| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 14,829,714 – 14,829,820 |
| Length | 106 |
| Max. P | 0.779944 |
| Location | 14,829,714 – 14,829,820 |
|---|---|
| Length | 106 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 116 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 82.35 |
| Mean single sequence MFE | -31.35 |
| Consensus MFE | -20.65 |
| Energy contribution | -21.34 |
| Covariance contribution | 0.69 |
| Combinations/Pair | 1.30 |
| Mean z-score | -2.40 |
| Structure conservation index | 0.66 |
| SVM decision value | 0.55 |
| SVM RNA-class probability | 0.779944 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 14829714 106 + 20766785 UGAUGGCCGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUCACAUAUAGAGUGCAGGGCGCCGGAUGGAUGAGCAGGUAUGUAUGU--------AUAUAU--AAUAGCACUGGUCACAAUA ((.(((((((((.((((..(((((((....)))))))(((...(.((((...)))))..)))....)))).((((((....--------))))))--....)))).)))))))... ( -30.40) >DroSec_CAF1 2266 99 + 1 UGGUGGCCGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUCACAGAUAGAGUGCAGGGCGCCGGAUGGAUGAGCAGGUAUGUAUGU--------AUAUACAUAC---------ACACAAUA ..((((((.(((((.(((.(((((((....)))))))....))).))))).)))((((......)).))..((((((((..--------..))))))))---------.))).... ( -33.30) >DroSim_CAF1 2285 108 + 1 UGAUGGCCGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUCACAGAUAGAGUGCAGGGCGCCGGAUGGAUGAGCAGGUAUGUAUGU--------AUAUAUAUAAUAGCACUGGUCACAAUA .....(((.(((((.(((.(((((((....)))))))....))).))))).))).((....)).(((.(((((...(((((--------....)))))...)).))).)))..... ( -30.60) >DroEre_CAF1 2288 106 + 1 UGAUGGCCGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUCACAGAUAGAGUGCAGGGUGCCGGAUGGAUGAGCAGGUAUGUAUGU--------AUAUAU--AAUACCACUGGUCACAAUA ((.(((((((.(((.(...((((((..((...((((...)))).....))..))))))...).))).)).(((((((((..--------..))))--.)))))...)))))))... ( -29.90) >DroYak_CAF1 2324 114 + 1 UGAUGGCCGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUCACAGAUAGAGUGCAGGGCGCCGGAUGGAUGAGCAGGUAUGUAUGUACAAGUAUAUAUGU--AAUACCACUGGUCACAAUA .....(((.(((((.(((.(((((((....)))))))....))).))))).)))(((((.(((((..(((..(((((((......))))))))))--.)).))))))))....... ( -35.00) >DroAna_CAF1 5169 94 + 1 UGAUGGCUGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUUGCA----GAGUGCAGGAGAUGGCACCGAUGAGCAUUUA--CAUGC--------ACAGUU--G------AUGGUCAAAAUA ((((((((((((((((.....)))).((((((((((.((----..((((........))))...))))))))).--)))))--------))))))--.------...))))..... ( -28.90) >consensus UGAUGGCCGUGCAUGCUAAUGGCAUUAUGAAAUGUCACAGAUAGAGUGCAGGGCGCCGGAUGGAUGAGCAGGUAUGUAUGU________AUAUAU__AAUA_CACUGGUCACAAUA .....(((.(((((.(((.(((((((....)))))))....))).))))).))).((....)).(((.(((....(((((((......))))))).........))).)))..... (-20.65 = -21.34 + 0.69)
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