Locus 4580

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	14,964,181 – 14,964,376
Length	195
Max. P	0.999847

overview

Window 4

Location	14,964,181 – 14,964,280
Length	99
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.32
Mean single sequence MFE	-31.37
Consensus MFE	-25.15
Energy contribution	-25.43
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	1.18
SVM RNA-class probability	0.926505
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14964181 99 + 20766785
GUACAUACACA--------------UGUCUGGGCUCGGCUACGUGGUUUAGGCCACCCAUGUACG---CCAUCAUAAACUCUGUGUAUGGGCCGAGCUCCGAUUAACAUAA--CUUAU
...........--------------.(((.((((((((((((((((..........)))))))..---((((((((.....)))).))))))))))))).)))........--..... ( -32.70)
>DroSec_CAF1 4053 99 + 1
GUACAUACACA--------------UGUUUGGGCUCGGCUACGCGGUUUAGGCCACCCAUGUACG---CCAUCAUAAACUCUGUGUAUGGGCCGAGCUCCGAUUAACAUAA--CUUAU
..........(--------------((((((((((((((.....(((....)))...........---((((((((.....)))).))))))))))).))))...))))..--..... ( -29.60)
>DroSim_CAF1 4297 95 + 1
GUACAUACACA--------------UGUCUGGGCUCGGCUACGCGGUUUAGGCCACCCAUGUACG---CCAUCAUAAACUCUGUGUAUGGGCCGAGCUCCGAUUAACAUAA--C----
...........--------------.(((.(((((((((.....(((....)))...........---((((((((.....)))).))))))))))))).)))........--.---- ( -29.20)
>DroEre_CAF1 4159 99 + 1
GUACAUACAUA--------------UGUCUGGGCUCGGCUAUGUGGUUUAGGCCACCCAUGUACG---CCAUCAUAAACUCUGUGUAUGGGCCGAGCUCCGAUUAACAUAA--CUUAU
...........--------------.(((.(((((((((...(((((....))))).........---((((((((.....)))).))))))))))))).)))........--..... ( -32.30)
>DroYak_CAF1 4346 116 + 1
GUACAUAUAUACGUAUGUCAUGUCAUGUCUGGGCUCGGCUGUGUGGUUUUGGCCACCCAUGUACGCCGCCAUCAUAAACUCUGUGUAUGGGCCGAGCUCCGAUUAACAUAA--CUUAU
(.((((((....)))))))((((...(((.(((((((((((.(((((....))))).)).........((((((((.....)))).))))))))))))).)))..))))..--..... ( -39.50)
>DroAna_CAF1 3592 91 + 1
-UACAUACAUG--------------UCCAUGGACCUAUUUGUGUCGGCGGGGCGAC-------CG---UCAUCAUGAAC--UGUGUAUGGGCCGAGUUCCGAUUAACAUAAGUCUCAU
-.........(--------------((((((.((...((..((..(((((.....)-------))---))..))..)).--.)).)))))))........((((......)))).... ( -24.90)
>consensus
GUACAUACACA______________UGUCUGGGCUCGGCUACGUGGUUUAGGCCACCCAUGUACG___CCAUCAUAAACUCUGUGUAUGGGCCGAGCUCCGAUUAACAUAA__CUUAU
..........................(((.(((((((((...(((((....)))))............((((((((.....)))).))))))))))))).)))............... (-25.15 = -25.43 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	14,964,181 – 14,964,280
Length	99
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.32
Mean single sequence MFE	-28.77
Consensus MFE	-21.35
Energy contribution	-20.97
Covariance contribution	-0.39
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.11
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	0.03
SVM RNA-class probability	0.546270
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14964181 99 - 20766785
AUAAG--UUAUGUUAAUCGGAGCUCGGCCCAUACACAGAGUUUAUGAUGG---CGUACAUGGGUGGCCUAAACCACGUAGCCGAGCCCAGACA--------------UGUGUAUGUAC
(((..--.((((((....((.(((((((((((.......(((......))---)....))))((((......))))...))))))))).))))--------------))..))).... ( -28.40)
>DroSec_CAF1 4053 99 - 1
AUAAG--UUAUGUUAAUCGGAGCUCGGCCCAUACACAGAGUUUAUGAUGG---CGUACAUGGGUGGCCUAAACCGCGUAGCCGAGCCCAAACA--------------UGUGUAUGUAC
(((..--.((((((....((.(((((((((((.......(((......))---)....))))((((......))))...))))))))).))))--------------))..))).... ( -27.60)
>DroSim_CAF1 4297 95 - 1
----G--UUAUGUUAAUCGGAGCUCGGCCCAUACACAGAGUUUAUGAUGG---CGUACAUGGGUGGCCUAAACCGCGUAGCCGAGCCCAGACA--------------UGUGUAUGUAC
----.--.((((((....((.(((((((((((.......(((......))---)....))))((((......))))...))))))))).))))--------------))......... ( -27.60)
>DroEre_CAF1 4159 99 - 1
AUAAG--UUAUGUUAAUCGGAGCUCGGCCCAUACACAGAGUUUAUGAUGG---CGUACAUGGGUGGCCUAAACCACAUAGCCGAGCCCAGACA--------------UAUGUAUGUAC
(((..--.((((((....((.(((((((((((.......(((......))---)....))))((((......))))...))))))))).))))--------------))..))).... ( -28.70)
>DroYak_CAF1 4346 116 - 1
AUAAG--UUAUGUUAAUCGGAGCUCGGCCCAUACACAGAGUUUAUGAUGGCGGCGUACAUGGGUGGCCAAAACCACACAGCCGAGCCCAGACAUGACAUGACAUACGUAUAUAUGUAC
....(--((((((((.((((.(((((((((((..((...(((......)))...))..))))((((......))))...))))))))).))..))))))))).(((((....))))). ( -39.20)
>DroAna_CAF1 3592 91 - 1
AUGAGACUUAUGUUAAUCGGAACUCGGCCCAUACACA--GUUCAUGAUGA---CG-------GUCGCCCCGCCGACACAAAUAGGUCCAUGGA--------------CAUGUAUGUA-
(((.(((((((.....((((....((((((((.((..--.....))))).---.)-------)))).....)))).....))))))))))...--------------..........- ( -21.10)
>consensus
AUAAG__UUAUGUUAAUCGGAGCUCGGCCCAUACACAGAGUUUAUGAUGG___CGUACAUGGGUGGCCUAAACCACAUAGCCGAGCCCAGACA______________UAUGUAUGUAC
..................((.(((((((((((.((.........))))))............((((......))))...))))))))).............................. (-21.35 = -20.97 +  -0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	14,964,280 – 14,964,376
Length	96
Sequences	5
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.50
Mean single sequence MFE	-35.78
Consensus MFE	-32.98
Energy contribution	-33.46
Covariance contribution	0.48
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.57
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	4.24
SVM RNA-class probability	0.999847
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14964280 96 - 20766785
GAUCC-----GAAACGAAAACCCACGCCAGAUGACGUUAUCGUUGGUGUGGCGAUGG--UGCUGCUGGUCGUGGUGGUGGAAACGCACCAAAAAUGGCAGCGA
.....-----...........((((((((.((((((....)))).)).))))).)))--((((((((....(((((.((....)))))))....)))))))). ( -38.20)
>DroSec_CAF1 4152 96 - 1
GAUCC-----GAAACGAAAACCCACGCCAGAUGACGUUAUCGUUGGUGUGGCGAUGG--UGCUGCUGGUCGUGGUGGUGGAAACGCACCAAAAAUGGCAGCGA
.....-----...........((((((((.((((((....)))).)).))))).)))--((((((((....(((((.((....)))))))....)))))))). ( -38.20)
>DroSim_CAF1 4392 91 - 1
GAUCC-----GAAACGAAAACCCACGCCAGAUGACGUUAUCGUUGGUGUGGCGAUGG--UGCUGCUGGUCGUGGUGGUGGAAACGCACCAAAAAUGGU-----
.....-----..........((((((((((.(..((..((((((.....))))))..--))..))))).))))).)(((....)))((((....))))----- ( -30.90)
>DroEre_CAF1 4258 98 - 1
GAUCC-----GAAACGAAAACCCACGCCAGAUGACGUUAUCGUUGGUGUGGCGAUGGUGUGCUGCUGGUCGUGGUGGUGGAAACGCACCAAAAAUGGCAGCGA
.....-----.........((((((((((.((((((....)))).)).))))).))).))(((((((....(((((.((....)))))))....))))))).. ( -39.30)
>DroYak_CAF1 4462 95 - 1
GAUCCAAAACGAAACGAAAACCCACGCCAGAUGACGUUAUCGUUGGUGUGC--------UGCUGUUGGUCGUGGUGGUGGAAACGCACCAAAAAUGGCAGCGA
.......................((((((.((((.....))))))))))((--------(((((((.....(((((.((....)))))))..))))))))).. ( -32.30)
>consensus
GAUCC_____GAAACGAAAACCCACGCCAGAUGACGUUAUCGUUGGUGUGGCGAUGG__UGCUGCUGGUCGUGGUGGUGGAAACGCACCAAAAAUGGCAGCGA
.....................((((((((.((((.....)))))))))))).........(((((((....(((((.((....)))))))....))))))).. (-32.98 = -33.46 +   0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

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