Locus 4415

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	14,521,100 – 14,521,220
Length	120
Max. P	0.981077

overview

Window 8

Location	14,521,100 – 14,521,220
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.90
Mean single sequence MFE	-51.40
Consensus MFE	-44.86
Energy contribution	-44.75
Covariance contribution	-0.11
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.30
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	1.88
SVM RNA-class probability	0.981077
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14521100 120 + 20766785
CGUCCCCUACGGUAGCAGCAGCAGUGGCAGCAGCCGGUAUAACCGGAGCGGCAGGUACUAUCCCUAAACAGGUGUACCUGCGCAAGCGCCAGCAGCUGUUCCAGCUGGGGGGCCGGGGGA
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>DroVir_CAF1 196518 114 + 1
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>DroGri_CAF1 175446 111 + 1
CGUCCCCUACGGUAGCAGC---------AGCAGCCGGUAUAACCGGAGUGGCAGGUACUAUCCCUAAACAGGUGUACCUACGCAAGCGCCAGCAGCUGUUCCAGUUGGGGGGCCGGGGGA
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>DroWil_CAF1 232933 114 + 1
CGUCCCCUACGGUAGCAGCAGC------AGCAGCCGGUAUAACCGGAGUGGCAGGUACUAUCCCUAAACAGGUGUACCUACGCAAGCGUCAGCAGCUUUUCCAAUUGGGGGGCCGGGGGA
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>DroMoj_CAF1 243531 114 + 1
CGUCCCCUACGGUAGCAGCAGC------AGCAGCCGGUAUAACCGGAGUGGCAGGUACUAUCCCUAAACAGGUAUACCUGCGCAAGCGCCAGCAGCUGUUCCAGUUGGGGGGCCGGGGGA
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>DroAna_CAF1 168452 111 + 1
CGUCCCCUACGGUAGCAGCA---------GCAGCCGGUAUAACCGGAGCGGCAGGUACUAUCCCUAAACAGGUGUACCUUCGCAAGCGUCAGCAGCUGUUCCAGCUGGGGGGCCGGGGGA
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>consensus
CGUCCCCUACGGUAGCAGCAGC______AGCAGCCGGUAUAACCGGAGUGGCAGGUACUAUCCCUAAACAGGUGUACCUGCGCAAGCGCCAGCAGCUGUUCCAGUUGGGGGGCCGGGGGA
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	14,521,100 – 14,521,220
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.90
Mean single sequence MFE	-44.67
Consensus MFE	-41.25
Energy contribution	-40.75
Covariance contribution	-0.50
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-0.97
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.544978
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14521100 120 - 20766785
UCCCCCGGCCCCCCAGCUGGAACAGCUGCUGGCGCUUGCGCAGGUACACCUGUUUAGGGAUAGUACCUGCCGCUCCGGUUAUACCGGCUGCUGCCACUGCUGCUGCUACCGUAGGGGACG
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>DroVir_CAF1 196518 114 - 1
UCCCCCGGCCCCCCAACUGGAACAGCUGCUGGCGCUUGCGCAGGUACACCUGUUUAGGGAUAGUACCUGCCACUCCGGUUAUACCGGCUGCU------GCUGCUGCUACCGUAGGGGACG
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>DroGri_CAF1 175446 111 - 1
UCCCCCGGCCCCCCAACUGGAACAGCUGCUGGCGCUUGCGUAGGUACACCUGUUUAGGGAUAGUACCUGCCACUCCGGUUAUACCGGCUGCU---------GCUGCUACCGUAGGGGACG
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>DroWil_CAF1 232933 114 - 1
UCCCCCGGCCCCCCAAUUGGAAAAGCUGCUGACGCUUGCGUAGGUACACCUGUUUAGGGAUAGUACCUGCCACUCCGGUUAUACCGGCUGCU------GCUGCUGCUACCGUAGGGGACG
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>DroMoj_CAF1 243531 114 - 1
UCCCCCGGCCCCCCAACUGGAACAGCUGCUGGCGCUUGCGCAGGUAUACCUGUUUAGGGAUAGUACCUGCCACUCCGGUUAUACCGGCUGCU------GCUGCUGCUACCGUAGGGGACG
((((((((....((....))..((((.((.(((...((.((((((((.(((.....)))...))))))))))..((((.....))))..)))------)).))))...)))..))))).. ( -44.70)
>DroAna_CAF1 168452 111 - 1
UCCCCCGGCCCCCCAGCUGGAACAGCUGCUGACGCUUGCGAAGGUACACCUGUUUAGGGAUAGUACCUGCCGCUCCGGUUAUACCGGCUGC---------UGCUGCUACCGUAGGGGACG
(((((((((.....(((((...)))))))))(((...(((.((((((.(((.....)))...))))))((.((.((((.....))))..))---------.)))))...))).))))).. ( -41.90)
>consensus
UCCCCCGGCCCCCCAACUGGAACAGCUGCUGGCGCUUGCGCAGGUACACCUGUUUAGGGAUAGUACCUGCCACUCCGGUUAUACCGGCUGCU______GCUGCUGCUACCGUAGGGGACG
((((((((......(((((((...((.((....))..))((((((((.(((.....)))...))))))))...))))))).....(((.((..........)).))).)))..))))).. (-41.25 = -40.75 +  -0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

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