Locus 4521

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	14,814,949 – 14,815,066
Length	117
Max. P	0.999844

overview

Window 2

Location	14,814,949 – 14,815,066
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.11
Mean single sequence MFE	-44.90
Consensus MFE	-43.44
Energy contribution	-43.40
Covariance contribution	-0.04
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.35
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	4.23
SVM RNA-class probability	0.999844
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14814949 117 + 20766785
ACCAACGU---CGGCGGCGGCUACUGCUGCUGCGGCGUCAGCAGCAAUCGCAUCAACGCAACAACAACCCUCGCCGGUGCGACAUCGUUCAGUCAUAACGCUACAGCCAGAGCCGCCGUA
........---..(((((((((.(((..((((..((((...........(((((...((.............)).)))))(((........)))...))))..)))))))))))))))). ( -44.22)
>DroSec_CAF1 16796 117 + 1
ACCAACAU---CGGCGGCGGCUACUGCUGCUGCGGCGUCAGCAGCAAUCGCAUCAACCCAACAACAACCCUCGCCGGUGCGACAUCGUUCAGUCAUUACGCUACAGCCAGAGCCGCCGUA
........---..(((((((((.(((..((((..((((..((.((....))...............(((......)))))(((........)))...))))..)))))))))))))))). ( -43.40)
>DroSim_CAF1 11069 117 + 1
ACCAACAU---CGGCGGCGGCUACUGCUGCUGCGGCGUCAGCAGCAAUCGCAUCAACGCAACAACAACCCUCGCCGGUGCGACAUCGUUCAGUCAUUACGCUACAGCCAGAGCCGCCGUA
........---..(((((((((.(((..((((..((((...........(((((...((.............)).)))))(((........)))...))))..)))))))))))))))). ( -44.12)
>DroEre_CAF1 9673 117 + 1
ACCAACGU---CGGCGGCGGCUACUGGUGCUGCGGCGUCAGCAGCAAUCGCAUCAACGCAACAACAACCCUCGCCGGUGCGACAUCGCUCAGUCGUUACGCUACAGCCAGAGCCGCCGUU
........---.((((((((((.(((..((((..((((.((((((..(((((((...((.............)).)))))))....))).....)))))))..))))))))))))))))) ( -46.82)
>DroYak_CAF1 10943 120 + 1
ACCAACGUCGUCGGCGGCGGCUACUGGUGCUGCGGCGUCAGCAGCAAUCGCAUCAACGCAACAACAACCCUCGCCGGUGCGACAUCGCUCAGUCAUUACGCUACAGCCAGAGCCGCCGUA
.....((....))(((((((((.((((((((((.......)))))..(((((((...((.............)).))))))).......................)))))))))))))). ( -45.92)
>consensus
ACCAACGU___CGGCGGCGGCUACUGCUGCUGCGGCGUCAGCAGCAAUCGCAUCAACGCAACAACAACCCUCGCCGGUGCGACAUCGUUCAGUCAUUACGCUACAGCCAGAGCCGCCGUA
.............(((((((((.(((..((((..((((..(((((..(((((((...((.............)).)))))))....)))..))....))))..)))))))))))))))). (-43.44 = -43.40 +  -0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	14,814,949 – 14,815,066
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.11
Mean single sequence MFE	-54.18
Consensus MFE	-49.56
Energy contribution	-49.96
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.09
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	2.93
SVM RNA-class probability	0.997771
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14814949 117 - 20766785
UACGGCGGCUCUGGCUGUAGCGUUAUGACUGAACGAUGUCGCACCGGCGAGGGUUGUUGUUGCGUUGAUGCGAUUGCUGCUGACGCCGCAGCAGCAGUAGCCGCCGCCG---ACGUUGGU
..(((((((...((((...((((((.(((........)))(((.((((((...)))))).)))..)))))).((((((((((......)))))))))))))))))))))---........ ( -53.10)
>DroSec_CAF1 16796 117 - 1
UACGGCGGCUCUGGCUGUAGCGUAAUGACUGAACGAUGUCGCACCGGCGAGGGUUGUUGUUGGGUUGAUGCGAUUGCUGCUGACGCCGCAGCAGCAGUAGCCGCCGCCG---AUGUUGGU
..(((((((...((((....((((.(((((.(((((((((((....))))....))))))).))))).))))((((((((((......)))))))))))))))))))))---........ ( -54.50)
>DroSim_CAF1 11069 117 - 1
UACGGCGGCUCUGGCUGUAGCGUAAUGACUGAACGAUGUCGCACCGGCGAGGGUUGUUGUUGCGUUGAUGCGAUUGCUGCUGACGCCGCAGCAGCAGUAGCCGCCGCCG---AUGUUGGU
..(((((((...((((.((((((((..((.......(.((((....)))).)...))..)))))))).....((((((((((......)))))))))))))))))))))---........ ( -54.10)
>DroEre_CAF1 9673 117 - 1
AACGGCGGCUCUGGCUGUAGCGUAACGACUGAGCGAUGUCGCACCGGCGAGGGUUGUUGUUGCGUUGAUGCGAUUGCUGCUGACGCCGCAGCACCAGUAGCCGCCGCCG---ACGUUGGU
...((((((((((((..((((((((((((...(((....))).((.....))...))))))))))))..))...((((((.......)))))).))).)))))))((((---....)))) ( -54.00)
>DroYak_CAF1 10943 120 - 1
UACGGCGGCUCUGGCUGUAGCGUAAUGACUGAGCGAUGUCGCACCGGCGAGGGUUGUUGUUGCGUUGAUGCGAUUGCUGCUGACGCCGCAGCACCAGUAGCCGCCGCCGACGACGUUGGU
...(((((((((((.(((.((...........(((....)))...((((..(((.((.((((((....)))))).)).)))..)))))).))))))).)))))))((((((...)))))) ( -55.20)
>consensus
UACGGCGGCUCUGGCUGUAGCGUAAUGACUGAACGAUGUCGCACCGGCGAGGGUUGUUGUUGCGUUGAUGCGAUUGCUGCUGACGCCGCAGCAGCAGUAGCCGCCGCCG___ACGUUGGU
..(((((((...((((.((((((((((((..(((..(.((((....)))).)))))))))))))))).....((((((((((......)))))))))))))))))))))........... (-49.56 = -49.96 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

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