Locus 4508

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	14,808,120 – 14,808,276
Length	156
Max. P	0.999729

overview

Window 0

Location	14,808,120 – 14,808,236
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.09
Mean single sequence MFE	-37.96
Consensus MFE	-34.30
Energy contribution	-34.94
Covariance contribution	0.64
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.76
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	3.96
SVM RNA-class probability	0.999729
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14808120 116 + 20766785
UGGCUGUAGCUGGUUUUUAUCUUGUGCCGUUAACACAGCCAUUACGUGUCUCUUUCGCACUCGCACUGCACAUUGGUGUUCGUGUGUCUGUGCAAGACUGCACGU----AACUGUAUUAC
((((((((((.(((...........))))))...)))))))((((((((.((((.((((..(((((.((((....))))..)))))..)))).))))..))))))----))......... ( -40.80)
>DroSec_CAF1 9974 116 + 1
UGGCCGUAGCUGGUUUUUAUCUUGUGCCGUUAACACAGCCAUUACGUGUCUCUUUCGCACUCGCAAUGCACAUUGGUGUUCCUGUGUCUGUGCAAGACUGCACGU----AACUGUAUUAC
((((..((((.(((...........))))))).....))))((((((((.((((.((((..((((..((((....))))...))))..)))).))))..))))))----))......... ( -33.90)
>DroSim_CAF1 4247 116 + 1
UGGCCGUAGCUGGUUUUUAUCUUGUGCCGUUAACACAGCCAUUACGUGUCUCUUUCGCACUCGCACUGCACAUUGGUGUUCGUGUGUCUGUGCAAGACUGCACGU----AACUGUAUUAC
((((..((((.(((...........))))))).....))))((((((((.((((.((((..(((((.((((....))))..)))))..)))).))))..))))))----))......... ( -36.60)
>DroEre_CAF1 2883 120 + 1
UGGCUGUAGCUGGUUUUUAUCUUGUGCCGUUAACACAGCCAUUACGUGUCUCUUUCGCACUCGCACUGCACAUCGGUGCUUGUGUGUCUGUGCAAGACUGCACGUACAUAACUGUAUUAC
((((((((((.(((...........))))))...))))))).(((((((.((((.((((..(((((.((((....))))..)))))..)))).))))..))))))).............. ( -42.00)
>DroYak_CAF1 4050 116 + 1
UGGCUGUAGCUGGUUUUUAUCUUGUGCCGUUAACACAGCCAUUACGUGUCUCUUUCGCACUCGCACUGCACAUUGGUAUUCGUGUGUCUGUGCAAGACUGCACGU----AACUGUAUUAC
((((((((((.(((...........))))))...)))))))((((((((.((((.((((..((((((((......)))...)))))..)))).))))..))))))----))......... ( -36.50)
>consensus
UGGCUGUAGCUGGUUUUUAUCUUGUGCCGUUAACACAGCCAUUACGUGUCUCUUUCGCACUCGCACUGCACAUUGGUGUUCGUGUGUCUGUGCAAGACUGCACGU____AACUGUAUUAC
((((((((((.(((...........))))))...)))))))..((((((.((((.((((..(((((.((((....))))..)))))..)))).))))..))))))............... (-34.30 = -34.94 +   0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	14,808,120 – 14,808,236
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.09
Mean single sequence MFE	-34.13
Consensus MFE	-32.72
Energy contribution	-32.92
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.25
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	3.91
SVM RNA-class probability	0.999700
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14808120 116 - 20766785
GUAAUACAGUU----ACGUGCAGUCUUGCACAGACACACGAACACCAAUGUGCAGUGCGAGUGCGAAAGAGACACGUAAUGGCUGUGUUAACGGCACAAGAUAAAAACCAGCUACAGCCA
........(((----((((((...(((((((.(.((((..........))))).)))))))..(....).).))))))))(((((((((...((.............))))).)))))). ( -32.62)
>DroSec_CAF1 9974 116 - 1
GUAAUACAGUU----ACGUGCAGUCUUGCACAGACACAGGAACACCAAUGUGCAUUGCGAGUGCGAAAGAGACACGUAAUGGCUGUGUUAACGGCACAAGAUAAAAACCAGCUACGGCCA
(((((...)))----))((((.((...((((((.((((((....))..))))(((((((.((.(....)..)).))))))).))))))..)).)))).............((....)).. ( -34.70)
>DroSim_CAF1 4247 116 - 1
GUAAUACAGUU----ACGUGCAGUCUUGCACAGACACACGAACACCAAUGUGCAGUGCGAGUGCGAAAGAGACACGUAAUGGCUGUGUUAACGGCACAAGAUAAAAACCAGCUACGGCCA
.((((((((((----((((((...(((((((.(.((((..........))))).)))))))..(....).).))))))...)))))))))..(((...((...........))...))). ( -33.40)
>DroEre_CAF1 2883 120 - 1
GUAAUACAGUUAUGUACGUGCAGUCUUGCACAGACACACAAGCACCGAUGUGCAGUGCGAGUGCGAAAGAGACACGUAAUGGCUGUGUUAACGGCACAAGAUAAAAACCAGCUACAGCCA
.((((((((((((.(((((((...(((((((.(.....)..((((....)))).)))))))..(....).).))))))))))))))))))..(((.....................))). ( -37.30)
>DroYak_CAF1 4050 116 - 1
GUAAUACAGUU----ACGUGCAGUCUUGCACAGACACACGAAUACCAAUGUGCAGUGCGAGUGCGAAAGAGACACGUAAUGGCUGUGUUAACGGCACAAGAUAAAAACCAGCUACAGCCA
........(((----((((((...(((((((.(.((((..........))))).)))))))..(....).).))))))))(((((((((...((.............))))).)))))). ( -32.62)
>consensus
GUAAUACAGUU____ACGUGCAGUCUUGCACAGACACACGAACACCAAUGUGCAGUGCGAGUGCGAAAGAGACACGUAAUGGCUGUGUUAACGGCACAAGAUAAAAACCAGCUACAGCCA
.((((((((((....((((((...(((((((.(.((((..........))))).)))))))..(....).).)))))...))))))))))..(((...((...........))...))). (-32.72 = -32.92 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	14,808,160 – 14,808,276
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.92
Mean single sequence MFE	-31.38
Consensus MFE	-28.12
Energy contribution	-28.36
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.09
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	2.69
SVM RNA-class probability	0.996405
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14808160 116 + 20766785
AUUACGUGUCUCUUUCGCACUCGCACUGCACAUUGGUGUUCGUGUGUCUGUGCAAGACUGCACGU----AACUGUAUUACCCAUUCGUACAUGCGUAUACGUAUUUCCGCCUAUUGAUAA
.((((((((.((((.((((..(((((.((((....))))..)))))..)))).))))..))))))----))...(((((......((...(((((....)))))...)).....))))). ( -32.40)
>DroSec_CAF1 10014 116 + 1
AUUACGUGUCUCUUUCGCACUCGCAAUGCACAUUGGUGUUCCUGUGUCUGUGCAAGACUGCACGU----AACUGUAUUACCCAUUCGUACAUGCGUAUACGUAUUUCCGCCUAUUGAUAA
.((((((((.((((.((((..((((..((((....))))...))))..)))).))))..))))))----))...(((((......((...(((((....)))))...)).....))))). ( -29.70)
>DroSim_CAF1 4287 116 + 1
AUUACGUGUCUCUUUCGCACUCGCACUGCACAUUGGUGUUCGUGUGUCUGUGCAAGACUGCACGU----AACUGUAUUACCCAUUCGUACAUGCGUAUACGUAUUUCCGCCUAUUGAUAA
.((((((((.((((.((((..(((((.((((....))))..)))))..)))).))))..))))))----))...(((((......((...(((((....)))))...)).....))))). ( -32.40)
>DroEre_CAF1 2923 120 + 1
AUUACGUGUCUCUUUCGCACUCGCACUGCACAUCGGUGCUUGUGUGUCUGUGCAAGACUGCACGUACAUAACUGUAUUACCCGUUCGUACAUGCGUAUACGUAUUUCCGUCUAUUGAUAA
..(((((((.((((.((((..(((((.((((....))))..)))))..)))).))))..)))))))........(((((......((...(((((....)))))...)).....))))). ( -34.30)
>DroYak_CAF1 4090 116 + 1
AUUACGUGUCUCUUUCGCACUCGCACUGCACAUUGGUAUUCGUGUGUCUGUGCAAGACUGCACGU----AACUGUAUUACCCAUUCGUACAUGCGUAUACGUAUUUCCGCCUAUUGAUAA
.((((((((.((((.((((..((((((((......)))...)))))..)))).))))..))))))----))...(((((......((...(((((....)))))...)).....))))). ( -28.10)
>consensus
AUUACGUGUCUCUUUCGCACUCGCACUGCACAUUGGUGUUCGUGUGUCUGUGCAAGACUGCACGU____AACUGUAUUACCCAUUCGUACAUGCGUAUACGUAUUUCCGCCUAUUGAUAA
...((((((.((((.((((..(((((.((((....))))..)))))..)))).))))..)))))).........(((((......((...(((((....)))))...)).....))))). (-28.12 = -28.36 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	14,808,160 – 14,808,276
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.92
Mean single sequence MFE	-30.39
Consensus MFE	-27.10
Energy contribution	-26.30
Covariance contribution	-0.80
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.32
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	0.44
SVM RNA-class probability	0.736009
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14808160 116 - 20766785
UUAUCAAUAGGCGGAAAUACGUAUACGCAUGUACGAAUGGGUAAUACAGUU----ACGUGCAGUCUUGCACAGACACACGAACACCAAUGUGCAGUGCGAGUGCGAAAGAGACACGUAAU
..........(((......))).(((.(((......))).))).....(((----((((((...(((((((.(.((((..........))))).)))))))..(....).).)))))))) ( -29.30)
>DroSec_CAF1 10014 116 - 1
UUAUCAAUAGGCGGAAAUACGUAUACGCAUGUACGAAUGGGUAAUACAGUU----ACGUGCAGUCUUGCACAGACACAGGAACACCAAUGUGCAUUGCGAGUGCGAAAGAGACACGUAAU
..........(((......(((((.((((((((((..((((((((...)))----))((((......)))).............))).)))))).)))).))))).........)))... ( -28.86)
>DroSim_CAF1 4287 116 - 1
UUAUCAAUAGGCGGAAAUACGUAUACGCAUGUACGAAUGGGUAAUACAGUU----ACGUGCAGUCUUGCACAGACACACGAACACCAAUGUGCAGUGCGAGUGCGAAAGAGACACGUAAU
..........(((......))).(((.(((......))).))).....(((----((((((...(((((((.(.((((..........))))).)))))))..(....).).)))))))) ( -29.30)
>DroEre_CAF1 2923 120 - 1
UUAUCAAUAGACGGAAAUACGUAUACGCAUGUACGAACGGGUAAUACAGUUAUGUACGUGCAGUCUUGCACAGACACACAAGCACCGAUGUGCAGUGCGAGUGCGAAAGAGACACGUAAU
.................(((((....((((((((((((.(......).))).))))))))).(((((((((.(.(((....((((....)))).))))..))))....)))))))))).. ( -35.20)
>DroYak_CAF1 4090 116 - 1
UUAUCAAUAGGCGGAAAUACGUAUACGCAUGUACGAAUGGGUAAUACAGUU----ACGUGCAGUCUUGCACAGACACACGAAUACCAAUGUGCAGUGCGAGUGCGAAAGAGACACGUAAU
..........(((......))).(((.(((......))).))).....(((----((((((...(((((((.(.((((..........))))).)))))))..(....).).)))))))) ( -29.30)
>consensus
UUAUCAAUAGGCGGAAAUACGUAUACGCAUGUACGAAUGGGUAAUACAGUU____ACGUGCAGUCUUGCACAGACACACGAACACCAAUGUGCAGUGCGAGUGCGAAAGAGACACGUAAU
..........(((......(((((.((((((((((..(((((......((.....))((((......))))..........)).))).)))))).)))).))))).........)))... (-27.10 = -26.30 +  -0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

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