Locus 4432

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 14,568,947 – 14,569,053
Length 106
Max. P 0.751211
window7084

overview

Window 4

Location 14,568,947 – 14,569,053
Length 106
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.17
Mean single sequence MFE -26.25
Consensus MFE -22.24
Energy contribution -22.10
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.37
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.48
SVM RNA-class probability 0.751211
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14568947 106 + 20766785
-CAGAUUGAUGAGUGGCCAAAUUGUACACAGCCACAAAUUGUGGCAAUUUCGGUUACUGUCAACGCUGCAACACA------CACACACACACAUCCAAAGUCUGGGGGCUUUC
-(((.(((((.((((((((((((((.(((((.......)))))))))))).))))))))))))..))).......------...............((((((....)))))). ( -27.40)
>DroPse_CAF1 197333 89 + 1
ACAGAUUGAUGCGUGGCCAAAUUGUACACAGCCGCAAAUUGUGGCAAUUUCGGUUACUGUCAACGCUGCA---------CACACACACGCACGCAGA--G-------------
.....((((((.(((((((((((((.(((((.......)))))))))))).)))))))))))).(((((.---------.........))).))...--.------------- ( -24.40)
>DroSec_CAF1 201300 112 + 1
-CAGAUUGAUGAGUGGCCAAAUUGUACACAGCCACAAAUUGUGGCAAUUUCGGUUACUGUCAACGCUGCAACACACAACCACACACACACACACCCAAAGUCUGGGGGCUUUC
-(((.(((((.((((((((((((((.(((((.......)))))))))))).))))))))))))..))).........................((((.....))))....... ( -28.80)
>DroSim_CAF1 202757 112 + 1
-CAGAUUGAUGAGUGGCCAAAUUGUACACAGCCACAAAUUGUGGCAAUUUCGGUUACUGUCAACGCUGCAACACACAACCACACACACACACACCCAAAGUCUGGGGGCUUUC
-(((.(((((.((((((((((((((.(((((.......)))))))))))).))))))))))))..))).........................((((.....))))....... ( -28.80)
>DroAna_CAF1 236965 91 + 1
ACAGAUUGAUGAGUGGCCAAAUUGUACACAGCCGCAAAUUGUGGCAAUUUCGGUUACUGUCAACGUUGAA-C----GCCCUCGCACACGCACACCC-----------------
.(((.(((((.((((((((((((((.(((((.......)))))))))))).))))))))))))..)))..-.----......((....))......----------------- ( -23.70)
>DroPer_CAF1 199651 89 + 1
ACAGAUUGAUGCGUGGCCAAAUUGUACACAGCCGCAAAUUGUGGCAAUUUCGGUUACUGUCAACGCUGCA---------CACACACACGCACGCAGA--G-------------
.....((((((.(((((((((((((.(((((.......)))))))))))).)))))))))))).(((((.---------.........))).))...--.------------- ( -24.40)
>consensus
_CAGAUUGAUGAGUGGCCAAAUUGUACACAGCCACAAAUUGUGGCAAUUUCGGUUACUGUCAACGCUGCA_C_______CACACACACACACACCCA__G_____________
.(((.((((((.(((((((((((((.(((((.......)))))))))))).))))))))))))..)))............................................. (-22.24 = -22.10 +  -0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:19:29 2006