Locus 4392

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	14,454,618 – 14,454,708
Length	90
Max. P	0.972632

overview

Window 4

Location	14,454,618 – 14,454,708
Length	90
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.56
Mean single sequence MFE	-34.48
Consensus MFE	-17.20
Energy contribution	-17.56
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-2.65
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	1.70
SVM RNA-class probability	0.972632
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14454618 90 + 20766785
UGGCUAUGACC------AUACCAUAGAUCUGGCUUUGGCUAUGGCUAUGGCUAUGGAUCU----GGCUCUGA------------CUCUGGCUAACUAAGAUCCGUAACCCGC
.(((((((.((------((((((.((......)).))).))))).)))))))((((((((----((((....------------....)))).....))))))))....... ( -29.60)
>DroSec_CAF1 86806 90 + 1
UGGCUAUGACCAUAGCCAUACCAUAGACCUGGCUUUGGCUAUGGCUAU------GGAUCU----GGCUCUGA------------CUCUGGCUAACUAAGAUCCGUAACCCGC
(((((((....)))))))..((((((.((.......)))))))).(((------((((((----((((....------------....)))).....)))))))))...... ( -31.60)
>DroSim_CAF1 88089 96 + 1
UGGCUAUGACCAUAGCCAUACCAUAGACCUGGCUUUGGCUAUGGCUAUGGCUGUGGAUCU----GGCUCUGA------------CUCUGGCUAACUAAGAUCCGUAACCCGC
.((.((((.(((((((((((((((((.((.......)))))))).)))))))))))...(----((((....------------....))))).........)))).))... ( -37.30)
>DroEre_CAF1 88324 102 + 1
UGGCUAUGACC------AUACCAUAGACCUGGCUUUGGCUUUGGCUUUGGCUAUGGAUCU----GGCUCUGACUCUGGCUCUAGCUCUGGCUAACUAAGAUCCGUAACCCGC
.(((((((...------....))))).)).((((..(((....)))..))))((((((((----((((........)))).((((....))))....))))))))....... ( -30.50)
>DroYak_CAF1 89376 106 + 1
UGGCUAUGACC------AUACCAUAGCCAUGGCUAUGGCUAUGGAUCUGCCUCUCGGAGUCAGAGGCUCUGGCUCUGGCUUUUGCUUUGGCUAACUAAGAUCCGUAACCCGC
((((((((...------....)))))))).......((.(((((((((((((((.......))))))..(((((..(((....)))..)))))....))))))))).))... ( -43.40)
>consensus
UGGCUAUGACC______AUACCAUAGACCUGGCUUUGGCUAUGGCUAUGGCUAUGGAUCU____GGCUCUGA____________CUCUGGCUAACUAAGAUCCGUAACCCGC
.((.(((.............((((((.((.......))))))))..........((((((....((((..((.............)).)))).....))))))))).))... (-17.20 = -17.56 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	14,454,618 – 14,454,708
Length	90
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.56
Mean single sequence MFE	-32.50
Consensus MFE	-15.59
Energy contribution	-17.19
Covariance contribution	1.60
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.04
Structure conservation index	0.48
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.655102
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 14454618 90 - 20766785
GCGGGUUACGGAUCUUAGUUAGCCAGAG------------UCAGAGCC----AGAUCCAUAGCCAUAGCCAUAGCCAAAGCCAGAUCUAUGGUAU------GGUCAUAGCCA
((.(((((.((((((..(((.((....)------------)...))).----)))))).)))))((..(((((.(((.((......)).))))))------))..)).)).. ( -25.50)
>DroSec_CAF1 86806 90 - 1
GCGGGUUACGGAUCUUAGUUAGCCAGAG------------UCAGAGCC----AGAUCC------AUAGCCAUAGCCAAAGCCAGGUCUAUGGUAUGGCUAUGGUCAUAGCCA
...(((((.((((((..(((.((....)------------)...))).----))))))------...((((((((((..((((......)))).))))))))))..))))). ( -33.90)
>DroSim_CAF1 88089 96 - 1
GCGGGUUACGGAUCUUAGUUAGCCAGAG------------UCAGAGCC----AGAUCCACAGCCAUAGCCAUAGCCAAAGCCAGGUCUAUGGUAUGGCUAUGGUCAUAGCCA
...(((((.((((((..(((.((....)------------)...))).----))))))...((((((((((((.(((.((......)).)))))))))))))))..))))). ( -35.90)
>DroEre_CAF1 88324 102 - 1
GCGGGUUACGGAUCUUAGUUAGCCAGAGCUAGAGCCAGAGUCAGAGCC----AGAUCCAUAGCCAAAGCCAAAGCCAAAGCCAGGUCUAUGGUAU------GGUCAUAGCCA
((.(((((.((((((...(((((....))))).(((.......).)).----)))))).)))))...))..............((.((((((...------..)))))))). ( -27.40)
>DroYak_CAF1 89376 106 - 1
GCGGGUUACGGAUCUUAGUUAGCCAAAGCAAAAGCCAGAGCCAGAGCCUCUGACUCCGAGAGGCAGAUCCAUAGCCAUAGCCAUGGCUAUGGUAU------GGUCAUAGCCA
((.(((((.((((((......((....((....))....))....((((((.......)))))))))))).)))))...))..(((((((((...------..))))))))) ( -39.80)
>consensus
GCGGGUUACGGAUCUUAGUUAGCCAGAG____________UCAGAGCC____AGAUCCAUAGCCAUAGCCAUAGCCAAAGCCAGGUCUAUGGUAU______GGUCAUAGCCA
...(((((.((((((......(((...................).)).....)))))).........(((((((((.......)).))))))).............))))). (-15.59 = -17.19 +   1.60)

alignment

secondary structure

dotplot

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