 window7379

overview

Window 8

Location 14,975,232 – 14,975,352
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.25
Mean single sequence MFE -54.85
Consensus MFE -50.97
Energy contribution -50.60
Covariance contribution -0.37
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 0.77
SVM RNA-class probability 0.845545
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14975232 120 - 20766785
CUCGCCACCACCGCCGAAUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGGUGGUGGUGUUGGUGGCUGUGCUGGUGCGAGUGAUUGGUGUUGGCCGCUGAC
...((((((((((((...(((((....)))))...))).......(((((((......)))))))..)))))))))((..(((((((..(..((.......))..)..).))))))..)) ( -55.50)
>DroSim_CAF1 5909 120 - 1
CUCGCCACCACCGCAGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUGGUGGCUGUGCUGGUGCGAGUGAUUGGUGUUGGCCGCUGAC
...(((((((.(((.......(((((.....))))).(((((((((((((((......))))))).))))))))))).))))))).((((..(..(((....)).)..)..).))).... ( -52.50)
>DroEre_CAF1 5557 120 - 1
CCGGCCACCGCCGCCGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUGGUGGCUGUGCUGGUGCGAGUGAUUGGUGUUGGCCGCUGAC
.((((((.((((.(((..(((((....))))).))).(((((((((((((((......))))))).))))))))(..(..((......))..)..)........)))).))))))..... ( -56.80)
>DroYak_CAF1 5222 120 - 1
CCGGCCACUGCCGCCGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUGGUGGCUGUGCUGGUGCGAGUGAUUGGUGUUGGCCGCUGAC
.((((((..(((.(((..(((((....))))).))).(((((((((((((((......))))))).))))))))(..(..((......))..)..)........)))..))))))..... ( -54.60)
>consensus
CCCGCCACCACCGCCGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUGGUGGCUGUGCUGGUGCGAGUGAUUGGUGUUGGCCGCUGAC
.(((((((((((((....(((((....))))))))).(((((((((((((((......))))))).))))))))....))))))))).((..(..(((....)).)..)..))....... (-50.97 = -50.60 +  -0.37)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 14,975,272 – 14,975,392
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.28
Mean single sequence MFE -53.88
Consensus MFE -51.46
Energy contribution -52.27
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 1.29
SVM RNA-class probability 0.938750
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14975272 120 - 20766785
ACUGCCGGGGGUGUGGUGAUGGUGGUGGUUAAUCGCUGAGCUCGCCACCACCGCCGAAUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGGUGGUGGUGUUG
((..((((.(((((((((.(((((((((((........))).)))))))).))))......(((((.....)))))))))).)).(((((((......)))))))..))..))....... ( -54.90)
>DroSim_CAF1 5949 120 - 1
GCUGCCGGGGGUGUGGUGAUGGUGGUGGUUAAUCGCUGAGCUCGCCACCACCGCAGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUG
(((.((((.((((((((...((((((((((........))).)))))))))))))......)).))))...))).(.(((((((((((((((......))))))).)))))))).).... ( -52.60)
>DroEre_CAF1 5597 120 - 1
GCUGCCGGGGGUGUGGUGAUGGUGGUGGUUAAUCGCUGUGCCGGCCACCGCCGCCGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUG
.(((((((.((((((((..(((((((((....)))))..)))))))).)))).)))..(((((....))))))))).(((((((((((((((......))))))).))))))))...... ( -54.00)
>DroYak_CAF1 5262 120 - 1
GCUGCCGGGGGUGUGGUGAUGGUGGUGGUUAAUCGCUGUGCCGGCCACUGCCGCCGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUG
.(((((((.((((((((..(((((((((....)))))..))))))))).))).)))..(((((....))))))))).(((((((((((((((......))))))).))))))))...... ( -54.00)
>consensus
GCUGCCGGGGGUGUGGUGAUGGUGGUGGUUAAUCGCUGAGCCCGCCACCACCGCCGAGUUGUUGCUGGACAAGCGGGCACCGUCGGUGGUCAUGUUGUUGGCCACAUGAUGGUGGUGCUG
.(((((((.(((((((((((((((((.....)))))))...))))))).))).)))..(((((....))))))))).(((((((((((((((......))))))).))))))))...... (-51.46 = -52.27 +   0.81)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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